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Hypothesengenerierung

Formuliere evidenzgestützte wissenschaftliche Fragen, plausible Hypothesen, alternative Erklärungen, kausale oder assoziative Behauptungen, unterscheidende Vorhersagen, Messungen und vorregistrierungsfähige Analysepläne. Verwende dies, um Beobachtungen oder vorläufige Ergebnisse in transparente, testbare Forschungspläne umzuwandeln, ohne Hypothesen als Tatsachen zu behandeln.

Was ist Hypothesengenerierung?

Diese Fähigkeit (Skill) befähigt einen KI-Agenten, einen strengen, transparenten und wissenschaftlich fundierten Prozess der Hypothesengenerierung zu durchlaufen. Sie ist für Plattformen wie Claude Code, Cursor oder Codex konzipiert und wandelt rohe Beobachtungen oder vorläufige Ergebnisse in eine klare Reihe von konkurrierenden Erklärungen und Tests um. Der Skill betont non-verhandelbare Grenzen, wie die Vermeidung von klinischen Ratschlägen, die Verwendung von sensiblen Daten ohne Genehmigung und die Präsentation von Hypothesen als etablierte Fakten. Er führt den Benutzer durch einen 12-Schritte-Workflow, der das Einfrieren der Beobachtung, die Formulierung der Forschungsfrage (unter Verwendung von Frameworks wie PICO), die Durchführung einer datierten Literatursuche, die Generierung rivalisierender Hypothesen, die Definition von Anspruchstypen (z. B. kausal vs. assoziativ), die Ableitung diskriminierender Vorhersagen und die Operationalisierung von Messungen umfasst. Der Skill enthält auch lokale, deterministische CLI-Tools zur Validierung von Hypothesenaufzeichnungen, Vorhersagematrizen, Falsifikationskontrollen, Quellenprüfungen und Vorregistrierungen. Letztendlich stellt er sicher, dass menschliche Verantwortlichkeit erhalten bleibt, indem menschliche Experten alle KI-gestützten Behauptungen, Zitate und Designentscheidungen überprüfen müssen, wodurch Verzerrungen reduziert und die Integrität der Forschung gewahrt wird.

Funktioniert mit~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/hypothesis-generation

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Dokumentation

Wissenschaftliche Hypothesengenerierung

Verwandle eine Beobachtung in einen transparenten Satz von Kandidatenerklärungen und Tests. Eine Hypothese ist ein Vorschlag, der hinterfragt werden soll, kein Ergebnis, keine Tatsache, keine Diagnose oder Empfehlung.

Nicht-verhandelbare Grenzen

Bevor du unveröffentlichtes, sensitives, kontrolliertes, persönliches, proprietäres, exportkontrolliertes oder sicherheitsrelevantes Material verwendest:

  1. Bestätige die Autorisierung und die geltenden institutionellen, fördernden, verlegerischen, datenschutzrechtlichen, privatsphärenbezogenen und KI-Richtlinien.
  2. Halte das Material lokal, es sei denn, eine autorisierte Person genehmigt ausdrücklich ein benanntes externes Ziel und den Datenumfang.
  3. Minimiere die Eingaben. Gib sensitive oder unveröffentlichte Daten nicht ohne Autorisierung in Websuchen oder externe KI-Systeme.
  4. Halte an der entsprechenden Human-, Tier-, Biosicherheits-, Dual-Use-, Daten-Governance- oder Regulierungspforte an.

Verwende niemals:

  • eine Hypothese, einen Mechanismus, einen Kausaleffekt, ein Zitat oder ein offensichtliches Muster als etablierte Evidenz darzustellen;
  • Neuheit zu behaupten, weil eine schnelle Suche nichts gefunden hat;
  • Kausalität aus einer Assoziation, zeitlicher Abfolge allein, Vorhersagegenauigkeit oder Modellausgabe abzuleiten;
  • patientenspezifische Diagnosen, Behandlungen, Dosen, Prognosen oder andere klinische Ratschläge zu geben;
  • schädliche experimentelle Optimierungen oder Betriebsdetails für Krankheitserreger, Toxine, Waffen, Umgehungen oder andere Missbräuche bereitzustellen;
  • die IRB/REC-, IACUC-, IBC-, Biosicherheits-, Dual-Use-, Datenschutz-, Rechts- oder Regulierungsprüfung zu umgehen;
  • Quellen, Identifikatoren, Suchabdeckungen, Daten, Ergebnisse, Genehmigungen oder Vorregistrierungen zu fabrizieren;
  • wissenschaftliche Hypothesen automatisch zu bewerten, zu ordnen, auszuwählen, zu akzeptieren oder abzulehnen.

