Was macht Ontologie-Termauflösung?
Wann verwenden
Immer, wenn ein Ontologie-Identifikator notiert oder als vertrauenswürdig übernommen werden soll: beim Annotieren einer Metadatenspalte, beim Ausfüllen einer Einreichungsvorlage, beim Prüfen einer von jemand anderem erstellten Tabelle oder beim Überprüfen, ob eine ID in einer alten Datei noch aktuell ist.
Die Regel
Schreiben Sie niemals eine Ontologie-ID aus dem Gedächtnis, und akzeptieren Sie niemals eine ID, ohne sie zu überprüfen.
Ontologie-IDs sind in ihrer Form einprägsam, aber in ihren Details willkürlich. Ein plausibel aussehendes UBERON:0002108 ist ein echter Begriff (Dünndarm), der nicht die Leber ist – und nichts in der nachgelagerten Verarbeitung wird den Ersatz bemerken: Die ID ist wohlgeformt, die Ontologie stimmt, aber die Metadaten sind stillschweigend falsch. Auch Prüfer erkennen es nicht, weshalb solche Fehler bis in veröffentlichte Datensätze bestehen bleiben.
Jede ID, die diese Fähigkeit ausgibt, stammt aus einer Live-OLS-Abfrage. Jede ID, die ihr übergeben wird, wird verifiziert. Bioregistry, Identifiers.org, ZOOMA und Ontobee beantworten Fragen zu Präfixen, Landing-Pages und Kurzschrift – sie ersetzen jedoch nicht die OLS-Überprüfung.
Welcher Dienst
| Frage | Skript | Autorität |
|---|---|---|
| Wie lautet der Begriff für „linker Ventrikel“? | scripts/resolve_terms.py | OLS |
OLS hat Labor-Kurzschrift übersehen (PBMC, WT) | scripts/map_terms.py, dann validate_terms.py | ZOOMA schlägt vor; OLS entscheidet |
Ist EFO:0001067 echt, aktuell und korrekt bezeichnet? | scripts/validate_terms.py | OLS |
Ist HPO ein echtes Präfix? Passt HP:notanid zum Muster? | scripts/lookup_prefix.py | Bioregistry |
| Welche Landingpage soll diese CURIE öffnen? | scripts/lookup_prefix.py | Identifiers.org + Ontobee-URLs |
Alle vier Skripte akzeptieren Einzelwerte oder Dateien, geben TSV oder JSON aus und benötigen keine Pakete außerhalb der Standardbibliothek. Vollständige Fallstricke für die Nicht-OLS-Dienste finden Sie in references/companion-apis.md.
Text in Begriffe auflösen
cd skills/ontology-term-resolution/scripts
# eine Zeichenkette, eingeschränkt auf die Ontologie, die sie definieren soll
python3 resolve_terms.py "liver" --ontology uberon
query rank curie label ontology match_type strategy defining_ontology
liver 1 UBERON:0002107 liver uberon exact_label exact true
# eine Spalte mit Gewebenamen; alles, was kein exakter Treffer ist, wird gemeldet, nicht geraten
python3 resolve_terms.py --input tissues.txt --ontology uberon \
--exact-only --format tsv -o resolved.tsv
# fuzzy Fallbacks akzeptieren, dann die Teiltreffer manuell überprüfen
python3 resolve_terms.py "left ventrical of heart" --ontology uberon --top 3
Die Suche eskalieriert: exact (Bezeichnung und Synonym) → token → fulltext und stoppt bei der ersten Strategie, die etwas zurückgibt, und meldet, welche verwendet wurde. --exact-only deaktiviert die Leiter. --branch UBERON:0000465 schränkt die Kandidaten auf Nachkommen eines Begriffs ein.
Lesen Sie match_type, bevor Sie ein Ergebnis verwenden. exact_label und exact_synonym sind sicher; partial bedeutet, dass OLS seine beste Schätzung für eine Zeichenkette zurückgegeben hat, die nicht genau so existiert, und eine menschliche Entscheidung erfordert. unresolved ist eine legitime Ausgabe – siehe references/curation-rules.md für die Normalisierungen, die zuerst einen Versuch wert sind.
