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Dask

Verteiltes Rechnen für pandas/NumPy-Workloads, die größer als der Arbeitsspeicher sind. Verwenden Sie dies, wenn Sie vorhandenen pandas/NumPy-Code über den Speicher hinaus oder auf Cluster skalieren müssen. Am besten geeignet für parallele Dateiverarbeitung, verteiltes maschinelles Lernen und die Integration in vorhandenen pandas-Code.

Was ist Dask?

Dask ist eine Python-Bibliothek für paralleles und verteiltes Rechnen, die es Entwicklern ermöglicht, mit Datensätzen zu arbeiten, die größer als der verfügbare Arbeitsspeicher sind, Rechenoperationen zu parallelisieren und Workloads auf mehrere Maschinen zu verteilen. Es unterstützt gängige Python-APIs wie pandas, NumPy und benutzerdefinierte Workflows und bietet fünf Hauptkomponenten: DataFrames für parallele pandas-Operationen, Arrays für parallele NumPy-Operationen, Bags für unstrukturierte Daten, Futures für feingranulare Aufgabenparallelisierung und Scheduler für die Ausführungssteuerung. Dask ist ideal für die Skalierung von Datenanalysen und Rechenaufgaben auf einem einzelnen Rechner oder in einem Cluster, mit einer effizienten, faulen Ausführung, die über das Dashboard überwacht werden kann.

Funktioniert mit~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/dask

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Dokumentation

Was macht Dask?

Übersicht

Dask ist eine Python-Bibliothek für paralleles und verteiltes Rechnen, die drei wesentliche Funktionen bietet:

  • Ausführung, die größer als der Arbeitsspeicher ist auf Einzelrechnern für Daten, die den verfügbaren RAM übersteigen
  • Parallele Verarbeitung für verbesserte Rechengeschwindigkeit über mehrere Kerne hinweg
  • Verteilte Berechnung für Datensätze im Terabyte-Bereich auf mehreren Rechnern

Dask skaliert von Laptops (Verarbeitung von ~100 GiB) bis zu Clustern (Verarbeitung von ~100 TiB) und behält dabei vertraute Python-APIs bei.

Aktuelle Upstream-Version: dask 2026.3.0 (PyPI, März 2026). Dokumentation: docs.dask.org. Seit 2025.1.0 ist die ausdrucksbasierte DataFrame-API mit Abfrageplanung die einzige Implementierung – installieren Sie dask-expr nicht separat und setzen Sie dataframe.query-planning: False nicht.

Schnellstart

Installation

uv pip install "dask>=2025.1"

Für einen typischen pandas/NumPy-Workflow mit dem verteilten Scheduler und dem Dashboard:

uv pip install "dask[complete]"

Entfernter Objektspeicher (S3, GCS, Azure):

uv pip install s3fs    # s3://-Pfade
uv pip install gcsfs   # gs://-Pfade

Erfordert Python 3.10+ (Python 3.9 Unterstützung wurde in 2024.12 eingestellt). Für DataFrame-E/A wird PyArrow 16+ benötigt (ab dask 2026.1.2).

Wann dieses Skill verwendet werden sollte

Dieses Skill sollte verwendet werden, wenn:

  • Datensätze verarbeitet werden, die den verfügbaren RAM überschreiten
  • pandas- oder NumPy-Operationen auf größere Datensätze skaliert werden sollen
  • Berechnungen parallelisiert werden, um die Leistung zu verbessern
  • Mehrere Dateien effizient verarbeitet werden sollen (CSVs, Parquet, JSON, Textprotokolle)
  • Benutzerdefinierte parallele Workflows mit Aufgabenabhängigkeiten erstellt werden sollen
  • Workloads auf mehrere Kerne oder Maschinen verteilt werden sollen

Kernfähigkeiten

Dask bietet fünf Hauptkomponenten, die jeweils für unterschiedliche Anwendungsfälle geeignet sind:

1. DataFrames – Parallele Pandas-Operationen

Zweck: pandas-Operationen durch parallele Verarbeitung auf größere Datensätze skalieren.

