VOSviewer

VOSviewer 集成

目的：将任何文献数据集转换为可正常使用的 VOSviewer 网络：要么是可直接加载到 VOSviewer Online（无需安装）的 JSON 文件，要么是用于桌面版的 .map + .net 文件对。

何时使用此技能

当用户要求以下任意内容时触发此技能：

• Mapa bibliométrico / 文献计量图谱
• Rede de coautoria / 合著网络
• Rede de citação / 共引网络 / 文献耦合
• Mapa de termos / 关键词图谱 / 术语共现
• “Visualizar artigos do PubMed/Crossref/Scopus/RIS no VOSviewer”
• “Quero ver a rede de autores/termos/keywords de …”
• 明确提及：“VOSviewer”、“app.vosviewer.com”、“.map”、“.net”、“.json VOSviewer”

当用户拥有学术参考文献数据集（NotebookLM 来源、acervo、bibliografia_parsed.json）并希望以可视化方式探索时，也应考虑此技能。

核心概念

VOSviewer 通过 链接（边）连接 项目（节点），并组织成 聚类。项目可以是作者、文献、术语、关键词、期刊、机构、国家等。

四种分析类型：

1. 合著：项目 = 作者/机构/国家，链接强度 = 合著论文数量
2. 共引：项目 = 被引参考文献/作者/来源，链接强度 = 同时引用两者的文献数量
3. 文献耦合：项目 = 文献/作者/来源，链接强度 = 共享的参考文献数量
4. 共现：项目 = 关键词/术语，链接强度 = 两者同时出现的文献数量

VOSviewer 接受的文件格式

格式	扩展名	使用场景
VOSviewer JSON	.json	最适合分享。单个文件通过 URL 加载到 VOSviewer Online。包含项目 + 链接 + 配置。
地图 + 网络	.map + .net	经典桌面格式。制表符分隔。.map = 项目，.net = 链接。
文献数据库	多种	来自 Web of Science、Scopus、Dimensions、Lens、PubMed (MEDLINE)、Crossref JSON、RIS 的原始导出。VOSviewer 直接解析这些文件。

经验法则： 尽可能生成 JSON 文件：它最灵活、最易分享，且可在 VOSviewer Online 中使用（无需安装桌面版）。

VOSviewer JSON 模式（基本要素）

{
  "network": {
    "items": [
      {
        "id": 1,                          // 唯一整数
        "label": "cultura digital",       // 显示名称
        "description": "optional HTML",   // 弹出窗口中显示
        "url": "https://...",             // 可选的点击链接
        "x": 0.42,                        // 可选；VOSviewer 省略时会自动计算
        "y": -0.17,                       // 可选
        "cluster": 1,                     // 整数聚类 ID
        "weights": {                      // 任意数值权重
          "Documents": 12,
          "Citations": 58,
          "Total link strength": 23
        },
        "scores": {                       // 用于着色的可选数值分数
          "Avg. pub. year": 2022.4
        }
      }
    ],
    "links": [
      {"source_id": 1, "target_id": 2, "strength": 3}
    ]
  },
  "config": {
    "terminology": {                      // 可选：自定义标签
      "item": "termo", "items": "termos",
      "link": "coocorrência", "links": "coocorrências",
      "cluster": "cluster", "clusters": "clusters"
    },
    "templates": [                        // 可选：标签/颜色可视化
      { "label_size": {"min": 0.5, "max": 2.0} }
    ]
  }
}

标准工作流程

当用户要求 VOSviewer 可视化时，请遵循以下步骤：

1. 识别数据来源

询问（或推断）来源：

• PubMed 查询：使用 mcp__7899fadf-...__search_articles + get_article_metadata（本项目有 PubMed MCP）
• Crossref：WebFetch https://api.crossref.org/works?query=...&rows=100（免费，无需密钥）
• OpenAlex：WebFetch https://api.openalex.org/works?search=...&per_page=100
• NotebookLM 来源：每个来源使用 mcp__notebooklm-mcp__source_get_content
• 本地文件：项目中的 RIS、BibTeX、CSV、JSON（使用 Read/Glob）
• 手动列表：用户粘贴 DOI 或标题

