Communitygithub.com

geração-de-hipóteses

Formule perguntas científicas fundamentadas em evidências, hipóteses candidatas, explicações rivais, alegações causais ou associativas, predições discriminantes, medições e planos de análise prontos para pré-registro. Use ao transformar observações ou achados preliminares em planos de pesquisa transparentes e testáveis, sem tratar hipóteses como fatos.

O que é geração-de-hipóteses?

Esta skill orienta o pesquisador na transformação de uma observação em um conjunto transparente de explicações candidatas e testes, enfatizando que uma hipótese é uma proposta a ser desafiada, e não um achado, fato, diagnóstico ou recomendação. Ela impõe limites éticos e de segurança rigorosos, como a proibição de apresentar uma hipótese como evidência estabelecida, inferir causalidade a partir de associação ou fornecer aconselhamento clínico. O fluxo de trabalho é estruturado em 12 etapas, incluindo a definição do escopo e segurança, congelamento da observação, formulação da pergunta de pesquisa (usando frameworks como PICO/PICOT), estabelecimento de um limite de evidências com busca documentada, geração de rivais de diferentes classes explicativas, declaração do tipo de alegação e estimando causal, derivação de predições discriminantes, operacionalização e validação de medições, planejamento de análise e design, prevenção de HARKing (apresentação pós-hoc como predição a priori) e planejamento de replicação. A skill inclui ferramentas locais para validação de esquemas, linting de linguagem causal e auditoria de fontes, e enfatiza a responsabilidade humana na verificação de citações, plausibilidade e conformidade ética e regulatória, sendo compatível com plataformas como Claude Code, Cursor ou Codex.

Funciona com~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/hypothesis-generation

Perguntar na sua IA favorita

Abre um novo chat com esta habilidade de agente já pré-carregada.

Documentação

Geração de Hipóteses Científicas

Transforme uma observação em um conjunto transparente de explicações candidatas e testes. Uma hipótese é uma proposta a ser desafiada, não um achado, fato, diagnóstico ou recomendação.

Limites Inegociáveis

Antes de usar material não publicado, sensível, controlado, pessoal, proprietário, sujeito a controle de exportação ou relevante para segurança:

  1. Confirme a autorização e as políticas institucionais, de financiadores, editoras, uso de dados, privacidade e IA aplicáveis.
  2. Mantenha o material local, a menos que um humano autorizado aprove explicitamente um destino externo nomeado e o escopo dos dados.
  3. Minimize as entradas. Não coloque dados sensíveis ou não publicados em pesquisas na web ou sistemas de IA externos sem autorização.
  4. Pare no portão apropriado de humanos, animais, biossegurança, uso duplo, governança de dados ou regulatório.

Nunca:

  • apresente uma hipótese, mecanismo, efeito causal, citação ou padrão aparente como evidência estabelecida;
  • reivindique novidade porque uma busca rápida não encontrou nada;
  • infira causalidade de associação, ordem temporal isolada, precisão preditiva ou saída de modelo;
  • forneça diagnóstico, tratamento, dose, prognóstico ou outro conselho clínico específico do paciente;
  • forneça otimização experimental prejudicial ou detalhes operacionais para patógenos, toxinas, armas, evasão ou outro uso indevido;
  • ignore a revisão do IRB/REC, IACUC, IBC, biossegurança, uso duplo, privacidade, legal ou regulatória;
  • fabrique fontes, identificadores, cobertura de busca, dados, resultados, aprovações ou pré-registro;
  • pontue, classifique, selecione, aceite ou rejeite automaticamente hipóteses científicas.

Se uma solicitação cruzar um portão de segurança, produza apenas uma nota de risco/supervisão de alto nível e encaminhe para a autoridade local qualificada. Não continue com detalhes operacionais.

