Intégration VOSviewer

But : transformer tout ensemble de données bibliographiques en un réseau VOSviewer fonctionnel : soit un fichier JSON qui se charge directement dans VOSviewer Online (sans installation), soit une paire .map + .net pour la version desktop.

Quand utiliser cette compétence

Déclenchez cette compétence lorsque l'utilisateur demande l'un des éléments suivants :

Mapa bibliométrico / carte bibliométrique
Rede de coautoria / réseau de co-authorship
Rede de citação / réseau de co-citation / couplage bibliographique
Mapa de termos / carte de mots-clés / co-occurrence de termes
« Visualizar artigos do PubMed/Crossref/Scopus/RIS no VOSviewer »
« Quero ver a rede de autores/termos/keywords de … »
Explicitement : « VOSviewer », « app.vosviewer.com », « .map », « .net », « .json VOSviewer »

Considérez également cette compétence lorsque l'utilisateur dispose d'un ensemble de références académiques (sources NotebookLM, acervo, bibliografia_parsed.json) et souhaite l'explorer visuellement.

Concepts fondamentaux

VOSviewer travaille avec des éléments (nœuds) reliés par des liens (arêtes), organisés en clusters. Les éléments peuvent être des auteurs, des documents, des termes, des mots-clés, des revues, des organisations, des pays, etc.

Quatre types d'analyse :

Co-authorship : éléments = auteurs/organisations/pays, force du lien = nombre d'articles co-écrits
Co-citation : éléments = références citées/auteurs/sources, force du lien = nombre de documents citant les deux
Couplage bibliographique : éléments = documents/auteurs/sources, force du lien = nombre de références citées partagées
Co-occurrence : éléments = mots-clés/termes, force du lien = nombre de documents où les deux apparaissent

Formats de fichiers acceptés par VOSviewer

Format	Extension	Cas d'utilisation
JSON VOSviewer	`.json`	Idéal pour le partage. Un seul fichier se charge dans VOSviewer Online via URL. Contient les éléments, les liens et la configuration.
Map + Network	`.map` + `.net`	Format classique pour desktop. Séparé par des tabulations. `.map` = éléments, `.net` = liens.
Base de données bibliographique	Divers	Exportations brutes de Web of Science, Scopus, Dimensions, Lens, PubMed (MEDLINE), JSON Crossref, RIS. VOSviewer les analyse directement.

Règle empirique : Produisez le fichier JSON dans la mesure du possible : c'est le plus flexible, le plus facile à partager, et il fonctionne dans VOSviewer Online (aucune installation desktop requise).

Schéma JSON VOSviewer (essentiel)

{
  "network": {
    "items": [
      {
        "id": 1,                          // entier unique
        "label": "cultura digital",       // nom affiché
        "description": "HTML optionnel",   // affiché dans la popover
        "url": "https://...",             // lien cliquable optionnel
        "x": 0.42,                        // optionnel ; VOSviewer calcule si omis
        "y": -0.17,                       // optionnel
        "cluster": 1,                     // identifiant entier du cluster
        "weights": {                      // poids numériques arbitraires
          "Documents": 12,
          "Citations": 58,
          "Total link strength": 23
        },
        "scores": {                       // scores numériques optionnels pour la coloration
          "Avg. pub. year": 2022.4
        }
      }
    ],
    "links": [
      {"source_id": 1, "target_id": 2, "strength": 3}
    ]
  },
  "config": {
    "terminology": {                      // optionnel : personnaliser les étiquettes
      "item": "termo", "items": "termos",
      "link": "coocorrência", "links": "coocorrências",
      "cluster": "cluster", "clusters": "clusters"
    },
    "templates": [                        // optionnel : visualisation des étiquettes/couleurs
      { "label_size": {"min": 0.5, "max": 2.0} }
    ]
  }
}

Workflow canonique

Suivez ces étapes lorsque l'utilisateur demande une visualisation VOSviewer :

1. Identifier la source de données

Demandez (ou déduisez) à partir de :

