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pptx

Verwenden Sie dieses Skill bei jeder Aufgabe, die eine .pptx- oder .potx-Datei betrifft – als Eingabe, Ausgabe oder beides. Dies umfasst: Erstellen von Folien, Pitch Decks oder Präsentationen; Lesen, Parsen oder Extrahieren von Text aus .pptx- oder .potx-Dateien (auch wenn der extrahierte Inhalt woanders verwendet wird, z. B. in einer E-Mail oder Zusammenfassung); Bearbeiten, Ändern oder Aktualisieren vorhandener Präsentationen; Zusammenführen oder Aufteilen von Foliendateien; Arbeiten mit Vorlagen (.potx), Layouts, Referentennotizen oder Kommentaren. Auslösen, sobald der Benutzer „pptx“ oder „potx“ erwähnt.

Was ist pptx?

Das pptx-Skill ist ein umfassendes Werkzeug zur Erstellung, Bearbeitung und Analyse von PowerPoint-Präsentationen (.pptx und .potx). Es wurde für KI-Agenten wie Claude Code, Cursor oder Codex entwickelt und deckt vier Hauptaufgaben ab: Erstellen neuer Folien mithilfe von `pptxgenjs`, Bearbeiten vorhandener Folien durch Entpacken und direktes Manipulieren der zugrundeliegenden XML-Dateien, Lesen von Inhalten mit `markitdown` und das Erstellen visueller Raster für Layout-Auswahlen mittels `thumbnail.py`. Das Skill bietet eine Reihe von Skripten zur Automatisierung komplexer Workflows, darunter das Hinzufügen und Duplizieren von Folien (`add_slide.py`), das Bereinigen nicht referenzierter Elemente (`clean.py`) und die Validierung der Ausgabedateien gegen Office-Schemas (`validate.py`). Es enthält ausführliche Hinweise zu Fallstricken bei der Verwendung von `pptxgenjs`, wie korrekte Farbangaben, Schatteneinstellungen und das Vermeiden von Dateikorruption. Zusätzlich bietet das Skill Designempfehlungen, einschließlich Farbpaletten, Layout-Optionen und typografische Richtlinien, um visuell ansprechende Präsentationen zu erstellen. Es unterstützt sowohl die Erstellung neuer Präsentationen als auch die Bearbeitung von Vorlagen, wobei der Workflow für .potx-Dateien identisch ist.

Funktioniert mit✓Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/pptx

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Dokumentation

PPTX-Erstellung, -Bearbeitung und -Analyse

Eine .pptx-Datei ist ein ZIP-Archiv von XML-Dateien. Wählen Sie Ihren Ansatz je nach Aufgabe:

AufgabeAnsatz
Erstellen eines neuen DecksEin pptxgenjs-Skript schreiben – siehe Fallstricke unten
Bearbeiten eines vorhandenen Decks oder Erstellen aus einer VorlageEntpacken → ppt/slides/slideN.xml bearbeiten → zippen
Lesen von Inhaltenmarkitdown deck.pptx (ein Block pro Folie unter <!-- Slide number: N -->-Markierungen); visuelles Raster: python scripts/thumbnail.py deck.pptx

Skripte

Pfade sind relativ zum Verzeichnis dieses Skills. Alles andere ist reines Python, node oder Shell.

SkriptFunktion
scripts/thumbnail.py deck.pptx [prefix]Beschriftetes Raster jeder Folie zur Auswahl von Vorlagen-Layouts. Nur .pptx. Übergeben Sie prefix – standardmäßig thumbnails, was die Raster anderer Decks im selben Verzeichnis überschreibt
scripts/add_slide.py unpacked/ slide2.xml [--after slideN.xml]Eine Folie (oder eine slideLayoutN.xml) mit der gesamten Paketverwaltung duplizieren. Akzeptiert auch eine .pptx-Datei direkt mit -o out.pptx
scripts/clean.py unpacked/Löschen nicht mehr referenzierter Folien, Medien und Beziehungen. Nach der endgültigen <p:sldIdLst> ausführen
scripts/office/validate.py deck.pptx [--original src.pptx]Schema-, Beziehungs-, Inhaltstyp-, Diagramm- und Folienprüfungen; jeder Fehler benennt seine Behebung. Übergeben Sie --original für jedes aus einer Vorlage abgeleitete Deck – es basiert die Schema-Prüfungen auf der Vorlage, sodass die eigenen XSD-Fehler der Vorlage nicht als Ihre erscheinen
scripts/office/soffice.py --headless --convert-to pdf deck.pptxLibreOffice-Wrapper – reines soffice hängt in dieser Sandbox