Mantenha os Objetos Distintos

ObjetoSignificado
ObservaçãoO que foi medido, notado ou relatado, com proveniência e incerteza
Pergunta de pesquisaA pergunta respondível que define o escopo
HipóteseUma proposição explicativa ou relacional candidata
MecanismoO processo proposto conectando condições a um resultado
Estimando causalO contraste causal precisamente definido a ser estimado
PrediçãoUma implicação observável derivada antes de verificar o resultado alvo
Explicação alternativaUma explicação rival, incluindo viés ou explicações não causais
Hipótese nulaUm modelo de nenhum efeito/nenhuma diferença especificado usado por uma análise
Controle negativoUm controle que se espera não operar através do mecanismo proposto
OperacionalizaçãoComo um construto se torna uma variável, medição, intervenção ou categoria
Plano de análiseTransformações, modelos, contrastes, incerteza e regras de decisão pré-especificados
EvidênciaObservações ou fontes que afetam uma alegação; nunca a própria alegação

Não colapse esses rótulos. Uma história mecanicista não é uma predição; uma predição não é evidência; a rejeição de uma nula não prova um mecanismo; o suporte para um candidato não elimina rivais não considerados.

Fluxo de Trabalho

1. Execute o portão de escopo e segurança

Registre:

  • proprietário humano responsável e uso pretendido;
  • sensibilidade dos dados, autorização, retenção e processamento permitido;
  • pessoas, animais, ecossistemas, comunidades ou interesses de segurança afetados;
  • revisões de ética, viabilidade, biossegurança, uso duplo e regulatórias necessárias;
  • bloqueios não resolvidos e conhecimento de domínio necessário.

Nenhuma aprovação de script é uma aprovação ética, de segurança, regulatória ou científica.

2. Congele a observação

Escreva a observação antes da interpretação:

  • medição ou fonte;
  • população, sistema, lugar e tempo;
  • unidade de observação e unidade de análise;
  • incerteza, dados faltantes, exclusões e pré-processamento;
  • se o padrão era esperado, exploratório ou selecionado após ver os resultados.

Use "relatado", "observado" ou "associado", não linguagem causal, a menos que um design causal e estimando o justifiquem.

3. Enquadre a pergunta de pesquisa

Escolha um framework apenas quando se encaixar:

  • PICO/PICOT para perguntas de intervenção/eficácia: população, intervenção, comparador, desfecho e opcionalmente tempo.
  • PECO para perguntas de exposição.
  • População–teste índice–padrão de referência–condição alvo para precisão diagnóstica.
  • População–fator prognóstico–desfecho–tempo para prognóstico.
  • Um quadro construto–contexto–desfecho específico do domínio para trabalhos qualitativos, descritivos, mecanicistas ou teóricos.

PICO não é um modelo universal. Defina partes interessadas, contexto, limites, viabilidade e qual resposta mudaria o conhecimento ou a prática. FINER é um mnemônico de refinamento de perguntas — Viável, Interessante, Nova, Ética, Relevante — não um sistema de pontuação. Trate "Novel" como não resolvido até que uma busca documentada, adequada ao propósito, e revisão especializada o apoiem.

4. Estabeleça um limite de evidências datado

Busque antes de fazer afirmações dependentes da literatura. Prefira pesquisas primárias, políticas oficiais, artigos de métodos primários, diretrizes de relato atuais e revisões sistemáticas usadas para orientação.

Registre:

  • data e corte da busca;
  • bancos de dados/índices, consultas, filtros e limite de triagem;
  • tipos de fontes incluídos e excluídos;
  • fontes apoiando, desafiando ou contextualizando cada afirmação;
  • limitações conhecidas de acesso, idioma, banco de dados e tempo.

Uma busca pode estabelecer o que foi pesquisado, não a ausência universal. Diga "não localizado dentro do limite de busca documentado", nunca "nenhum trabalho anterior existe". Use assets/search_boundary_template.json, assets/evidence_ledger_template.csv e references/literature_search_strategies.md.

5. Gere rivais antes de escolher testes

Crie múltiplos candidatos de classes explicativas genuinamente diferentes quando plausível:

  • mecanismo proposto;
  • artefato de medição ou processamento;
  • confusão ou causa comum;
  • seleção ou atrito;
  • condicionamento em um colisor;
  • causalidade reversa;
  • diferenças temporais, contextuais ou de condição de contorno;
  • variação estocástica;
  • mecanismos concorrentes em outra escala.

