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openpiv

Particle Image Velocimetry (PIV)-Analyse mit OpenPIV. Verwenden Sie dieses Skill beim Extrahieren von Geschwindigkeitsfeldern aus PIV-Bildpaaren, Analysieren von Fluiddynamik oder Strömungsvisualisierungsexperimenten, Kreuzkorrelieren von Abfragefenstern, Validieren und Ersetzen fehlerhafter PIV-Vektoren oder Berechnen von Vortizität, Dehnungsrate und Turbulenzstatistiken aus gemessenen Geschwindigkeitsfeldern.

Was ist openpiv?

OpenPIV ist ein leistungsstarkes Python-Skill, das die Partikelbildgeschwindigkeitsmessung (PIV) automatisiert, eine optische Methode zur Messung von Fluidströmungsgeschwindigkeiten durch Verfolgung beleuchteter Tracer-Partikel zwischen zwei Bildern. Dieses Skill ermöglicht es Entwicklern, den gesamten PIV-Workflow durchzuführen: Bildvorverarbeitung, Kreuzkorrelation von Abfragefenstern, Vektorvalidierung mittels Signal-Rausch-Verhältnis (s2n) und lokalen Median- oder globalen Bereichsfiltern, Ersetzen von Ausreißern durch Interpolation sowie Skalierung von Pixelverschiebungen in physikalische Einheiten wie mm/s. Es unterstützt auch erweiterte Funktionen wie dynamische Maskierung zur Unterdrückung von Objekten, Mehrfachdurchgangsverarbeitung (Fensterdeformation) zur Erhöhung der räumlichen Auflösung und umfassende Nachbearbeitung, einschließlich Vortizität, Dehnungsrate und Turbulenzstatistiken. Das Skill ist in erster Linie für Python-Benutzer konzipiert und wird über die OpenPIV-Bibliothek (Version 0.25.4) implementiert. Es bietet sowohl eine programmatische API als auch ein CLI-Tool (scripts/runner.py) für die direkte Nutzung in der Befehlszeile. Entwickler sollten sich der API-Unterschiede zwischen Releases bewusst sein und insbesondere auf Fallstricke bei Einheiten achten, da die Skalierung von Zeit und Länge je nach Modul unterschiedlich gehandhabt wird.

Funktioniert mit~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/openpiv

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Dokumentation

Was macht openpiv?

Übersicht

OpenPIV (Open Particle Image Velocimetry) analysiert Fluidströmungen aus PIV-Bildpaaren. Es umfasst Vorverarbeitung, Kreuzkorrelation, Vektorvalidierung, Ausreißerersetzung, Glättung und Skalierung auf physikalische Einheiten.

Alles unten ist gegen openpiv 0.25.4 verifiziert. Die API ändert sich zwischen den Versionen – überprüfen Sie inspect.signature(), bevor Sie einem Code-Snippet für eine andere Version vertrauen.

Wann verwenden

Verwenden Sie dieses Skill bei der Arbeit mit experimentellen PIV- oder Strömungsvisualisierungs-Bildpaaren: Messen von 2D-Geschwindigkeitsfeldern, Anpassen von Abfragefensterparametern, Validieren von Vektoren oder Ableiten von Vortizität, Dehnungsrate und Turbulenzstatistiken. Verwenden Sie für die Simulation von Strömungen anstelle der Messung ein CFD-Skill.

Schnellstart

OpenPIV installieren:

uv pip install openpiv

# Fixieren, wenn die Analyse reproduzierbar sein soll – dies ist die Version, gegen die jedes
# unten stehende Snippet getestet wurde.
uv pip install "openpiv==0.25.4"

PIV-Analyse an einem Bildpaar durchführen:

import numpy as np
from openpiv import tools, pyprocess, validation, filters, scaling

frame_a = tools.imread("image_a.bmp")
frame_b = tools.imread("image_b.bmp")