Erstellen mit pptxgenjs – Fallstricke

pptxgenjs ist vorinstalliert – führen Sie nicht npm install aus; schreiben Sie das Skript und verwenden Sie require('pptxgenjs') direkt. Nur wenn dieser Aufruf fehlschlägt: npm install pptxgenjs. Das Modell kennt die API; hier sind die Fallstricke:

  • Setzen Sie pres.layout vor dem Hinzufügen von Folien. Die Standard-Leinwand ist LAYOUT_16x9 = 10" × 5.625", nicht 13,3" breit. Koordinaten jenseits des Randes werden geschrieben, nicht begrenzt – die Form ist einfach nicht auf der Folie. (LAYOUT_WIDE ist 13,3" × 7,5".)
  • Hex-Farben: niemals #, niemals 8 Ziffern. color: "FF0000". Sowohl "#FF0000" als auch Alpha in der Hex ("00000020") beschädigen die Datei. Für Transluzenz: transparency: 0-100 bei Füllungen und Bildern, opacity: 0.0-1.0 bei Schatten – jedes wird beim anderen still ignoriert.
  • pptxgenjs ändert Optionsobjekte direkt (wandelt Werte bei erster Verwendung in EMU um). Teilen Sie niemals ein shadow/Options-Objekt über zwei add*-Aufrufe – erstellen Sie jedes Mal ein neues Objekt.
  • Schatten offset muss ≥ 0 sein – ein negativer Offset beschädigt die Datei. Um einen Schatten nach oben zu werfen, verwenden Sie angle: 270 mit einem positiven Offset.
  • letterSpacing wird still ignoriert – die korrekte Option ist charSpacing.
  • Listen: bullet: true bei jedem Element, niemals ein wörtliches • (ergibt doppelte Aufzählungszeichen). Setzen Sie breakLine: true bei jedem Array-Element außer dem letzten. Abstand zwischen Aufzählungsabsätzen mit paraSpaceAfter, nicht lineSpacing (führt zu großen Lücken).
  • Ein new pptxgen() pro Ausgabedatei – verwenden Sie niemals eine Instanz wieder.
  • rectRadius funktioniert nur bei ROUNDED_RECTANGLE, nicht bei RECTANGLE.
  • Verlaufsfüllungen werden nicht unterstützt – verwenden Sie stattdessen ein Verlaufsbild als Hintergrund.
  • Textfelder haben eingebauten Innenabstand – setzen Sie margin: 0, wenn Text auf derselben x-Position mit einer Form, Linie oder einem Symbol ausgerichtet sein muss.
  • Referentennotizen kommen in slide.addNotes("...") (Klartext, einmal pro Folie), niemals in ein Textfeld auf der Folie.
  • Halten Sie Diagramme nativ. Verwenden Sie addChart() für alles, was PowerPoint darstellen kann (übergeben Sie ein Array von {type, data, options} für Kombinationen). Für PowerPoint-native Funktionen, die die Bibliothek nicht bereitstellt (Trendlinien, Fehlerbalken), berechnen Sie die zusätzliche Reihe selbst oder verarbeiten Sie das generierte OOXML nach – greifen Sie nicht auf ein gerendertes Bild zurück. Nur Diagrammtypen, für die PowerPoint keine native Form hat (Sankey, Netzwerk, Chord), werden als Bilder eingefügt.
  • Standard-Diagramme rendern kahl – kein Titel, keine Datenbeschriftungen, veraltete Palette. Setzen Sie showTitle + title, showValue: true + dataLabelPosition, chartColors: [...] aus Ihrer Palette, und beruhigen Sie den Rahmen (catAxisLabelColor/valAxisLabelColor, valGridLine: { color, size }, catGridLine: { style: "none" }, showLegend: false für eine einzelne Reihe).
  • Bei einem gestapelten Balken- oder Säulendiagramm muss dataLabelPosition ctr, inEnd oder inBase sein. outEnd beschädigt die Datei.
  • Eine Kombinationsreihe, die secondaryValAxis/secondaryCatAxis verwendet, benötigt sowohl valAxes als auch catAxes in den Diagrammoptionen, jeweils zwei Einträge. Ohne diese schreibt pptxgenjs Achsen-IDs, die es nie deklariert, und PowerPoint verwirft dieses Diagramm und meldet die Datei als beschädigt. Nur valAxes bereitzustellen, reicht nicht.
  • Nach writeFile() führen Sie python scripts/office/validate.py deck.pptx aus. Es meldet die beiden obigen Diagrammfehler und die Folien-XML-Defekte, die PowerPoint ablehnt, und benennt die Behebung für jeden. Beheben Sie sie in Ihrem Generator, nicht durch manuelle Bearbeitung der gepackten XML.
  • Ordnen Sie die Kinder von <p:presentation> niemals neu. pptxgenjs schreibt <p:notesMasterIdLst> direkt nach <p:sldIdLst> und verweist beide Master auf ein Theme-Teil. PowerPoint liest das problemlos – verschieben Sie das Element und dasselbe Deck wird unöffnbar.
  • Symbole: Rendern Sie react-icons in SVG (ReactDOMServer.renderToStaticMarkup), rasterisieren Sie mit sharp bei ≥256px, und fügen Sie es über addImage({ data: "image/png;base64," + buf.toString("base64") }) ein – das Präfix image/png;base64, ist erforderlich (react-icons, react, react-dom und sharp sind vorinstalliert – npm install react-icons react react-dom sharp nur, wenn ein require fehlschlägt).

