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dask

Computação distribuída para workflows pandas/NumPy maiores que a RAM. Use quando precisar escalar código pandas/NumPy existente além da memória ou em clusters. Ideal para processamento paralelo de arquivos, ML distribuído, integração com código pandas existente.

O que é dask?

Dask é uma biblioteca Python para computação paralela e distribuída que permite executar workloads que excedem a RAM disponível em uma única máquina, processar dados em paralelo para ganho de desempenho e distribuir computação em clusters para datasets em escala de terabytes. Ela escala de laptops (processando ~100 GiB) a clusters (processando ~100 TiB) mantendo APIs Python familiares, como pandas e NumPy. Suporta múltiplos componentes: DataFrames para operações tabulares paralelas, Arrays para computação numérica em blocos, Bags para processamento de dados não estruturados (texto, JSON, logs), Futures para workflows paralelos sob medida e Schedulers para controlar a execução (threads, processos, distribuído). A versão atual (2026.3.0) requer Python 3.10+ e PyArrow 16+ para I/O de DataFrames.

Funciona com~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/dask

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Documentação

O que dask faz?

Visão Geral

Dask é uma biblioteca Python para computação paralela e distribuída que oferece três capacidades críticas:

  • Execução maior que a memória em máquinas únicas para dados que excedem a RAM disponível
  • Processamento paralelo para melhorar a velocidade computacional em múltiplos núcleos
  • Computação distribuída suportando datasets em escala de terabytes em várias máquinas

Dask escala de laptops (processando ~100 GiB) a clusters (processando ~100 TiB) mantendo APIs Python familiares.

Versão upstream atual: dask 2026.3.0 (PyPI, março de 2026). Documentação: docs.dask.org. Desde a 2025.1.0, a API DataFrame baseada em expressões com planejamento de consultas é a única implementação — não instale dask-expr separadamente nem defina dataframe.query-planning: False.

Início Rápido

Instalação

uv pip install "dask>=2025.1"

Para um workflow típico de pandas/NumPy com o agendador distribuído e o painel de monitoramento:

uv pip install "dask[complete]"

Armazenamento remoto de objetos (S3, GCS, Azure):

uv pip install s3fs    # caminhos s3://
uv pip install gcsfs   # caminhos gs://

Requer Python 3.10+ (suporte a 3.9 removido em 2024.12). I/O de DataFrames requer PyArrow 16+ (a partir de dask 2026.1.2).

Quando Usar Esta Habilidade

Esta habilidade deve ser usada quando:

  • Processar datasets que excedem a RAM disponível
  • Escalar operações pandas ou NumPy para datasets maiores
  • Paralelizar computações para melhorias de desempenho
  • Processar múltiplos arquivos eficientemente (CSVs, Parquet, JSON, logs de texto)
  • Construir workflows paralelos personalizados com dependências de tarefas
  • Distribuir cargas de trabalho entre múltiplos núcleos ou máquinas

Capacidades Principais

Dask oferece cinco componentes principais, cada um adequado a diferentes casos de uso:

1. DataFrames - Operações Pandas Paralelas

Propósito: Escalar operações pandas para datasets maiores através de processamento paralelo.

Quando Usar:

  • Dados tabulares excedem a RAM disponível
  • Necessidade de processar múltiplos arquivos CSV/Parquet juntos
  • Operações pandas estão lentas e precisam de paralelização
  • Escalar de protótipo pandas para produção

Documentação de Referência: Para orientação abrangente sobre DataFrames Dask, consulte references/dataframes.md que inclui:

  • Leitura de dados (arquivo único, múltiplos arquivos, padrões glob)
  • Operações comuns (filtragem, groupby, joins, agregações)
  • Operações personalizadas com map_partitions
  • Dicas de otimização de desempenho
  • Padrões comuns (ETL, séries temporais, processamento multiarquivo)

Exemplo Rápido:

import dask.dataframe as dd

# Ler múltiplos arquivos como um único DataFrame
ddf = dd.read_csv('dados/2024-*.csv')

# Operações são lentas até compute()
filtrado = ddf[ddf['valor'] > 100]
resultado = filtrado.groupby('categoria').mean().compute()

Pontos-Chave:

  • Operações são lentas (constroem grafo de tarefas) até .compute() ser chamado
  • Use map_partitions para operações personalizadas eficientes
  • Converta para DataFrame cedo ao trabalhar com dados estruturados de outras fontes

2. Arrays - Operações NumPy Paralelas

Propósito: Estender as capacidades do NumPy para datasets maiores que a memória usando algoritmos em blocos.

