VOSviewer 整合

VOSviewer 整合 是做什麼的？

目的：將任何書目資料集轉換為可用的 VOSviewer 網路：一個可直接在 VOSviewer Online（無需安裝）載入的 JSON 檔案，或供桌面版使用的 .map + .net 配對。

何時使用此技能

當使用者要求以下任何一項時觸發此技能：

• Mapa bibliométrico / 書目計量地圖
• Rede de coautoria / 共同作者網路
• Rede de citação / 共同引用網路 / 書目耦合
• Mapa de termos / 關鍵字地圖 / 術語共現
• "Visualizar artigos do PubMed/Crossref/Scopus/RIS no VOSviewer"
• "Quero ver a rede de autores/termos/keywords de …"
• 明確關鍵字：「VOSviewer」、「app.vosviewer.com」、「.map」、「.net」、「.json VOSviewer」

當使用者擁有學術參考文獻資料集（NotebookLM 來源、acervo、bibliografia_parsed.json）並希望以視覺化方式探索時，也應考慮使用此技能。

核心概念

VOSviewer 處理的是透過連結（邊）連接的項目（節點），並組織成叢集。項目可以是作者、文獻、術語、關鍵字、期刊、機構、國家等。

四種分析類型：

1. 共同作者分析：項目 = 作者/機構/國家，連結強度 = 共同發表的論文數量
2. 共同引用分析：項目 = 被引文獻/作者/來源，連結強度 = 同時引用兩者的文獻數量
3. 書目耦合分析：項目 = 文獻/作者/來源，連結強度 = 共享被引文獻的數量
4. 共現分析：項目 = 關鍵字/術語，連結強度 = 兩者同時出現的文獻數量

VOSviewer 接受的檔案格式

格式	副檔名	使用案例
VOSviewer JSON	.json	最適合分享。單一檔案可透過 URL 在 VOSviewer Online 中載入。包含項目 + 連結 + 設定。
地圖 + 網路	.map + .net	經典桌面格式。Tab 分隔。.map = 項目，.net = 連結。
書目資料庫	多種	Web of Science、Scopus、Dimensions、Lens、PubMed (MEDLINE)、Crossref JSON、RIS 的原始匯出。VOSviewer 可直接解析這些格式。

經驗法則： 盡可能產生 JSON 檔案：它最具彈性、最易分享，且可在 VOSviewer Online 中使用（無需安裝桌面版）。

VOSviewer JSON 結構（必備）

{
  "network": {
    "items": [
      {
        "id": 1,                          // 唯一整數
        "label": "cultura digital",       // 顯示名稱
        "description": "optional HTML",   // 彈出視窗中顯示
        "url": "https://...",             // 可選：點擊連結
        "x": 0.42,                        // 可選：VOSviewer 在省略時會自動計算
        "y": -0.17,                       // 可選
        "cluster": 1,                     // 整數叢集 ID
        "weights": {                      // 任意數值權重
          "Documents": 12,
          "Citations": 58,
          "Total link strength": 23
        },
        "scores": {                       // 可選：用於著色的數值分數
          "Avg. pub. year": 2022.4
        }
      }
    ],
    "links": [
      {"source_id": 1, "target_id": 2, "strength": 3}
    ]
  },
  "config": {
    "terminology": {                      // 可選：自訂標籤
      "item": "termo", "items": "termos",
      "link": "coocorrência", "links": "coocorrências",
      "cluster": "cluster", "clusters": "clusters"
    },
    "templates": [                        // 可選：標籤/顏色視覺化
      { "label_size": {"min": 0.5, "max": 2.0} }
    ]
  }
}

正規工作流程

當使用者要求 VOSviewer 視覺化時，請遵循以下步驟：

1. 識別資料來源

詢問（或推斷）來自：

• PubMed 查詢：使用 mcp__7899fadf-...__search_articles + get_article_metadata（此專案擁有 PubMed MCP）
• Crossref：WebFetch https://api.crossref.org/works?query=...&rows=100（免費，無需金鑰）
• OpenAlex：WebFetch https://api.openalex.org/works?search=...&per_page=100
• NotebookLM 來源：每個來源使用 mcp__notebooklm-mcp__source_get_content
• 本地檔案：專案中的 RIS、BibTeX、CSV、JSON（使用 Read/Glob）
• 手動清單：使用者貼上 DOI 或標題