Verwendungszweck:

  • Tabellarische Daten überschreiten den verfügbaren RAM
  • Mehrere CSV/Parquet-Dateien müssen gemeinsam verarbeitet werden
  • pandas-Operationen sind langsam und benötigen Parallelisierung
  • Skalierung von einem pandas-Prototyp in die Produktion

Referenzdokumentation: Eine umfassende Anleitung zu Dask DataFrames finden Sie unter references/dataframes.md. Dort finden Sie:

  • Lesen von Daten (einzelne Dateien, mehrere Dateien, Glob-Muster)
  • Häufige Operationen (Filtern, Groupby, Joins, Aggregationen)
  • Benutzerdefinierte Operationen mit map_partitions
  • Tipps zur Leistungsoptimierung
  • Häufige Muster (ETL, Zeitreihen, Mehrfachdateiverarbeitung)

Kurzes Beispiel:

import dask.dataframe as dd

# Mehrere Dateien als einzelnes DataFrame lesen
ddf = dd.read_csv('data/2024-*.csv')

# Operationen sind faul, bis compute() aufgerufen wird
filtered = ddf[ddf['value'] > 100]
result = filtered.groupby('category').mean().compute()

Wichtige Punkte:

  • Operationen sind faul (erstellen einen Aufgabengraphen), bis .compute() aufgerufen wird
  • Verwenden Sie map_partitions für effiziente benutzerdefinierte Operationen
  • Konvertieren Sie frühzeitig in ein DataFrame, wenn Sie mit strukturierten Daten aus anderen Quellen arbeiten

2. Arrays – Parallele NumPy-Operationen

Zweck: NumPy-Funktionen auf Datensätze erweitern, die größer als der Speicher sind, unter Verwendung blockierter Algorithmen.

Verwendungszweck:

  • Arrays überschreiten den verfügbaren RAM
  • NumPy-Operationen benötigen Parallelisierung
  • Arbeiten mit wissenschaftlichen Datensätzen (HDF5, Zarr, NetCDF)
  • Parallele lineare Algebra oder Array-Operationen erforderlich

Referenzdokumentation: Eine umfassende Anleitung zu Dask Arrays finden Sie unter references/arrays.md. Dort finden Sie:

  • Erstellen von Arrays (aus NumPy, zufällig, von der Festplatte)
  • Chunking-Strategien und Optimierung
  • Häufige Operationen (Arithmetik, Reduktionen, lineare Algebra)
  • Benutzerdefinierte Operationen mit map_blocks
  • Integration mit HDF5, Zarr und XArray

Kurzes Beispiel:

import dask.array as da

# Großes Array mit Chunks erstellen
x = da.random.random((100000, 100000), chunks=(10000, 10000))

# Operationen sind faul
y = x + 100
z = y.mean(axis=0)

# Ergebnis berechnen
result = z.compute()

Wichtige Punkte:

  • Die Chunk-Größe ist entscheidend (zielen Sie auf ~100 MB pro Chunk)
  • Operationen arbeiten parallel an Chunks
  • Daten neu chunken, wenn dies für effiziente Operationen erforderlich ist
  • Verwenden Sie map_blocks für Operationen, die in Dask nicht verfügbar sind

3. Bags – Parallele Verarbeitung unstrukturierter Daten

Zweck: Verarbeiten von unstrukturierten oder semi-strukturierten Daten (Text, JSON, Protokolle) mit funktionalen Operationen.