Bearbeiten vorhandener Decks und Vorlagen

Wählen Sie zuerst Layouts aus: python scripts/thumbnail.py template.pptx template-thumbs schreibt ein beschriftetes Raster jeder Folie und gibt die erstellte(n) Datei(en) aus – template-thumbs.jpg, bei mehr als 12 Folien aufgeteilt in template-thumbs-N.jpg. Übergeben Sie immer dieses zweite Argument, benannt nach dem Deck. Es standardmäßig thumbnails, sodass zwei Decks, die in einem Verzeichnis gerastert werden, sich gegenseitig die Raster überschreiben – die Raster des ersten Decks sind einfach weg (nur Vorlagenanalyse – visuelle Qualitätssicherung benötigt die hochauflösenden Renderings aus In Bilder konvertieren; es akzeptiert nur .pptx, kopieren Sie also zuerst eine .potx in einen .pptx-Namen). Verwenden Sie es mit markitdown, um jeden Inhaltsabschnitt einer Vorlagenfolie zuzuordnen, und variieren Sie die Layouts – setzen Sie nicht jeden Abschnitt auf dieselbe Titel-und-Aufzählungsfolie.

python3 -c "import sys,zipfile; zipfile.ZipFile(sys.argv[1]).extractall('unpacked')" deck.pptx
python scripts/add_slide.py unpacked/ slide2.xml --after slide2.xml   # eine Folie (oder slideLayoutN.xml) duplizieren; gibt den Pfad der neuen Folie aus
# Folien neu anordnen / löschen = <p:sldIdLst> in ppt/presentation.xml bearbeiten
python scripts/clean.py unpacked/                                     # nach Löschungen: entfernt verwaiste Folien, Medien, Beziehungen
# Folieninhalte in ppt/slides/slideN.xml bearbeiten
(cd unpacked && rm -f ../out.pptx && zip -Xr ../out.pptx .)           # vom INNERHALB des Verzeichnisses zippen; zuerst löschen, sonst überleben gelöschte Teile
python scripts/office/validate.py out.pptx --original deck.pptx
  • Führen Sie alle strukturellen Arbeiten – Hinzufügen, Löschen, Neuanordnen – aus, bevor Sie den Inhalt einer Folie bearbeiten. add_slide.py kopiert eine Foliendatei wörtlich, sodass das Duplizieren nach einer Bearbeitung den bearbeiteten Inhalt klont; und clean.py löscht jede Folie, die in <p:sldIdLst> fehlt, einschließlich einer gerade geschriebenen.
  • Kopieren Sie niemals eine Foliendatei von Hand – add_slide.py erledigt alle Registrierungen, die eine neue Folie benötigt, und gibt aus, was es erstellt hat (Created ppt/slides/slide17.xml from slide2.xml). Es funktioniert auch direkt auf einer Datei: add_slide.py deck.pptx slide2.xml -o out.pptx – übergeben Sie -o, sonst wird das Eingabe-Deck direkt überschrieben. Eine duplizierte Folie referenziert weiterhin die Diagramm-/SmartArt-/eingebetteten Objektteile ihrer Quelle, anstatt sie zu klonen, sodass das Bearbeiten des Diagramms einer Folie das der anderen ändert.
  • Wenn Sie python-pptx verwenden, drei Dinge, die es nicht kann: eine Folie duplizieren (sein einziger Einstiegspunkt ist add_slide(layout)), Formatierung durch text_frame.text = "..." erhalten (das reduziert den Absatz auf einen einzigen Lauf ohne Stil – weisen Sie stattdessen run.text zu) oder das SVG/EMF lesen, das die meisten Vorlagengrafiken verwenden (add_picture löst UnidentifiedImageError aus).
  • Legacy .ppt muss zuerst konvertiert werden: python scripts/office/soffice.py --headless --convert-to pptx file.ppt. .potx-Vorlagen werden identisch entpackt und gepackt – behalten Sie die .potx-Erweiterung in der Ausgabe bei.
  • Um ein Vorlagensymbol oder -bild wiederzuverwenden, duplizieren Sie eine Folie oder ein Layout, das es bereits enthält.