2. 選取分析類型

使用者說	分析類型	項目	連結依據
"rede de autores" / "co-authorship"	共同作者分析	作者	共同發表的論文
"mapa de termos" / "keyword map"	共現分析	關鍵字/術語	摘要/標題中的共現
"co-citação" / "co-citation"	共同引用分析	被引文獻	被同一篇論文共同引用
"artigos similares" / "coupling"	書目耦合分析	文獻	共享參考文獻
"mapa de temas" / "themes"	共現分析	術語	共現

預設值（意義不明確時）：關鍵字/術語共現分析：這是最寬容的分析，僅需標題和摘要即可運作。

3. 建立網路

使用 scripts/ 中的相應轉換腳本（見下方）。所有腳本會在目前專案目錄中產生一個 VOSviewer JSON 檔案。

4. 開啟結果

兩個選項：都提供給使用者：

選項 A：VOSviewer Online（零安裝）：

1. 將 JSON 檔案託管在任何可公開存取的地方（GitHub raw、S3、Netlify、Cloudflare R2、gist 等）
2. 建立 URL：

   https://app.vosviewer.com/?json=<URL-編碼後的-JSON-URL>
   

3. 將此 URL 分享給使用者。點擊即可在瀏覽器中直接載入網路。

選項 B：VOSviewer 桌面版：

1. 將 JSON 檔案儲存在本地
2. 指示使用者：開啟 VOSviewer → 檔案 → 開啟 → 選擇 JSON 檔案
3. 或者提供 .map + .net Tab 分隔檔案

5. 提供調校

在產生第一個版本後，提議進行：

• 依最小權重篩選項目（例如，出現次數 ≥ 5 的關鍵字）
• 透過解析度參數變更叢集數量
• 加入年份分數以顯示時間趨勢（最舊 = 藍色，最新 = 紅色）
• 透過同義詞表合併同義詞（例如，「ia」↔「inteligência artificial」）

腳本

此技能附帶現成的轉換腳本，位於 scripts/：

• scripts/pubmed_to_vosviewer.py：PubMed 查詢 → 關鍵字共現 JSON
• scripts/crossref_to_vosviewer.py：Crossref 查詢 → 共同作者 JSON
• scripts/openalex_to_vosviewer.py：OpenAlex 查詢 → 概念共現 JSON
• scripts/ris_to_vosviewer.py：RIS 檔案 → 關鍵字共現 JSON
• scripts/json_to_map_net.py：轉換 VOSviewer JSON → 供桌面版使用的 .map + .net
• scripts/open_in_vosviewer.py：建立 VOSviewer Online URL（或開啟桌面版）

除非另有說明，所有腳本均為僅使用標準函式庫的 Python（無 pip 依賴）。

同義詞表（葡萄牙文友善）

reference/thesaurus-pt.txt 包含常見的巴西葡萄牙文同義詞正規化（例如，ia → inteligência artificial、chatgpt → modelos de linguagem、aps → atenção primária）。在為葡萄牙文健康/教育資料集建立術語共現地圖時載入此檔案。

輸出位置慣例

將所有產生的檔案儲存在目前專案根目錄的 vosviewer-out/ 中（若不存在則建立）：

vosviewer-out/
├── YYYY-MM-DD_topic.json        # VOSviewer JSON
├── YYYY-MM-DD_topic.map         # 桌面版地圖檔案（若要求）
├── YYYY-MM-DD_topic.net         # 桌面版網路檔案（若要求）
└── README.md                     # 產生了什麼、如何產生、以及 Online URL

回應格式

在向使用者傳遞 VOSviewer 結果時，務必包含：

1. 資料集摘要：來源、項目數量、連結數量、日期範圍（若有）
2. 檔案路徑：JSON/map/net 檔案儲存的位置
3. VOSviewer Online URL：若 JSON 已託管在可存取的位置
4. 桌面版操作說明：一行說明如何在本地開啟 JSON
5. 後續動作：下一步可調校的內容（篩選、叢集數量、同義詞表等）

保持回應簡潔。請勿在對話中貼出完整 JSON：僅提供摘要和 URL/路徑。

參考連結

• VOSviewer 首頁：https://www.vosviewer.com/
• VOSviewer Online：https://app.vosviewer.com/
• 手冊（JSON 格式）：https://app.vosviewer.com/docs/file-types/json-file-type/
• 桌面版手冊：https://www.vosviewer.com/documentation/Manual_VOSviewer_1.6.20.pdf