Vorhandene IDs validieren
python3 validate_terms.py UBERON:0002107 EFO:0001067 UBERON:9999999
id status actual_label ontology replacement detail
UBERON:0002107 ok liver uberon
EFO:0001067 obsolete obsolete_parasitic infection efo MONDO:0005135 obsolete; replaced by MONDO:0005135
UBERON:9999999 not_found no such term in the ontology this prefix names
Der Exit-Code ist 1, wenn etwas fehlgeschlagen ist, sonst 0, und 2 bei Nutzungs- oder Netzwerkproblemen – daher funktioniert es als CI-Gate für eine Metadatendatei:
# ID + Bezeichnungsspalten; fängt IDs, die existieren, aber anders bezeichnet sind
python3 validate_terms.py --input metadata.tsv --strict
# eine Gewebespalte muss UBERON-anatomische Entitäten enthalten und nichts anderes
python3 validate_terms.py --input tissue_ids.tsv \
--branch UBERON:0000465 --expect-ontology uberon
| Status | Bedeutung | Ergebnis |
|---|---|---|
ok | Existiert, aktuell, konsistent mit allem Behaupteten | bestanden |
matched_synonym | Behauptetes Label ist ein Synonym; primäres Label weicht ab | warnen |
imported_only | Heimat-Ontologie erhebt diese ID nicht mehr | warnen |
not_a_class | Begriff ist eine Eigenschaft oder ein Individuum | warnen |
not_found | Kein solcher Begriff | fehlgeschlagen |
obsolete | Veraltet; replacement gibt den Nachfolger an, falls vorhanden | fehlgeschlagen |
label_mismatch | ID und behauptetes Label beschreiben unterschiedliche Dinge | fehlgeschlagen |
wrong_ontology | Richtige Art von ID, falsche Ontologie für diese Spalte | fehlgeschlagen |
wrong_branch | Kein Nachkomme der erforderlichen Wurzel | fehlgeschlagen |
malformed_curie | Nicht in der Form PRÄFIX:Lokal | fehlgeschlagen |
--strict stuft Warnungen zu Fehlern hoch.
Ein Präfix oder einen kompakten Identifikator prüfen
python3 lookup_prefix.py HP HPO HP:0001250 HPO:0001250
query status preferred_prefix canonical_curie pattern detail
HP ok HP ^\d{7}$
HPO synonym_prefix HP ^\d{7}$ 'HPO' is a synonym of preferred prefix HP
HP:0001250 ok HP HP:0001250 ^\d{7}$
HPO:0001250 synonym_prefix HP HP:0001250 ^\d{7}$ 'HPO' is a synonym of preferred prefix HP
Bioregistry akzeptiert Synonym-Präfixe. Identifiers.org nicht – HPO:0001250 gibt HTTP 400. Schreiben Sie vor der Übergabe einer CURIE an OLS auf das bevorzugte Präfix um. Landing-Page-Spalten stammen aus Bioregistry-Mappings (providers.miriam, mappings.ontobee), nicht aus der Schablonenerstellung des bevorzugten Präfixes: ORPHA:558 ist ein 400, orphanet:558 ist ein 200, und OBA hat überhaupt keinen Identifiers.org-Namespace. Leere Zellen bedeuten, dass der Dienst das Präfix nicht hostet. Dieses Skript sagt nicht, dass der Begriff existiert – das ist weiterhin Aufgabe von validate_terms.py.
Labor-Kurzschrift abbilden (ZOOMA)
# nachdem resolve_terms.py unresolved / partial zurückgegeben hat
python3 map_terms.py PBMC --ontology cl --exact-only
--ontology ist erforderlich. Ungefilterte ZOOMA-Annotations liefern für liver FOODON, XAO und BTO neben UBERON, alle mit hoher Konfidenz. HIGH/GOOD-Treffer sind nur Kandidaten – führen Sie validate_terms.py auf jeder CURIE aus, bevor Sie sie notieren.