# Kreuzkorrelation. Gibt (u, v, s2n) zurück, wenn sig2noise_method nicht None ist.
u, v, s2n = pyprocess.extended_search_area_piv(
    frame_a.astype(np.int32),
    frame_b.astype(np.int32),
    window_size=32,
    overlap=12,
    dt=0.02,
    search_area_size=38,
    correlation_method="linear",   # erforderlich für search_area_size > window_size
    sig2noise_method="peak2peak",
)

x, y = pyprocess.get_coordinates(
    image_size=frame_a.shape,
    search_area_size=38,
    overlap=12,
)

# flags ist ein boolesches Array: True markiert einen fehlerhaften Vektor.
flags = validation.sig2noise_val(s2n, threshold=1.05)
u, v = filters.replace_outliers(u, v, flags, method="localmean", max_iter=3, kernel_size=2)

# Auf physikalische Einheiten skalieren, dann für die Darstellung in Bildkoordinaten umwandeln.
x, y, u, v = scaling.uniform(x, y, u, v, scaling_factor=96.52)
x, y, u, v = tools.transform_coordinates(x, y, u, v)

tools.save("vectors.txt", x, y, u, v, flags)

Oder die gebündelte CLI verwenden, die genau diese Pipeline beinhaltet:

python skills/openpiv/scripts/runner.py \
    --image frame_a.bmp --image frame_b.bmp --output_dir results --verbose

Kernkonzepte

PIV-Grundlagen

Particle Image Velocimetry ist eine optische Methode zur Messung der Fluidgeschwindigkeit durch Verfolgung beleuchteter Tracer-Partikel zwischen zwei Bildern.

Prozessablauf:

  1. Ein Bildpaar aufnehmen (frame_a, frame_b), getrennt durch eine bekannte Zeit dt.
  2. Die Bilder in Abfragefenster unterteilen.
  3. Passende Fenster kreuzkorrelieren, um die Spitzenverschiebung zu finden.
  4. Vektoren validieren (Signal-Rausch-Verhältnis, globaler Bereich, lokaler Median).
  5. Fehlerhafte Vektoren durch interpolierte Werte ersetzen.
  6. Pixelverschiebungen auf physikalische Einheiten skalieren.

Parameter der Abfragefenster

window_size — Korrelationsfenster in Pixeln (typischerweise 16–128). Größere Fenster ergeben eine bessere Korrelation, aber eine geringere räumliche Auflösung.

overlap — Pixel, die zwischen benachbarten Fenstern geteilt werden (typischerweise 50–75 % von window_size). Höherer Überlapp erhöht die Vektordichte und die Kosten, aber benachbarte Vektoren werden korreliert statt unabhängig.

search_area_size — Das im zweiten Bild durchsuchte Fenster. Muss ≥ window_size sein; ein paar Pixel mehr erlauben größere Verschiebungen. Paaren Sie einen erweiterten Suchbereich mit correlation_method="linear" – die Standardeinstellung "circular" basiert auf FFT-Wrap-around und aliasiert große Verschiebungen zu kleinen. Siehe references/advanced_algorithms.md.

Faustregeln: Halten Sie die größte Verschiebung unter etwa einem Viertel von window_size und zielen Sie auf 5–10 Partikel pro Fenster.

Signal-Rausch-Verhältnis

s2n misst, wie ausgeprägt die Korrelationsspitze ist. sig2noise_method steuert, wie es berechnet wird – "peak2mean" (der Funktionsstandard) oder "peak2peak". Die beiden befinden sich auf unterschiedlichen Skalen, daher ist ein für eine Methode abgestimmter Schwellenwert für die andere bedeutungslos. Typische peak2peak-Schwellenwerte sind 1,05–1,3.

flags = validation.sig2noise_val(s2n, threshold=1.05)
# flags ist bool: True == fehlerhaft. `~flags` wählt die guten Vektoren aus.