Beim Ausfüllen einer Vorlage:

  • Wenn Sie eine XML-Transformation skripten, parsen Sie mit defusedxml.minidom – das Hin- und Herwandeln von OOXML durch xml.etree.ElementTree überschreibt Namespace-Präfixe und beschädigt das Deck.
  • Vorlagenplätze ≠ Quellenelemente. Wenn die Vorlage 4 Teammitglieder zeigt und Sie 3 haben, löschen Sie die gesamte Gruppe des 4. Mitglieds (Bild + Textfelder), nicht nur seinen Text – überprüfen Sie dann in der Qualitätssicherung auf verwaiste visuelle Elemente.
  • Ein <a:p> pro Listenelement – verketten Sie Elemente niemals zu einem einzigen Absatz. Kopieren Sie das Geschwister-<a:pPr>, um den Abstand zu erhalten, und setzen Sie b="1" auf <a:rPr> von Titeln, Abschnittsüberschriften und Inline-Labels (Status:, Owner:).
  • Lassen Sie Aufzählungszeichen vom Layout erben; fügen Sie nur <a:buChar>, <a:buAutoNum> (nummeriert) oder <a:buNone> hinzu, um zu überschreiben – niemals ein wörtliches • im Text.
  • Text mit führenden oder nachfolgenden Leerzeichen benötigt xml:space="preserve" auf seinem <a:t>.

Design-Ideen

Erstellen Sie keine langweiligen Folien. Einfache Aufzählungspunkte auf weißem Hintergrund beeindrucken niemanden. Ziehen Sie für jede Folie Ideen aus dieser Liste in Betracht.

Vor dem Start

  • Wählen Sie eine kräftige, inhaltlich abgestimmte Farbpalette: Die Palette sollte WIRKLICH zu DIESEM Thema gestaltet sein. Wenn das Einfügen Ihrer Farben in eine völlig andere Präsentation immer noch „funktionieren" würde, haben Sie keine ausreichend spezifischen Entscheidungen getroffen.
  • Dominanz vor Gleichheit: Eine Farbe sollte dominieren (60-70 % visuelles Gewicht), mit 1-2 unterstützenden Tönen und einem scharfen Akzent. Geben Sie niemals allen Farben gleiches Gewicht.
  • Hell/Dunkel-Kontrast: Dunkle Hintergründe für Titel- und Schlussfolien, helle für Inhalte („Sandwich"-Struktur). Oder durchgehend dunkel für ein hochwertiges Gefühl.
  • Legen Sie ein visuelles Motiv fest: Wählen Sie EIN markantes Element und wiederholen Sie es – abgerundete Bildrahmen, Symbole in farbigen Kreisen. Ziehen Sie es über jede Folie. Verwenden Sie keinen Farbbalken oder Akzentstreifen als Motiv (siehe Vermeidungsliste).

Farbpaletten

Wählen Sie Farben, die zu Ihrem Thema passen – verwenden Sie nicht standardmäßig generisches Blau. Verwenden Sie diese Paletten als Inspiration:

ThemaPrimärSekundärAkzent
Mitternacht Executive1E2761 (marineblau)CADCFC (eisblau)FFFFFF (weiß)
Wald & Moos2C5F2D (wald)97BC62 (moos)F5F5F5 (creme)
Korallen-EnergieF96167 (koralle)F9E795 (gold)2F3C7E (marineblau)
Warmes TerrakottaB85042 (terrakotta)E7E8D1 (sand)A7BEAE (salbei)
Ozean-Verlauf065A82 (tiefblau)1C7293 (blaugrün)21295C (mitternacht)
Holzkohle Minimal36454F (holzkohle)F2F2F2 (off-white)212121 (schwarz)
Blaugrün Vertrauen028090 (blaugrün)00A896 (seeschaum)02C39A (minze)
Beere & Sahne6D2E46 (beere)A26769 (altrosa)ECE2D0 (creme)
Salbei Ruhe84B59F (salbei)69A297 (eukalyptus)50808E (schiefer)
Kirschrot Kühn990011 (kirschrot)FCF6F5 (off-white)2F3C7E (marineblau)

Für jede Folie

Jede Folie braucht ein visuelles Element – Bild, Diagramm, Symbol oder Form. Text-only-Folien sind vergesslich.