Wenn eine Anfrage eine Sicherheitspforte überschreitet, erstelle nur eine allgemeine Risiko-/Überwachungsnotiz und leite sie an die zuständige lokale Behörde weiter. Fahre nicht mit Betriebsdetails fort.

Halte die Objekte unterscheidbar

ObjektBedeutung
BeobachtungWas gemessen, bemerkt oder berichtet wurde, mit Herkunft und Unsicherheit
ForschungsfrageDie beantwortbare Frage, die den Umfang definiert
HypotheseEin Kandidat für eine erklärende oder relationale Aussage
MechanismusDer vorgeschlagene Prozess, der Bedingungen mit einem Ergebnis verbindet
Kausales Schätzobjekt (Estimand)Der präzise definierte kausale Kontrast, der geschätzt werden soll
VorhersageEine beobachtbare Implikation, die vor der Überprüfung des Zielergebnisses abgeleitet wurde
Alternative ErklärungEine rivalisierende Darstellung, einschließlich Verzerrungen oder nicht-kausaler Erklärungen
NullhypotheseEin spezifisches Null-Effekt/Null-Unterschied-Modell, das in einer Analyse verwendet wird
NegativkontrolleEine Kontrolle, von der erwartet wird, dass sie nicht über den vorgeschlagenen Mechanismus wirkt
OperationalisierungWie ein Konstrukt zu einer Variable, Messung, Intervention oder Kategorie wird
AnalyseplanVorab festgelegte Transformationen, Modelle, Kontraste, Unsicherheiten und Entscheidungsregeln
EvidenzBeobachtungen oder Quellen, die für eine Behauptung relevant sind; niemals die Behauptung selbst

Diese Bezeichnungen nicht vermischen. Eine mechanistische Geschichte ist keine Vorhersage; eine Vorhersage ist keine Evidenz; die Ablehnung einer Nullhypothese beweist keinen Mechanismus; die Unterstützung eines Kandidaten beseitigt nicht nicht berücksichtigte Rivalen.

Arbeitsablauf

1. Führe die Umfangs- und Sicherheitspforte durch

Halte fest:

  • verantwortlicher menschlicher Eigentümer und beabsichtigte Verwendung;
  • Datensensitivität, Autorisierung, Aufbewahrung und zulässige Verarbeitung;
  • betroffene Personen, Tiere, Ökosysteme, Gemeinschaften oder Sicherheitsinteressen;
  • erforderliche ethische, Machbarkeits-, Biosicherheits-, Dual-Use- und Regulierungsprüfungen;
  • ungelöste Blockaden und benötigte Fachkenntnisse.

Keine Skriptgenehmigung ist eine ethische, sicherheitstechnische, behördliche oder wissenschaftliche Genehmigung.

2. Friere die Beobachtung ein

Schreibe die Beobachtung vor der Interpretation auf:

  • Messung oder Quelle;
  • Population, System, Ort und Zeit;
  • Beobachtungseinheit und Analyseeinheit;
  • Unsicherheit, Fehlen, Ausschlüsse und Vorverarbeitung;
  • ob das Muster erwartet, explorativ oder nach dem Betrachten der Ergebnisse ausgewählt wurde.

Verwende „berichtet“, „beobachtet“ oder „assoziiert“, keine kausale Sprache, es sei denn, ein kausales Design und Schätzobjekt (Estimand) rechtfertigen dies.

3. Formuliere die Forschungsfrage

Wähle einen Rahmen nur, wenn er passt:

  • PICO/PICOT für Interventions-/Wirksamkeitsfragen: Population, Intervention, Vergleich, Ergebnis und optional Zeit.
  • PECO für Expositionsfragen.
  • Population–Indextest–Referenzstandard–Zielbedingung für diagnostische Genauigkeit.
  • Population–Prognosefaktor–Ergebnis–Zeit für Prognosen.
  • Ein domänenspezifischer Konstrukt–Kontext–Ergebnis-Rahmen für qualitative, deskriptive, mechanistische oder theoretische Arbeiten.