Gere um conjunto rival inicial independentemente antes da expansão assistida por IA para reduzir ancoragem e homogeneização. Não force um número fixo ou simetria falsa. Mantenha todo candidato rotulado como candidate.

O padrão de inferência forte de Platt motiva hipóteses alternativas e testes cruciais, mas alternativas falhas não tornam o sobrevivente verdadeiro. Alternativas desconhecidas, suposições auxiliares, erro de medição e mecanismos mistos permanecem possíveis.

6. Declare o tipo de alegação e o estimando

Classifique cada alvo como:

  • descritivo;
  • associacional;
  • preditivo;
  • causal;
  • mecanicista.

Para um alvo causal, defina antes da análise:

  • população ou sistema alvo;
  • intervenção/exposição e comparador;
  • desfecho e horizonte de tempo;
  • resumo no nível da população;
  • versões de tratamento e manuseio de eventos intercorrentes quando relevante;
  • suposições de identificação e análogo de estudo alvo/design.

Documente riscos de confusão, seleção, colisor, medição e causalidade reversa separadamente. Uma estimativa causal observacional permanece dependente de suposições. Use references/causal_inference_and_claims.md.

7. Derive predições discriminantes

Para cada candidato:

  1. Declare condições e condições de contorno.
  2. Nomeie o observável e a medição.
  3. Declare o padrão esperado e a incerteza.
  4. Declare um resultado incompatível com o candidato sob suposições declaradas.
  5. Compare o resultado esperado com pelo menos um rival.
  6. Defina resultados indeterminados e o que seria aprendido com eles.

Prefira testes onde os rivais preveem resultados significativamente diferentes. Adicione controles positivos, processuais e negativos quando cientificamente apropriado. Um controle negativo deve ser incapaz de operar através do mecanismo alvo, enquanto compartilha vias de viés relevantes; não é um grupo não tratado decorativo.

Use assets/prediction_rival_matrix_template.csv e assets/falsification_controls_template.json.

8. Operacionalize e valide a medição

Para cada construto, registre:

  • papel da variável e definição operacional;
  • população/sistema, unidade, tempo e condições;
  • instrumento/método, calibração, controle de qualidade e mascaramento;
  • confiabilidade/repetibilidade;
  • evidência de validade e aplicabilidade;
  • dados faltantes, limites de detecção, transformações, pontos de corte e suas justificativas;
  • invariância de medição ou comparabilidade entre grupos quando relevante;
  • viés de medição e limitações previsíveis.

Não trate um proxy conveniente como o próprio construto. Valide com:

python3 scripts/check_operationalization.py local-operationalization.json

9. Combine design e análise com a alegação

Especifique:

  • amostragem, unidade experimental, alocação, randomização, mascaramento e controles;
  • regras de inclusão/exclusão e parada;
  • justificativa de tamanho amostral, precisão ou informação baseada em suposições declaradas;
  • desfechos, contrastes, estimandos, modelos, medidas de efeito e incerteza;
  • manuseio de dados faltantes e eventos intercorrentes;
  • multiplicidade entre desfechos, modelos, subgrupos, looks e hipóteses;
  • suposições, diagnósticos, robustez e análises de sensibilidade;
  • plano de replicação ou validação independente;
  • o que é confirmatório versus exploratório.

Não use mínimos universais de tamanho amostral. Não interprete um valor p limiar como a probabilidade de uma hipótese ser verdadeira ou como importância do efeito. Veja references/experimental_design_patterns.md.

Para ensaios de intervenção, use as diretrizes atuais do protocolo SPIRIT 2025 e as diretrizes de relato CONSORT 2025 quando aplicável. Elas melhoram a completude; não certificam qualidade de design, ética ou conformidade regulatória.

10. Previna HARKing e exponha desvios

Antes de acessar os desfechos alvo, registre com timestamp a pergunta, candidatos, predições, desfechos, exclusões, transformações, análise, multiplicidade, plano de dados faltantes e regra de parada quando viável.