Layout-Optionen:

  • Zwei Spalten (Text links, Illustration rechts)
  • Symbol + Textzeilen (Symbol in farbigem Kreis, fette Überschrift, Beschreibung darunter)
  • 2x2- oder 2x3-Raster (Bild auf einer Seite, Raster von Inhaltsblöcken auf der anderen)
  • Halbseitenbild (volle linke oder rechte Seite) mit Inhaltsüberlagerung

Datenanzeige:

  • Große Statistiken (große Zahlen 60-72pt mit kleinen Labels darunter)
  • Vergleichsspalten (vorher/nachher, pro/kontra, Optionen nebeneinander)
  • Zeitleiste oder Prozessablauf (nummerierte Schritte, Pfeile)

Visuelle Verfeinerung:

  • Symbole in kleinen farbigen Kreisen neben Abschnittsüberschriften
  • Kursiver Akzenttext für wichtige Statistiken oder Slogans

Typografie

Schriftnamen, die Sie in die .pptx schreiben, werden vom PowerPoint des Benutzers gerendert, nicht von dieser Umgebung. Ihre visuelle Qualitätssicherung rendert über LibreOffice, das Schriftarten durch andere ersetzt, die es nicht hat – und bei manchen Schriftarten hat der Ersatz andere Breiten, sodass Ihre Qualitätssicherungsvorschau einen Textüberlauf (oder passen) anzeigen kann, den das echte Deck nicht haben wird. Um Ihre Qualitätssicherung vertrauenswürdig zu halten:

  • Sichere Schriftarten (rendern in der Qualitätssicherung maßstabsgetreu und werden mit Office ausgeliefert): Arial, Calibri, Cambria, Times New Roman, Courier New, Bookman Old Style, Century Schoolbook. Verwenden Sie diese für Fließtext und alles, bei dem der Platz genau passen muss.
  • Überschriften mit Persönlichkeit bei null Qualitätssicherungsrisiko: Kombinieren Sie eine sichere Serifen-Überschrift (Cambria, Bookman Old Style, Century Schoolbook) mit einer sicheren serifenlosen Fließtextschrift (Calibri oder Arial). Sie erhalten visuellen Kontrast, ohne zuverlässige Überlaufprüfungen aufzugeben.
  • Wenn der Benutzer eine Schriftart außerhalb der sicheren Liste verlangt (z. B. Georgia oder Trebuchet MS): Verwenden Sie sie dort, wo der Benutzer es wünscht, dimensionieren Sie diese Container jedoch mit zusätzlichem Spielraum (~10 %) und vertrauen Sie bei diesen Elementen nicht der Qualitätssicherungs-Textpassgenauigkeit – die Vorschau dieser Schriftart ist ungefähr. Wenn der Benutzer keine Angabe gemacht hat, bevorzugen Sie Schriftarten aus der sicheren Liste für Fließtext.
  • In der Qualitätssicherung unzuverlässige Schriftarten (Ersatz hat andere Breiten – Überlaufprüfungen können falsch sein): Georgia, Trebuchet MS, Impact, Arial Black, Garamond, Consolas, Palatino Linotype. Calibri Light-Ersatz variiert je nach Umgebung; behandeln Sie es als in der Qualitätssicherung unzuverlässig. Für Titel/Akzente mit Spielraum in Ordnung; vertrauen Sie nicht der Qualitätssicherungs-Textpassgenauigkeit bei diesen.
  • Verwenden Sie niemals standardmäßig Aptos – Offices Post-2023-Standard hat hier keinen metrikkompatiblen Ersatz und fehlt in älteren Office-Installationen, daher ist es auf beiden Seiten unzuverlässig.
ElementGröße
Folientitel36-44pt fett
Abschnittsüberschrift20-24pt fett
Fließtext14-16pt
Beschriftungen10-12pt gedämpft

…

[gekürzt zur Übersetzung]

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

Verwandte Skills