Quando Usar:

  • Arrays excedem a RAM disponível
  • Operações NumPy precisam de paralelização
  • Trabalhar com datasets científicos (HDF5, Zarr, NetCDF)
  • Necessidade de álgebra linear paralela ou operações com arrays

Documentação de Referência: Para orientação abrangente sobre Arrays Dask, consulte references/arrays.md que inclui:

  • Criação de arrays (a partir de NumPy, aleatório, a partir de disco)
  • Estratégias de chunk e otimização
  • Operações comuns (aritmética, reduções, álgebra linear)
  • Operações personalizadas com map_blocks
  • Integração com HDF5, Zarr e XArray

Exemplo Rápido:

import dask.array as da

# Criar array grande com chunks
x = da.random.random((100000, 100000), chunks=(10000, 10000))

# Operações são lentas
y = x + 100
z = y.mean(axis=0)

# Computar resultado
resultado = z.compute()

Pontos-Chave:

  • O tamanho do chunk é crítico (busque ~100 MB por chunk)
  • Operações trabalham em chunks em paralelo
  • Rechunk os dados quando necessário para operações eficientes
  • Use map_blocks para operações não disponíveis no Dask

3. Bags - Processamento Paralelo de Dados Não Estruturados

Propósito: Processar dados não estruturados ou semiestruturados (texto, JSON, logs) com operações funcionais.

Quando Usar:

  • Processar arquivos de texto, logs ou registros JSON
  • Limpeza de dados e ETL antes da análise estruturada
  • Trabalhar com objetos Python que não se encaixam em formatos de array/dataframe
  • Necessidade de processamento eficiente em streaming com baixo uso de memória

Documentação de Referência: Para orientação abrangente sobre Bags Dask, consulte references/bags.md que inclui:

  • Leitura de arquivos de texto e JSON
  • Operações funcionais (map, filter, fold, groupby)
  • Conversão para DataFrames
  • Padrões comuns (análise de logs, processamento JSON, processamento de texto)
  • Considerações de desempenho

Exemplo Rápido:

import dask.bag as db
import json

# Ler e analisar arquivos JSON
bag = db.read_text('logs/*.json').map(json.loads)

# Filtrar e transformar
válido = bag.filter(lambda x: x['status'] == 'válido')
processado = válido.map(lambda x: {'id': x['id'], 'valor': x['valor']})

# Converter para DataFrame para análise
ddf = processado.to_dataframe()

Pontos-Chave:

  • Use para limpeza inicial de dados, depois converta para DataFrame/Array
  • Use foldby em vez de groupby para melhor desempenho
  • Operações são streaming e eficientes em memória
  • Converta para formatos estruturados (DataFrame) para operações complexas

4. Futures - Paralelização Baseada em Tarefas

Propósito: Construir workflows paralelos personalizados com controle refinado sobre execução de tarefas e dependências.

Quando Usar:

  • Construir workflows dinâmicos e evolutivos
  • Necessidade de execução imediata de tarefas (não lenta)
  • Computações dependem de condições em tempo de execução
  • Implementar algoritmos paralelos personalizados
  • Necessidade de computações com estado

Documentação de Referência: Para orientação abrangente sobre Futures Dask, consulte references/futures.md que inclui:

  • Configuração de cliente distribuído
  • Submissão de tarefas e trabalho com futures
  • Dependências de tarefas e movimento de dados
  • Coordenação avançada (filas, locks, eventos, atores)
  • Padrões comuns (varredura de parâmetros, tarefas dinâmicas, algoritmos iterativos)

Exemplo Rápido:

from dask.distributed import Client

client = Client()  # Criar cluster local

# Submeter tarefas (executa imediatamente)
def processar(x):
    return x ** 2

futures = client.map(processar, range(100))

# Reunir resultados
resultados = client.gather(futures)

client.close()

Pontos-Chave:

  • Requer cliente distribuído (mesmo para máquina única)
  • Tarefas executam imediatamente quando submetidas
  • Pré-dispersar dados grandes para evitar transferências repetidas
  • ~1ms de overhead por tarefa (não adequado para milhões de tarefas pequenas)
  • Use atores para workflows com estado

5. Agendadores - Backends de Execução

Propósito: Controlar como e onde as tarefas Dask executam (threads, processos, distribuído).