Depois:

  • rotule ideias e análises dependentes dos dados como exploratórias;
  • preserve e relate as análises planejadas;
  • liste desvios com data, justificativa, quem decidiu e impacto esperado;
  • nunca reescreva um padrão observado como uma predição a priori.

Pré-registro é um plano transparente, não uma proibição de adaptação. Registered Reports adicionam revisão por pares cega aos resultados e aceitação em princípio sob a política da revista. Veja references/preregistration_and_open_science.md.

11. Planeje replicação e atualização

Distinga:

  • reprodutibilidade: resultados computacionais consistentes a partir dos mesmos dados/código/condições;
  • replicabilidade: consistência entre estudos coletando novos dados para a mesma pergunta.

Preserve proveniência, versões, código, materiais e registros de decisão quando o compartilhamento for autorizado. Planeje replicação independente ou testes de transporte através de limites relevantes. Atualize o status do candidato quando evidências contrárias, nulas ou de replicação chegarem; não esconda resultados negativos.

12. Aplique responsabilidade humana

O humano responsável deve verificar:

  • cada citação e link fonte-para-alegação;
  • plausibilidade de domínio e validade de medição;
  • suposições causais e design estatístico;
  • ética, viabilidade, segurança, privacidade e status regulatório;
  • todo texto, ideias e citações assistidas por IA;
  • se é necessária expertise mais ampla ou contribuição da comunidade.

IA pode confabular citações, ancorar o raciocínio e homogeneizar conjuntos de candidatos. Registre o uso permitido de IA e influência material. Mantenha ideação humana independente e geração de rivais no processo.

Índice de Ferramentas Locais

Todos os CLIs são limitados, sem dependências, locais, determinísticos e não pontuam:

TarefaAtivoComando
Esquema de registro de hipóteseassets/hypothesis_record_template.jsonpython3 scripts/validate_hypothesis_schema.py record.json
Lista de verificação de mediçãoassets/operationalization_template.jsonpython3 scripts/check_operationalization.py checklist.json
Matriz de predição/rivalassets/prediction_rival_matrix_template.csvpython3 scripts/validate_prediction_matrix.py matrix.csv
Lint de linguagem de alegaçãoMarkdown anotadopython3 scripts/lint_causal_claims.py draft.md
Falsificação/controlesassets/falsification_controls_template.jsonpython3 scripts/check_falsification_controls.py controls.json
Auditoria de evidência/fonteassets/evidence_ledger_template.csv + assets/search_boundary_template.jsonpython3 scripts/audit_evidence_ledger.py ledger.csv boundary.json
Andaime de pré-registroassets/preregistration_scaffold_template.mdpython3 scripts/generate_preregistration_scaffold.py record.json -o preregistration.md

Códigos de saída são 0 para saída estruturalmente válida, 1 para validação concluída com erros e 2 para entrada malformada/insegura. Os relatórios validam declarações e consistência interna apenas; eles não verificam verdade científica ou selecionam uma hipótese. Esquemas completos estão em references/tool_reference.md.

Referências

  • references/concepts_and_workflow.md — modelo de objeto, inferência forte, incerteza e ciclo de vida do candidato
  • references/hypothesis_quality_criteria.md — critérios de revisão humana não pontuados
  • references/literature_search_strategies.md — busca de evidências rastreável e limitada
  • references/causal_inference_and_claims.md — estimandos e riscos de viés causal
  • references/experimental_design_patterns.md — design, controles, medição, multiplicidade e replicação
  • references/preregistration_and_open_science.md — pré-registro, Registered Reports, desvios e ciência aberta
  • references/ethics_safety_and_ai.md — portões de supervisão, uso duplo, manuseio de dados e IA responsável
  • references/tool_reference.md — esquemas CLI, limites e exemplos
  • references/source_ledger.md — notas de fontes autoritativas datadas
  • references/security_validation.md — achados de linha de base e registro de validação

O registro de fontes incluído é assets/source_ledger.csv, verificado até 2026-07-23. Reavalie políticas e orientações sensíveis ao tempo antes de uma data posterior ou jur...

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

Habilidades Relacionadas