PICO ist keine universelle Vorlage. Definiere Stakeholder, Kontext, Grenzen, Machbarkeit und welche Antwort das Wissen oder die Praxis verändern würde. FINER ist eine Gedächtnisstütze zur Verfeinerung von Fragen – Durchführbar, Interessant, Neuartig, Ethisch, Relevant – kein Bewertungssystem. Behandle „Neuartig“ als ungeklärt, bis eine dokumentierte, zweckmäßige Suche und Expertenprüfung dies unterstützen.

4. Lege eine datierte Evidenzgrenze fest

Suche, bevor du literaturabhängige Aussagen triffst. Bevorzuge Primärforschung, offizielle Richtlinien, primäre Methodenarbeiten, aktuelle Berichtsrichtlinien und systematische Übersichtsarbeiten, die zur Orientierung verwendet werden.

Halte fest:

  • Suchdatum und -grenze;
  • Datenbanken/Indizes, Abfragen, Filter und Screening-Grenze;
  • einbezogene und ausgeschlossene Quellentypen;
  • Quellen, die jede Behauptung stützen, in Frage stellen oder kontextualisieren;
  • bekannte Zugriffs-, Sprach-, Datenbank- und Zeitbeschränkungen.

Eine Suche kann feststellen, was durchsucht wurde, nicht das universelle Fehlen. Sage „im Rahmen der dokumentierten Suchgrenze nicht gefunden“, niemals „es existiert keine frühere Arbeit“. Verwende assets/search_boundary_template.json, assets/evidence_ledger_template.csv und references/literature_search_strategies.md.

5. Generiere Rivalen, bevor du Tests auswählst

Erstelle mehrere Kandidaten aus wirklich unterschiedlichen Erklärungsklassen, wenn dies plausibel ist:

  • vorgeschlagener Mechanismus;
  • Mess- oder Verarbeitungsartefakt;
  • Confounding oder gemeinsame Ursache;
  • Selektion oder Attrition;
  • Konditionierung auf einen Collider;
  • umgekehrte Kausalität;
  • zeitliche, kontextuelle oder Randbedingungsunterschiede;
  • stochastische Variation;
  • konkurrierende Mechanismen auf einer anderen Skala.

Generiere einen anfänglichen Rivalensatz unabhängig, bevor du KI-unterstützt erweiterst, um Ankerung und Homogenisierung zu reduzieren. Erzwinge keine feste Anzahl oder falsche Symmetrie. Beschrifte jeden Kandidaten als candidate.

Platts Strong-Inference-Muster motiviert Alternativhypothesen und entscheidende Tests, aber gescheiterte Alternativen machen den Überlebenden nicht wahr. Unbekannte Alternativen, Hilfsannahmen, Messfehler und gemischte Mechanismen bleiben möglich.

6. Erkläre den Behauptungstyp und das Schätzobjekt (Estimand)

Klassifiziere jedes Ziel als:

  • beschreibend;
  • assoziativ;
  • vorhersagend;
  • kausal;
  • mechanistisch.

Definiere für ein kausales Ziel vor der Analyse:

  • Zielpopulation oder -system;
  • Intervention/Exposition und Vergleich;
  • Ergebnis und Zeithorizont;
  • populationsbezogene Zusammenfassung;
  • Behandlungsversionen und Handhabung von interkurrenten Ereignissen, wo relevant;
  • Identifikationsannahmen und Zielstudien-/Design-Analogon.

Dokumentiere Confounding-, Selektions-, Collider-, Mess- und Umkehrkausalitätsrisiken getrennt. Eine beobachtende kausale Schätzung bleibt annahmenabhängig. Verwende references/causal_inference_and_claims.md.

7. Leite unterscheidende Vorhersagen ab

Für jeden Kandidaten:

  1. Gib Bedingungen und Randbedingungen an.
  2. Benenne das Beobachtbare und die Messung.
  3. Gib das erwartete Muster und die Unsicherheit an.
  4. Gib ein Ergebnis an, das mit dem Kandidaten unter den erklärten Annahmen unvereinbar ist.
  5. Vergleiche das erwartete Ergebnis mit mindestens einem Rivalen.
  6. Definiere unbestimmte Ergebnisse und was daraus gelernt würde.