Quando Escolher Agendador:

  • Threads (padrão): Operações NumPy/Pandas, bibliotecas que liberam GIL, benefício de memória compartilhada
  • Processos: Código Python puro, processamento de texto, operações com GIL
  • Síncrono: Depuração com pdb, profiling, entendimento de erros
  • Distribuído: Necessidade de painel de monitoramento, clusters multimáquina, funcionalidades avançadas

Documentação de Referência: Para orientação abrangente sobre Agendadores Dask, consulte references/schedulers.md que inclui:

  • Descrições detalhadas dos agendadores e suas características
  • Métodos de configuração (global, gerenciador de contexto, por computação)
  • Considerações de desempenho e overhead
  • Padrões comuns e solução de problemas
  • Configuração de threads para desempenho ideal

Exemplo Rápido:

import dask
import dask.dataframe as dd

# Usar threads para DataFrame (padrão, bom para numérico)
ddf = dd.read_csv('dados.csv')
resultado1 = ddf.mean().compute()  # Usa threads

# Usar processos para trabalho pesado em Python
import dask.bag as db
bag = db.read_text('logs/*.txt')
resultado2 = bag.map(função_python).compute(scheduler='processes')

# Usar síncrono para depuração
dask.config.set(scheduler='synchronous')
resultado3 = computação_problemática.compute()  # Pode usar pdb

# Usar distribuído para monitoramento e escalabilidade
from dask.distributed import Client
client = Client()
resultado4 = computação.compute()  # Usa distribuído com painel

Pontos-Chave:

  • Threads: Menor overhead (~10 µs/tarefa), melhor para trabalho numérico
  • Processos: Evita GIL (~10 ms/tarefa), melhor para trabalho Python
  • Distribuído: Painel de monitoramento (~1 ms/tarefa), escala para clusters
  • Pode trocar de agendador por computação ou globalmente

Melhores Práticas

Para orientação abrangente sobre otimização de desempenho, estratégias de gerenciamento de memória e armadilhas comuns a evitar, consulte references/best-practices.md. Princípios-chave incluem:

Comece com Soluções Mais Simples

Antes de usar Dask, explore:

  • Melhores algoritmos
  • Formatos de arquivo eficientes (Parquet em vez de CSV)
  • Código compilado (Numba, Cython)
  • Amostragem de dados

Regras Críticas de Desempenho

1. Não Carregue Dados Localmente e Depois Entregue ao Dask

# Errado: Carrega todos os dados na memória primeiro
import pandas as pd
df = pd.read_csv('grande.csv')
ddf = dd.from_pandas(df, npartitions=10)

# Correto: Deixe o Dask lidar com o carregamento
import dask.dataframe as dd
ddf = dd.read_csv('grande.csv')

2. Evite Chamadas Repetidas a compute()

# Errado: Cada compute é separado
for item in itens:
    resultado = computação_dask(item).compute()

# Correto: Compute único para todos
computações = [computação_dask(item) for item in itens]
resultados = dask.compute(*computações)

3. Não Construa Grafos de Tarefas Excessivamente Grandes

  • Aumente tamanhos de chunk se houver milhões de tarefas
  • Use map_partitions/map_blocks para fundir operações
  • Verifique o tamanho do grafo de tarefas: len(ddf.__dask_graph__())

4. Escolha Tamanhos de Chunk Adequados

  • Alvo: ~100 MB por chunk (ou 10 chunks por núcleo na memória do worker)
  • Muito grande: Estouro de memória
  • Muito pequeno: Overhead de agendamento

5. Use o Painel de Monitoramento

from dask.distributed import Client
client = Client()
print(client.dashboard_link)  # Monitorar desempenho, identificar gargalos

Padrões Comuns de Workflow

Pipeline ETL

import dask.dataframe as dd

# Extrair: Ler dados
ddf = dd.read_csv('dados_brutos/*.csv')

# Transformar: Limpar e processar
ddf = ddf[ddf['status'] == 'válido']
ddf['quantidade'] = ddf['quantidade'].astype('float64')
ddf = ddf.dropna(subset=['coluna_importante'])

# Carregar: Agregar e salvar
resumo = ddf.groupby('categoria').agg({'quantidade': ['sum', 'mean']})
resumo.to_parquet('saida/resumo.parquet')

Pipeline de Não Estruturado para Estruturado

import dask.bag as db
import json

# Começar com Bag para dados não estruturados
bag = db.read_text('logs/*.json').map(json.loads)
bag = bag.filter(lambda x: x['status'] == 'válido')