Häufige Operationen

Dynamische Maskierung

Die Maskierung befindet sich in openpiv.preprocess, nicht in einem openpiv.masking-Modul. Sie gibt ein (image, mask)-Tupel zurück und erwartet ein Float-Bild.

from openpiv import preprocess

# method="edges" für dunkle, scharfkantige Objekte; "intensity" für kontrastreiche Objekte.
frame_a_masked, mask_a = preprocess.dynamic_masking(
    frame_a.astype(np.float64), method="intensity", filter_size=7, threshold=0.005
)
frame_b_masked, mask_b = preprocess.dynamic_masking(
    frame_b.astype(np.float64), method="intensity", filter_size=7, threshold=0.005
)

Das zurückgegebene Bild in den Korrelationsschritt einspeisen – es hat den maskierten Bereich bereits auf Null gesetzt. Das ursprüngliche Bild nicht mit mask multiplizieren: Die Maskierung ist bereits angewendet, und bei method="edges" wird die Maske als uint8 0/255 statt bool zurückgegeben, sodass die Multiplikation das Bild um 255 neu skaliert.

Mehrfachdurchgangsverarbeitung

Mehrfachdurchgang (Fensterdeformation) befindet sich in openpiv.windef, gesteuert durch eine PIVSettings-Dataclass. pyprocess hat keinen Mehrfachdurchgangs-Einstiegspunkt.

import numpy as np
from openpiv import scaling, windef

settings = windef.PIVSettings()
settings.windowsizes = (64, 32, 16)   # ein Eintrag pro Durchgang, abnehmend (dies ist auch der Standard)
settings.overlap = (32, 16, 8)        # gleiche Länge wie windowsizes
settings.num_iterations = 3           # Anzahl der tatsächlich auszuführenden Durchgänge
settings.sig2noise_threshold = 1.05

x, y, u, v, flags = windef.simple_multipass(
    frame_a.astype(np.int32), frame_b.astype(np.int32), settings
)

# Ausgabe in PIXEL PRO FRAME -- selbst umrechnen. scaling.uniform dividiert nur
# durch scaling_factor, also dt separat anwenden.
dt = 0.02
x, y, u, v = scaling.uniform(x, y, u, v, scaling_factor=96.52)
u, v = u / dt, v / dt

simple_multipass validiert bereits, ersetzt Ausreißer, füllt verbleibende NaN mit Nullen und ruft transform_coordinates auf – wiederholen Sie diese Schritte nicht.

Einheitenfalle: PIVSettings hat dt- und scaling_factor-Felder, aber windef verwendet keines von beiden – first_pass ruft extended_search_area_piv ohne dt auf, sodass die gesamte Mehrfachdurchgangskette in Pixeln pro Frame arbeitet. Das Setzen von settings.dt = 0.02 ändert nichts an den zurückgegebenen Werten. Konvertieren Sie wie oben nach der Tatsache.

Für die Kontrolle über einzelne Durchgänge sind windef.first_pass und windef.multipass_img_deform die Bausteine auf niedrigerer Ebene.

Validierung und Nachbearbeitung

Validierungsmethoden

Jeder Validator gibt ein boolesches Array zurück, in dem True einen fehlerhaften Vektor markiert.

# Signal-Rausch-Verhältnis
flags = validation.sig2noise_val(s2n, threshold=1.05)

# Globaler Bereich -- nimmt (min, max) TUPEL, positionell oder als u_thresholds/v_thresholds.
flags = validation.global_val(u, v, (-300, 300), (-300, 300))

# Lokaler Median -- u_threshold und v_threshold sind ERFORDERLICH; size ist die Nachbarschaftshalbbreite.
flags = validation.local_median_val(u, v, u_threshold=30.0, v_threshold=30.0, size=1)

# Kombinieren mit booleschem ODER (nicht np.maximum -- dies sind boolesche Arrays).
flags = (
    validation.sig2noise_val(s2n, threshold=1.05)
    | validation.global_val(u, v, (-300, 300), (-300, 300))
    | validation.local_median_val(u, v, u_threshold=30.0, v_threshold=30.0)
)

Setzen Sie diese Schwellenwerte in den Einheiten von u und v, nicht in Pixeln pro Frame. extended_search_area_piv dividiert durch dt, sodass bei dt=0.02 eine Verschiebung von 3 px/Frame als 150 px/s ankommt. Die obigen Schwellenwerte passen für diesen Fall; die Angabe (-30, 30), die in der PIV-Literatur und PIVSettings.min_max_u_disp verwendet wird, ist ein px/Frame-Limit, und ihre Anwendung auf die px/s-Ausgabe verwirft das gesamte Feld. Validieren Sie entweder vor der Skalierung oder skalieren Sie die Schwellenwerte ebenfalls um 1/dt.