Verwendungszweck:

  • Verarbeitung von Textdateien, Protokollen oder JSON-Datensätzen
  • Datenbereinigung und ETL vor der strukturierten Analyse
  • Arbeiten mit Python-Objekten, die nicht in Array-/DataFrame-Formate passen
  • Speichereffiziente Streaming-Verarbeitung erforderlich

Referenzdokumentation: Eine umfassende Anleitung zu Dask Bags finden Sie unter references/bags.md. Dort finden Sie:

  • Lesen von Text- und JSON-Dateien
  • Funktionale Operationen (Map, Filter, Fold, Groupby)
  • Konvertierung in DataFrames
  • Häufige Muster (Protokollanalyse, JSON-Verarbeitung, Textverarbeitung)
  • Leistungsaspekte

Kurzes Beispiel:

import dask.bag as db
import json

# JSON-Dateien lesen und parsen
bag = db.read_text('logs/*.json').map(json.loads)

# Filtern und transformieren
valid = bag.filter(lambda x: x['status'] == 'valid')
processed = valid.map(lambda x: {'id': x['id'], 'value': x['value']})

# Zur Analyse in DataFrame konvertieren
ddf = processed.to_dataframe()

Wichtige Punkte:

  • Für die erste Datenbereinigung verwenden, dann in DataFrame/Array konvertieren
  • Verwenden Sie foldby anstelle von groupby für bessere Leistung
  • Operationen sind streaming-fähig und speichereffizient
  • Für komplexe Operationen in strukturierte Formate (DataFrame) konvertieren

4. Futures – Aufgabenbasierte Parallelisierung

Zweck: Erstellen von benutzerdefinierten parallelen Workflows mit feingranularer Kontrolle über Aufgabenausführung und Abhängigkeiten.

Verwendungszweck:

  • Erstellen von dynamischen, sich entwickelnden Workflows
  • Sofortige Aufgabenausführung erforderlich (nicht faul)
  • Berechnungen hängen von Laufzeitbedingungen ab
  • Implementierung benutzerdefinierter paralleler Algorithmen
  • Zustandsbehaftete Berechnungen erforderlich

Referenzdokumentation: Eine umfassende Anleitung zu Dask Futures finden Sie unter references/futures.md. Dort finden Sie:

  • Einrichten des verteilten Clients
  • Einreichen von Aufgaben und Arbeiten mit Futures
  • Aufgabenabhängigkeiten und Datenbewegung
  • Erweiterte Koordination (Warteschlangen, Sperren, Ereignisse, Akteure)
  • Häufige Muster (Parametersweeps, dynamische Aufgaben, iterative Algorithmen)

Kurzes Beispiel:

from dask.distributed import Client

client = Client()  # Lokalen Cluster erstellen

# Aufgaben einreichen (wird sofort ausgeführt)
def process(x):
    return x ** 2

futures = client.map(process, range(100))

# Ergebnisse sammeln
results = client.gather(futures)

client.close()

Wichtige Punkte:

  • Erfordert einen verteilten Client (auch für einen einzelnen Rechner)
  • Aufgaben werden sofort nach dem Einreichen ausgeführt
  • Große Daten vorab streuen, um wiederholte Übertragungen zu vermeiden
  • ~1 ms Overhead pro Aufgabe (nicht geeignet für Millionen winziger Aufgaben)
  • Akteure für zustandsbehaftete Workflows verwenden

5. Scheduler – Ausführungs-Backends

Zweck: Steuern, wie und wo Dask-Aufgaben ausgeführt werden (Threads, Prozesse, verteilt).

Auswahl des Schedulers:

  • Threads (Standard): NumPy/Pandas-Operationen, GIL-freigebende Bibliotheken, gemeinsam genutzter Speicher
  • Prozesse: Reiner Python-Code, Textverarbeitung, GIL-gebundene Operationen
  • Synchron: Debuggen mit pdb, Profiling, Fehlerverständnis
  • Verteilt: Dashboard, Multi-Maschinen-Cluster, erweiterte Funktionen

Referenzdokumentation: Eine umfassende Anleitung zu Dask Schedulern finden Sie unter references/schedulers.md. Dort finden Sie:

  • Detaillierte Scheduler-Beschreibungen und -Eigenschaften
  • Konfigurationsmethoden (global, Kontextmanager, pro Berechnung)
  • Leistungsaspekte und Overhead
  • Häufige Muster und Fehlerbehebung
  • Thread-Konfiguration für optimale Leistung