# Converter para DataFrame para análise estruturada
ddf = bag.to_dataframe()
resultado = ddf.groupby('categoria').mean().compute()

Computação de Array em Grande Escala

import dask.array as da

# Carregar ou criar array grande
x = da.from_zarr('grande_dataset.zarr')

# Processar em chunks
normalizado = (x - x.mean()) / x.std()

# Salvar resultado (use mode= para sobrescrever; zarr_array_kwargs para compressão)
da.to_zarr(normalizado, 'normalizado.zarr', mode='w')

Workflow Paralelo Personalizado

from dask.distributed import Client

client = Client()

# Dispersar dataset grande uma vez
dados = client.scatter(grande_dataset)

# Processar em paralelo com dependências
futures = []
for param in parâmetros:
    future = client.submit(processar, dados, param)
    futures.append(future)

# Reunir resultados
resultados = client.gather(futures)

Selecionando o Componente Certo

Use este guia de decisão para escolher o componente Dask apropriado:

Tipo de Dado:

  • Dados tabulares → DataFrames
  • Arrays numéricos → Arrays
  • Texto/JSON/logs → Bags (depois converter para DataFrame)
  • Objetos Python personalizados → Bags ou Futures

Tipo de Operação:

  • Operações pandas padrão → DataFrames
  • Operações NumPy padrão → Arrays
  • Tarefas paralelas personalizadas → Futures
  • Processamento de texto/ETL → Bags

Nível de Controle:

  • Alto nível, automático → DataFrames/Arrays
  • Baixo nível, manual → Futures

Tipo de Workflow:

  • Grafo de computação estático → DataFrames/Arrays/Bags
  • Dinâmico, evolutivo → Futures

Considerações de Integração

Formatos de Arquivo

  • Eficientes: Parquet, HDF5, Zarr (colunar, comprimido, amigável para paralelismo)
  • Compatíveis, mas mais lentos: CSV (use apenas para ingestão inicial)
  • Para Arrays: HDF5, Zarr, NetCDF

Conversão entre Coleções

# Bag → DataFrame
ddf = bag.to_dataframe()

# DataFrame → Array (para dados numéricos)
arr = ddf.to_dask_array(lengths=True)

# Array → DataFrame
ddf = dd.from_dask_array(arr, columns=['col1', 'col2'])

Com Outras Bibliotecas

  • XArray: Envolve arrays Dask com dimensões rotuladas (geoespacial, imagens)
  • Dask-ML: Aprendizado de máquina com APIs compatíveis com scikit-learn
  • Distributed: Gerenciamento avançado de clusters e monitoramento

Depuração e Desenvolvimento

Workflow de Desenvolvimento Iterativo

  1. Teste em dados pequenos com agendador síncrono:
dask.config.set(scheduler='synchronous')
resultado = computação.compute()  # Pode usar pdb, depuração fácil
  1. Valide com threads em amostra:
amostra = ddf.head(1000)  # Amostra pequena
# Teste a lógica, depois escale para dataset completo
  1. Escalone com distribuído para monitoramento:
from dask.distributed import Client
client = Client()
print(client.dashboard_link)  # Monitorar desempenho
resultado = computação.compute()

Problemas Comuns

Erros de Memória:

  • Diminua tamanhos de chunk
  • Use persist() estrategicamente e exclua quando terminar
  • Verifique vazamentos de memória em funções personalizadas

Início Lento:

  • Grafo de tarefas muito grande (aumente tamanhos de chunk)
  • Use map_partitions ou map_blocks para reduzir tarefas

Paralelização Ruim:

  • Chunks muito grandes (aumente o número de partições)
  • Uso de threads com código Python (troque para processos)
  • Dependências de dados impedem paralelismo

Ferramentas de Depuração

  • Agendador Síncrono: dask.config.set(scheduler='synchronous') para depuração passo a passo
  • Função visualize(): ddf.visualize() mostra o grafo de computação
  • Painel Distribuído: Métricas em tempo real, gráficos de progresso, perfil de tarefas
  • Amostragem de Dados: Teste com ddf.head(1000) antes da execução completa

Exemplos de Referência

Consulte os arquivos de referência para exemplos detalhados de cada componente:

  • references/dataframes.md - Operações abrangentes com DataFrames
  • references/arrays.md - Operações abrangentes com Arrays
  • references/bags.md - Operações abrangentes com Bags
  • references/futures.md - Operações abrangentes com Futures
  • references/schedulers.md - Configuração de agendadores
  • references/best-practices.md - Estratégias de otimização de desempenho

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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