2. 选择分析类型

用户所说	分析类型	项目	链接依据
“rede de autores” / “合著”	合著	作者	合著论文
“mapa de termos” / “关键词图谱”	共现	关键词/术语	摘要/标题中的共现
“co-citação” / “共引”	共引	被引参考文献	被同一文献共同引用
“artigos similares” / “文献耦合”	文献耦合	文献	共享参考文献
“mapa de temas” / “主题”	共现	术语	共现

默认（不明确时）：关键词/术语共现：这是最通用的分析，仅需标题 + 摘要即可工作。

3. 构建网络

使用 scripts/ 下相应的转换脚本（见下文）。所有脚本都会在当前项目中生成一个 VOSviewer JSON 文件。

4. 打开结果

提供两个选项给用户：

选项 A：VOSviewer Online（零安装）：

1. 将 JSON 文件托管在任意可公开访问的位置（GitHub raw、S3、Netlify、Cloudflare R2、Gist 等）
2. 构建 URL：

   https://app.vosviewer.com/?json=<URL-encoded-URL-to-json>
   

3. 将此 URL 分享给用户。点击后网络会直接在浏览器中加载。

选项 B：VOSviewer 桌面版：

1. 在本地保存 JSON 文件
2. 指导用户：打开 VOSviewer → 文件 → 打开 → 选择 JSON 文件
3. 或者提供制表符分隔的 .map + .net 文件

5. 提供优化选项

生成第一个版本后，可提供以下选项：

• 按最小权重大小过滤项目（例如，关键词出现次数 ≥ 5 次）
• 通过分辨率参数更改聚类数量
• 添加年份分数以显示时间趋势（最旧 = 蓝色，最新 = 红色）
• 通过同义词词典合并同义词（例如，“ia” ↔ “inteligência artificial”）

脚本

此技能附带了 scripts/ 中现成的转换脚本：

• scripts/pubmed_to_vosviewer.py：PubMed 查询 → 关键词共现 JSON
• scripts/crossref_to_vosviewer.py：Crossref 查询 → 合著 JSON
• scripts/openalex_to_vosviewer.py：OpenAlex 查询 → 概念共现 JSON
• scripts/ris_to_vosviewer.py：RIS 文件 → 关键词共现 JSON
• scripts/json_to_map_net.py：将 VOSviewer JSON 转换为桌面版 .map + .net
• scripts/open_in_vosviewer.py：构建 VOSviewer Online URL（或打开桌面版）

除非另有说明，所有脚本均为仅依赖标准库的 Python（无 pip 依赖）。

同义词词典（葡萄牙语友好）

reference/thesaurus-pt.txt 包含常见的巴西葡萄牙语同义词归一化规则（例如，ia → inteligência artificial，chatgpt → modelos de linguagem，aps → atenção primária）。在为葡萄牙语健康/教育数据集构建术语共现图谱时加载此文件。

输出位置约定

将所有生成的文件保存到当前项目根目录下的 vosviewer-out/ 中（如果不存在则创建）：

vosviewer-out/
├── YYYY-MM-DD_topic.json        # VOSviewer JSON
├── YYYY-MM-DD_topic.map         # 桌面版地图文件（如果请求）
├── YYYY-MM-DD_topic.net         # 桌面版网络文件（如果请求）
└── README.md                     # 生成内容、方法以及在线 URL

响应格式

当向用户交付 VOSviewer 结果时，请务必包含：

1. 数据集摘要：来源、项目数量、链接数量、日期范围（如果有）
2. 文件路径：JSON/map/net 文件的保存位置
3. VOSviewer Online URL：如果 JSON 已托管在可访问的位置
4. 桌面版说明：一行说明如何在本地打开 JSON
5. 后续操作：接下来可以调整的内容（过滤、聚类数量、同义词词典等）

保持响应简洁。不要在聊天中粘贴完整的 JSON：仅提供摘要和 URL/路径。

参考链接

• VOSviewer 主页：https://www.vosviewer.com/
• VOSviewer Online：https://app.vosviewer.com/
• 手册（JSON 格式）：https://app.vosviewer.com/docs/file-types/json-file-type/
• 桌面版手册：https://www.vosviewer.com/documentation/Manual_VOSviewer_1.6.20.pdf