Kurzes Beispiel:

import dask
import dask.dataframe as dd

# Threads für DataFrame verwenden (Standard, gut für numerische Daten)
ddf = dd.read_csv('data.csv')
result1 = ddf.mean().compute()  # Verwendet Threads

# Prozesse für rechenintensive Python-Arbeit verwenden
import dask.bag as db
bag = db.read_text('logs/*.txt')
result2 = bag.map(python_function).compute(scheduler='processes')

# Synchron zum Debuggen verwenden
dask.config.set(scheduler='synchronous')
result3 = problematic_computation.compute()  # Kann pdb verwenden

# Verteilt für Überwachung und Skalierung verwenden
from dask.distributed import Client
client = Client()
result4 = computation.compute()  # Verwendet verteilt mit Dashboard

Wichtige Punkte:

  • Threads: Geringster Overhead (~10 µs/Aufgabe), am besten für numerische Arbeit
  • Prozesse: Vermeidet GIL (~10 ms/Aufgabe), am besten für Python-Arbeit
  • Verteilt: Überwachungs-Dashboard (~1 ms/Aufgabe), skaliert auf Cluster
  • Scheduler können pro Berechnung oder global gewechselt werden

Best Practices

Eine umfassende Anleitung zur Leistungsoptimierung, Speicherverwaltungsstrategien und häufigen Fehlern finden Sie unter references/best-practices.md. Zu den wichtigsten Grundsätzen gehören:

Mit einfacheren Lösungen beginnen

Bevor Sie Dask verwenden, erkunden Sie:

  • Bessere Algorithmen
  • Effiziente Dateiformate (Parquet statt CSV)
  • Kompilierter Code (Numba, Cython)
  • Datenstichproben

Kritische Leistungsregeln

1. Daten nicht lokal laden und dann an Dask übergeben

# Falsch: Lädt alle Daten zuerst in den Speicher
import pandas as pd
df = pd.read_csv('large.csv')
ddf = dd.from_pandas(df, npartitions=10)

# Richtig: Dask das Laden überlassen
import dask.dataframe as dd
ddf = dd.read_csv('large.csv')

2. Wiederholte compute()-Aufrufe vermeiden

# Falsch: Jeder compute() ist separat
for item in items:
    result = dask_computation(item).compute()

# Richtig: Ein einziger compute() für alle
computations = [dask_computation(item) for item in items]
results = dask.compute(*computations)

3. Keine übermäßig großen Aufgabengraphen erstellen

  • Chunk-Größen erhöhen, wenn es Millionen von Aufgaben gibt
  • map_partitions/map_blocks verwenden, um Operationen zu verschmelzen
  • Aufgabengraphen-Größe prüfen: len(ddf.__dask_graph__())

4. Angemessene Chunk-Größen wählen

  • Ziel: ~100 MB pro Chunk (oder 10 Chunks pro Kern im Arbeiterspeicher)
  • Zu groß: Speicherüberlauf
  • Zu klein: Planungs-Overhead

5. Das Dashboard verwenden

from dask.distributed import Client
client = Client()
print(client.dashboard_link)  # Leistung überwachen, Engpässe identifizieren

Häufige Workflow-Muster

ETL-Pipeline

import dask.dataframe as dd

# Extract: Daten lesen
ddf = dd.read_csv('raw_data/*.csv')

# Transform: Bereinigen und verarbeiten
ddf = ddf[ddf['status'] == 'valid']
ddf['amount'] = ddf['amount'].astype('float64')
ddf = ddf.dropna(subset=['important_col'])

# Load: Aggregieren und speichern
summary = ddf.groupby('category').agg({'amount': ['sum', 'mean']})
summary.to_parquet('output/summary.parquet')

Pipeline von unstrukturiert zu strukturiert

import dask.bag as db
import json

# Mit Bag für unstrukturierte Daten beginnen
bag = db.read_text('logs/*.json').map(json.loads)
bag = bag.filter(lambda x: x['status'] == 'valid')

# Für strukturierte Analyse in DataFrame konvertieren
ddf = bag.to_dataframe()
result = ddf.groupby('category').mean().compute()