Bevorzuge Tests, bei denen Rivalen bedeutungsvoll unterschiedliche Ergebnisse vorhersagen. Füge positive, prozedurale und negative Kontrollen hinzu, wenn dies wissenschaftlich angemessen ist. Eine Negativkontrolle muss nicht in der Lage sein, über den Zielmechanismus zu wirken, während sie relevante Bias-Pfade teilt; sie ist keine dekorative unbehandelte Gruppe.

Verwende assets/prediction_rival_matrix_template.csv und assets/falsification_controls_template.json.

8. Operationalisiere und validiere die Messung

Für jedes Konstrukt halte fest:

  • Variablenrolle und operationelle Definition;
  • Population/System, Einheit, Zeitpunkt und Bedingungen;
  • Instrument/Methode, Kalibrierung, Qualitätskontrolle und Maskierung;
  • Reliabilität/Wiederholbarkeit;
  • Validitätsevidenz und Anwendbarkeit;
  • Fehlen, Nachweisgrenzen, Transformationen, Trennwerte und deren Begründungen;
  • Messinvarianz oder Vergleichbarkeit zwischen Gruppen, wenn relevant;
  • vorhersehbare Messverzerrungen und -einschränkungen.

Behandle einen bequemen Proxy nicht als das Konstrukt selbst. Validiere mit:

python3 scripts/check_operationalization.py local-operationalization.json

9. Passe Design und Analyse an die Behauptung an

Gib an:

  • Stichprobenziehung, Versuchseinheit, Zuordnung, Randomisierung, Maskierung und Kontrollen;
  • Ein-/Ausschluss- und Stoppregeln;
  • Stichprobengrößen-, Präzisions- oder Informationsbegründung basierend auf erklärten Annahmen;
  • Ergebnisse, Kontraste, Schätzobjekte (Estimands), Modelle, Effektmaße und Unsicherheit;
  • Handhabung fehlender Daten und interkurrenter Ereignisse;
  • Multiplizität über Ergebnisse, Modelle, Untergruppen, Looks und Hypothesen hinweg;
  • Annahmen, Diagnostik, Robustheit und Sensitivitätsanalysen;
  • Replikations- oder unabhängiger Validierungsplan;
  • was konfirmatorisch versus explorativ ist.

Verwende keine universellen Mindeststichprobengrößen. Interpretiere einen grenzwertigen p-Wert nicht als Wahrscheinlichkeit, dass eine Hypothese wahr ist, oder als Effektwichtigkeit. Siehe references/experimental_design_patterns.md.

Für Interventionsstudien verwende wo anwendbar die aktuelle SPIRIT 2025-Protokollrichtlinie und die CONSORT 2025-Berichtsrichtlinie. Diese verbessern die Vollständigkeit; sie bescheinigen keine Designqualität, Ethik oder regulatorische Konformität.

10. Verhindere HARKing und lege Abweichungen offen

Bevor du auf die Zielergebnisse zugreifst, zeichne die Frage, Kandidaten, Vorhersagen, Ergebnisse, Ausschlüsse, Transformationen, Analyse, Multiplizität, Plan für fehlende Daten und Stoppregel zeitlich fest, wenn machbar.

Danach:

  • kennzeichne datenabhängige Ideen und Analysen als explorativ;
  • bewahre geplante Analysen auf und berichte sie;
  • liste Abweichungen mit Datum, Begründung, wer entschieden hat und erwarteter Auswirkung auf;
  • schreibe ein beobachtetes Muster niemals als a priori Vorhersage um.

Vorregistrierung ist ein transparenter Plan, kein Verbot von Anpassungen. Registered Reports fügen ergebnisblinde Peer-Review und eine In-Principle-Acceptance unter der Zeitschriftenrichtlinie hinzu. Siehe references/preregistration_and_open_science.md.

11. Plane Replikation und Aktualisierung

Unterscheide:

  • Reproduzierbarkeit: konsistente Berechnungsergebnisse aus denselben Daten/Code/Bedingungen;
  • Replizierbarkeit: Konsistenz über Studien hinweg, die neue Daten für dieselbe Frage sammeln.