Ausreißerersetzung

u, v = filters.replace_outliers(
    u, v, flags, method="localmean", max_iter=3, tol=1e-3, kernel_size=2
)

method akzeptiert "localmean", "disk" oder "distance" – und nur diese drei. Ein nicht erkannter Name wird nicht abgelehnt; er fällt auf einen Null-Kernel zurück und gibt stillschweigend ein nutzloses Feld zurück. Beachten Sie, dass die Ersetzung die markierten Positionen mit interpolierten Werten füllt – wenn Sie sie dann mit NaN überschreiben, war die Ersetzung vergeblich. Wählen Sie das eine oder das andere:

# Markierte Vektoren vollständig aus der Analyse heraushalten, anstatt sie zu interpolieren.
u = np.where(flags, np.nan, u)
v = np.where(flags, np.nan, v)

Glättung

Die Glättung erfolgt mit openpiv.smoothn.smoothn; es gibt kein openpiv.smooth-Modul. Es gibt ein Tupel zurück, dessen erstes Element das geglättete Feld ist, und es akzeptiert keine NaN-Eingabe.

from openpiv.smoothn import smoothn

u_smooth, *_ = smoothn(np.nan_to_num(u), s=0.5)  # s: größer == glatter
v_smooth, *_ = smoothn(np.nan_to_num(v), s=0.5)
u_smooth = np.asarray(u_smooth)

Visualisierung

Vektorfelddiagramm

display_vector_field liest eine gespeicherte Vektordatei und ruft intern plt.show() auf, wählen Sie daher für Batch-Läufe ein nicht-interaktives Backend.

import matplotlib
matplotlib.use("Agg")
import matplotlib.pyplot as plt
from openpiv import tools

fig, ax = plt.subplots(figsize=(8, 8))
tools.display_vector_field(
    "vectors.txt",
    ax=ax,
    scaling_factor=96.52,   # gleicher Faktor wie in scaling.uniform, um auf das Bild zurückzuführen
    scale=50,
    width=0.0035,
    on_img=True,
    image_name="frame_a.bmp",
)
fig.savefig("vector_field.png", dpi=150, bbox_inches="tight")
plt.close(fig)

Benutzerdefinierte Visualisierung

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

fig, axes = plt.subplots(1, 3, figsize=(15, 5))

mag = np.sqrt(u**2 + v**2)
for ax, field, title, cmap in [
    (axes[0], mag, "Geschwindigkeitsbetrag", "viridis"),
    (axes[1], u, "U-Geschwindigkeit", "RdBu_r"),
    (axes[2], v, "V-Geschwindigkeit", "RdBu_r"),
]:
    im = ax.imshow(field, cmap=cmap)
    ax.set_title(title)
    plt.colorbar(im, ax=ax)

fig.tight_layout()
fig.savefig("velocity_components.png")
plt.close(fig)

Analysefunktionen

scripts/analyze.py bündelt diese gegen eine von runner.py geschriebene params.npz. Es ermittelt den physikalischen Gitterabstand aus den gespeicherten Koordinaten, sodass die Ableitungen pro Längeneinheit ausgegeben werden:

import sys
sys.path.insert(0, "skills/openpiv/scripts")
from analyze import PIVAnalyzer

piv = PIVAnalyzer("results/params.npz")
vorticity = piv.compute_vorticity()          # dv/dx - du/dy
exx, eyy, exy = piv.compute_strain()
stats = piv.compute_statistics()             # u_mean, v_mean, rms_u, rms_v, tke
piv.plot_vector_field(save_path="quiver.png")

Die eigenständigen Formen, falls Sie lieber inline rechnen möchten:

Vortizität

def compute_vorticity(u, v, dx=1.0, dy=None):
    """Out-of-plane-Vortizität dv/dx - du/dy. Übergeben Sie den physikalischen Gitterabstand, nicht 1.0."""
    dy = dx if dy is None else dy
    return np.gradient(v, dx, axis=1) - np.gradient(u, dy, axis=0)

Der Gitterabstand ist (window_size - overlap) / scaling_factor in physikalischen Einheiten, sodass das Belassen von dx=1.0 die Vortizität pro Gitterzelle ergibt, nicht pro Längeneinheit.