API-Verhalten, das Sie in die Irre führen kann
Diese Fallstricke wurden gegen den Live-Dienst verifiziert und sind der Grund, warum diese Fähigkeit Skripte und nicht nur eine Anleitung bereitstellt. Vollständige Details in references/ols4-api.md.
| Falle | Konsequenz |
|---|---|
exact=true ist exakte Token-Suche | liver liefert 161 Treffer in UBERON; Hinzufügen von queryFields=label liefert 1 |
/search gibt nie is_obsolete oder term_replaced_by zurück | Im fieldList genannt werden sie stillschweigend ignoriert; nur die Termdetailseite kann beantworten „Ist diese ID noch aktuell?“ |
ontology=efo gibt auch MONDO- und CL-Treffer zurück | Ontologien importieren sich gegenseitig; filtern Sie selbst auf das CURIE-Präfix |
| Derselbe Begriff erscheint einmal pro importierender Ontologie | Deduplizieren Sie anhand von obo_id, behalten Sie is_defining_ontology: true |
Der obo_id-Index hat Lücken | MONDO:0000001 ist live, aber nicht nach obo_id indiziert; ein IRI-Fallback ist erforderlich, um ein falsches not_found zu vermeiden |
| IRIs sind nicht alle OBO-PURLs | EFO und Orphanet verwenden eigene Namespaces – lösen Sie IRIs auf, wenden Sie keine Schablone an |
| OxO ist eingestellt | Gibt HTML mit HTTP 200 zurück; verwenden Sie stattdessen Begriffskreuzverweise oder SSSOM |
| Eine Branch-Prüfung schließt Zelltypen nicht von Anatomie aus | CARO setzt cell unter anatomical structure; schränken Sie auch das Präfix ein |
| ZOOMA ohne Ontologiefilter | liver liefert 100+ HIGH-Treffer über FOODON, XAO, BTO, UBERON |
| Identifiers.org-Synonym-Präfixe | HPO:0001250 ist HTTP 400; dasselbe CURIE wurde von Bioregistry akzeptiert |
| Identifiers.org kodierter Doppelpunkt | HP%3A0001250 ist HTTP 400; der Pfad muss : enthalten |
Bioregistry preferred_prefix ist nicht der Identifiers.org-Namespace | ORPHA:558 ist 400; orphanet:558 ist 200. hp:0001250 und chebi:15377 sind 400, da diese Namespaces das Präfix in die LUI einbetten. Verwenden Sie providers.miriam von /api/reference/{CURIE}; lassen Sie die URL weg, wenn dieses Mapping fehlt (OBA, XAO, ECTO) |
| Ontobee-Suche | Nur HTML-Seite – keine JSON-API; nicht scrapen |
Die Ontologie wählen
MONDO für Krankheiten, HP für Phänotypen, UBERON für Gewebe, CL für Zelltypen, EFO für Assays, ChEBI für Verbindungen, NCBITaxon für Organismen, PATO für Geschlecht und für normal. Präfix-zu-OLS-ID-Zuordnungen (HP wird als hp bereitgestellt, Orphanet als ordo), Branch-Wurzeln für --branch und die Entscheidungen zu überlappenden Ontologien sind in references/ontology-registry.md.
Ergebnisse melden
Geben Sie die ID und die Bezeichnung an, und sagen Sie, wie jede gefunden wurde. Eine Tabelle mit nackten IDs kann nicht überprüft werden. Geben Sie ungelöste Begriffe explizit an, anstatt sie durch den nächstgelegenen Treffer zu ersetzen.
Referenzen
references/ols4-api.md– Endpunkte, Parameter, Antwortfelder und jede überprüfte OLS-Falle.references/companion-apis.md– Bioregistry, Identifiers.org, ZOOMA und Ontobee: wann verwendet man welche, und die Fallstricke, die einen ungefilterten oder Synonym-Präfix-Aufruf erfolgreich erscheinen lassen.references/ontology-registry.md– Präfix/Ontologie-ID-Tabelle, Branch-Wurzeln, welche Ontologie welches Konzept besitzt.references/curation-rules.md– Verfahren zur Kandidatenauswahl, zu wiederholende Normalisierungen, Prüfen einer vorhandenen Tabelle, veraltete Begriffe, ontologieübergreifende Zuordnung.
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Kassis, T., Agarwal, V., He, Y., Patel, D., & Brueckner, A. M. (2026). Scientific Agent Skills: A Library of Procedural Knowledge for Research Agents. arXiv:2609.00065. https://doi.org/10.48550/arXiv.2609.00065
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