Bewahre Herkunft, Versionen, Code, Materialien und Entscheidungsprotokolle auf, wenn die Weitergabe autorisiert ist. Plane unabhängige Replikation oder Transporttests über relevante Grenzen hinweg. Aktualisiere den Kandidatenstatus, wenn gegensätzliche, Null- oder Replikationsevidenz eintrifft; verstecke negative Ergebnisse nicht.

12. Wende menschliche Verantwortlichkeit an

Die verantwortliche Person muss überprüfen:

  • jedes Zitat und jede Quellen-Behauptungs-Verbindung;
  • fachliche Plausibilität und Messvalidität;
  • kausale Annahmen und statistisches Design;
  • Ethik, Machbarkeit, Sicherheit, Datenschutz und regulatorischen Status;
  • alle KI-gestützten Texte, Ideen und Zitate;
  • ob breitere Expertise oder Community-Input erforderlich ist.

KI kann Zitate erfinden, das Denken verankern und Kandidatensets homogenisieren. Halte die erlaubte KI-Nutzung und den materiellen Einfluss fest. Bewahre unabhängiges menschliches Ideenfinden und die Generierung von Rivalen im Prozess.

Lokaler Werkzeugindex

Alle CLIs sind beschränkt, abhängigkeitsfrei, lokal, deterministisch und bewerten nicht:

AufgabeAssetBefehl
Hypothese-Aufzeichnungs-Schemaassets/hypothesis_record_template.jsonpython3 scripts/validate_hypothesis_schema.py record.json
Messungs-Checklisteassets/operationalization_template.jsonpython3 scripts/check_operationalization.py checklist.json
Vorhersage-/Rivalen-Matrixassets/prediction_rival_matrix_template.csvpython3 scripts/validate_prediction_matrix.py matrix.csv
Behauptungssprachen-LintAnnotiertes Markdownpython3 scripts/lint_causal_claims.py draft.md
Falsifikation/Kontrollenassets/falsification_controls_template.jsonpython3 scripts/check_falsification_controls.py controls.json
Evidenz-/Quellenprüfungassets/evidence_ledger_template.csv + assets/search_boundary_template.jsonpython3 scripts/audit_evidence_ledger.py ledger.csv boundary.json
Vorregistrierungsgerüstassets/preregistration_scaffold_template.mdpython3 scripts/generate_preregistration_scaffold.py record.json -o preregistration.md

Exit-Codes sind 0 für strukturell gültige Ausgabe, 1 für abgeschlossene Validierung mit Fehlern und 2 für fehlerhafte/unsichere Eingabe. Berichte validieren nur Deklarationen und interne Konsistenz; sie überprüfen keine wissenschaftliche Wahrheit oder wählen eine Hypothese aus. Vollständige Schemas befinden sich in references/tool_reference.md.

Referenzen

  • references/concepts_and_workflow.md — Objektmodell, Strong Inference, Unsicherheit und Kandidatenlebenszyklus
  • references/hypothesis_quality_criteria.md — Nicht bewertende menschliche Überprüfungskriterien
  • references/literature_search_strategies.md — Nachvollziehbare, abgegrenzte Evidenzsuche
  • references/causal_inference_and_claims.md — Schätzobjekte (Estimands) und Kausal-Bias-Risiken
  • references/experimental_design_patterns.md — Design, Kontrollen, Messung, Multiplizität und Replikation
  • references/preregistration_and_open_science.md — Vorregistrierung, Registered Reports, Abweichungen und Open Science
  • references/ethics_safety_and_ai.md — Überwachungspforten, Dual-Use, Datenhandhabung und verantwortungsvolle KI
  • references/tool_reference.md — CLI-Schemas, Grenzen und Beispiele
  • references/source_ledger.md — Datierte, maßgebliche Quellennotizen
  • references/security_validation.md — Basisergebnisse und Validierungsdatensatz

Das gebündelte Quellenverzeichnis ist assets/source_ledger.csv, verifiziert bis 2026-07-23. Überprüfe zeitkritische Richtlinien und Leitlinien vor einer späteren oder...

[gekürzt für die Übersetzung]

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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