Vorzeichenkonvention: runner.py endet mit transform_coordinates, welches das Gitter in einen rechtshändigen y-nach-oben-Rahmen umbenennt, die Zeilen aber in der Bildreihenfolge belässt, sodass das gespeicherte y abnimmt, während der Zeilenindex wächst. Die obigen eigenständigen Formen nehmen das Gegenteil an, daher liefern sie auf einem params.npz-Feld -du/dy zurück und kehren das Vorzeichen der Vortizität und der Scherdehnung um – negieren Sie die axis=0-Ableitungen oder verwenden Sie PIVAnalyzer, der die Ausrichtung von den gespeicherten Koordinaten abliest.

Dehnungsrate

def compute_strain(u, v, dx=1.0, dy=None):
    """Gibt (exx, eyy, exy) des 2D-Dehnungsratentensors zurück."""
    dy = dx if dy is None else dy
    du_dx = np.gradient(u, dx, axis=1)
    du_dy = np.gradient(u, dy, axis=0)
    dv_dx = np.gradient(v, dx, axis=1)
    dv_dy = np.gradient(v, dy, axis=0)
    return du_dx, dv_dy, 0.5 * (du_dy + dv_dx)

Turbulenzstatistiken

def compute_statistics(u, v):
    """Räumliche Statistik eines Einzelbildes. KEINE Reynolds-Zerlegung."""
    u_prime = u - np.nanmean(u)
    v_prime = v - np.nanmean(v)
    rms_u, rms_v = np.nanstd(u_prime), np.nanstd(v_prime)
    return {
        "u_mean": np.nanmean(u),
        "v_mean": np.nanmean(v),
        "rms_u": rms_u,
        "rms_v": rms_v,
        "tke": 0.5 * (rms_u**2 + rms_v**2),
    }

Einschränkung: Das Subtrahieren des räumlichen Mittelwerts eines Bildes misst die räumliche Varianz, die nur für ein homogenes Feld gleich der turbulenten Intensität ist. Eine echte Reynolds-Zerlegung erfordert eine Sammlung von Bildpaaren: Mitteln Sie über die Zeitachse und subtrahieren Sie dann dieses mittlere Feld von jeder Realisierung.

CLI-Verwendung

# Grundlegender Lauf
python skills/openpiv/scripts/runner.py \
    --image img1.bmp --image img2.bmp --output_dir results --verbose

# Abgestimmte Parameter mit dynamischer Maskierung
python skills/openpiv/scripts/runner.py \
    --image frame_a.bmp \
    --image frame_b.bmp \
    --output_dir results \
    --window_size 32 \
    --overlap 12 \
    --search_area 38 \
    --dt 0.02 \
    --scaling 96.52 \
    --threshold 1.05 \
    --mask dynamic \
    --mask_method intensity \
    --verbose

CLI-Optionen

OptionStandardBeschreibung
--imageerforderlichBilddatei; genau zweimal für das Paar angeben
--output_dirresultsAusgabeverzeichnis (wird erstellt, falls nicht vorhanden)
--window_size32Abfragefenstergröße (px)
--overlap12Fensterüberlapp (px)
--search_area38Suchbereichsgröße (px), muss ≥ --window_size sein
--dt0.02Zeit zwischen den Bildern (s)
--scaling96.52Skalierungsfaktor, Pixel pro physikalischer Einheit (z.B. px/mm)
--threshold1.05peak2peak Signal-Rausch-Schwellenwert
--masknonenone oder dynamic (openpiv.preprocess.dynamic_masking)
--mask_methodintensityedges oder intensity, verwendet in …

… [für die Übersetzung abgeschnitten]

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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