Großflächige Array-Berechnung

import dask.array as da

# Großes Array laden oder erstellen
x = da.from_zarr('large_dataset.zarr')

# In Chunks verarbeiten
normalized = (x - x.mean()) / x.std()

# Ergebnis speichern (mode= für Überschreiben; zarr_array_kwargs für Komprimierung)
da.to_zarr(normalized, 'normalized.zarr', mode='w')

Benutzerdefinierter paralleler Workflow

from dask.distributed import Client

client = Client()

# Großen Datensatz einmal streuen
data = client.scatter(large_dataset)

# Parallel mit Abhängigkeiten verarbeiten
futures = []
for param in parameters:
    future = client.submit(process, data, param)
    futures.append(future)

# Ergebnisse sammeln
results = client.gather(futures)

Auswahl der richtigen Komponente

Verwenden Sie diesen Entscheidungsleitfaden, um die geeignete Dask-Komponente auszuwählen:

Datentyp:

  • Tabellarische Daten → DataFrames
  • Numerische Arrays → Arrays
  • Text/JSON/Protokolle → Bags (dann in DataFrame konvertieren)
  • Benutzerdefinierte Python-Objekte → Bags oder Futures

Operationstyp:

  • Standard-pandas-Operationen → DataFrames
  • Standard-NumPy-Operationen → Arrays
  • Benutzerdefinierte parallele Aufgaben → Futures
  • Textverarbeitung/ETL → Bags

Kontrollstufe:

  • Hochstufig, automatisch → DataFrames/Arrays
  • Niedrigstufig, manuell → Futures

Workflow-Typ:

  • Statischer Berechnungsgraph → DataFrames/Arrays/Bags
  • Dynamisch, sich entwickelnd → Futures

Integrationsaspekte

Dateiformate

  • Effizient: Parquet, HDF5, Zarr (spaltenbasiert, komprimiert, parallelfreundlich)
  • Kompatibel, aber langsamer: CSV (nur für die erste Erfassung verwenden)
  • Für Arrays: HDF5, Zarr, NetCDF

Konvertierung zwischen Sammlungen

# Bag → DataFrame
ddf = bag.to_dataframe()

# DataFrame → Array (für numerische Daten)
arr = ddf.to_dask_array(lengths=True)

# Array → DataFrame
ddf = dd.from_dask_array(arr, columns=['col1', 'col2'])

Mit anderen Bibliotheken

  • XArray: Umhüllt Dask-Arrays mit beschrifteten Dimensionen (Geodaten, Bildgebung)
  • Dask-ML: Maschinelles Lernen mit scikit-learn-kompatiblen APIs
  • Distributed: Erweitertes Cluster-Management und -Überwachung

Debugging und Entwicklung

Iterativer Entwicklungsworkflow

  1. Auf kleinen Daten mit synchronem Scheduler testen:
dask.config.set(scheduler='synchronous')
result = computation.compute()  # Kann pdb verwenden, einfaches Debugging
  1. Mit Threads auf einer Stichprobe validieren:
sample = ddf.head(1000)  # Kleine Stichprobe
# Logik testen, dann auf den vollständigen Datensatz skalieren
  1. Mit verteiltem Scheduler für die Überwachung skalieren:
from dask.distributed import Client
client = Client()
print(client.dashboard_link)  # Leistung überwachen
result = computation.compute()

Häufige Probleme

Speicherfehler:

  • Chunk-Größen verringern
  • persist() strategisch verwenden und nach Gebrauch löschen
  • Auf Speicherlecks in benutzerdefinierten Funktionen prüfen

Langsamer Start:

  • Aufgabengraph zu groß (Chunk-Größen erhöhen)
  • map_partitions oder map_blocks verwenden, um Aufgaben zu reduzieren

Schlechte Parallelisierung:

  • Chunks zu groß (Anzahl der Partitionen erhöhen)
  • Threads mit Python-Code verwenden (auf Prozesse umstellen)
  • Datenabhängigkeiten verhindern Parallelität

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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