Requête PubMed : utilisez mcp__7899fadf-...__search_articles + get_article_metadata (ce projet dispose du MCP PubMed)
Crossref : WebFetch https://api.crossref.org/works?query=...&rows=100 (gratuit, sans clé)
OpenAlex : WebFetch https://api.openalex.org/works?search=...&per_page=100
Sources NotebookLM : mcp__notebooklm-mcp__source_get_content par source
Fichier local : RIS, BibTeX, CSV, JSON dans le projet (utilisez Read/Glob)
Liste manuelle : l'utilisateur colle des DOI ou des titres

2. Choisir le type d'analyse

L'utilisateur dit	Type d'analyse	Éléments	Liens par
« rede de autores » / « co-authorship »	co-authorship	auteurs	articles co-écrits
« mapa de termos » / « keyword map »	co-occurrence	mots-clés/termes	co-occurrence dans les résumés/titres
« co-citação » / « co-citation »	co-citation	références citées	co-citées par un article commun
« artigos similares » / « coupling »	couplage bibliographique	documents	références partagées
« mapa de temas » / « themes »	co-occurrence	termes	co-occurrence

Valeur par défaut en cas d'ambiguïté : co-occurrence de mots-clés/termes : c'est l'analyse la plus indulgente et elle fonctionne avec seulement les titres et les résumés.

3. Construire le réseau

Utilisez le script de conversion approprié dans scripts/ (voir ci-dessous). Tous les scripts produisent un fichier JSON VOSviewer dans le projet courant.

4. Ouvrir le résultat

Deux options : présentez les deux à l'utilisateur :

Option A : VOSviewer Online (zéro installation) :

Hébergez le fichier JSON à un endroit accessible publiquement (GitHub raw, S3, Netlify, Cloudflare R2, un gist, etc.)

Construisez l'URL :

https://app.vosviewer.com/?json=<URL-encodée-de-l'URL-json>

Partagez cette URL avec l'utilisateur. En cliquant dessus, le réseau se charge directement dans le navigateur.

Option B : VOSviewer Desktop :

Sauvegardez le fichier JSON localement
Donnez l'instruction à l'utilisateur : ouvrez VOSviewer → Fichier → Ouvrir → sélectionnez le fichier JSON
Vous pouvez également fournir les fichiers .map + .net (séparés par des tabulations)

5. Proposer un réglage

Après avoir produit la première version, proposez de :

Filtrer les éléments par poids minimum (par exemple, mots-clés apparaissant ≥ 5 fois)
Modifier le nombre de clusters via le paramètre de résolution
Ajouter des scores par année pour montrer les tendances temporelles (le plus ancien = bleu, le plus récent = rouge)
Fusionner les synonymes via un thésaurus (par exemple, « ia » ↔ « inteligência artificial »)

Scripts

Cette compétence est livrée avec des scripts de conversion prêts à l'emploi dans scripts/ :

scripts/pubmed_to_vosviewer.py : requête PubMed → JSON co-occurrence de mots-clés
scripts/crossref_to_vosviewer.py : requête Crossref → JSON co-authorship
scripts/openalex_to_vosviewer.py : requête OpenAlex → JSON co-occurrence de concepts
scripts/ris_to_vosviewer.py : fichier RIS → JSON co-occurrence de mots-clés
scripts/json_to_map_net.py : Conversion JSON VOSviewer → .map + .net pour desktop
scripts/open_in_vosviewer.py : Construit l'URL VOSviewer Online (ou ouvre le desktop)

Tous les scripts sont en Python avec uniquement la bibliothèque standard (pas de dépendances pip) sauf indication contraire.

Thésaurus (portugais)

reference/thesaurus-pt.txt contient des normalisations de synonymes courants en portugais brésilien (par exemple, « ia → inteligência artificial », « chatgpt → modelos de linguagem », « aps → atenção primária »). Chargez ce fichier lors de la construction de cartes de co-occurrence de termes pour des ensembles de données brésiliens portant sur la santé ou l'éducation.

Convention de répertoire de sortie

Sauvegardez tous les fichiers produits dans vosviewer-out/ à la racine du projet courant (créez-le s'il manque) :

vosviewer-out/
├── YYYY-MM-DD_topic.json        # JSON VOSviewer
├── YYYY-MM-DD_topic.map         # fichier map desktop (si demandé)
├── YYYY-MM-DD_topic.net         # fichier network desktop (si demandé)
└── README.md                     # Ce qui a été généré, comment, et l'URL en ligne

Format de réponse

Lors de la livraison d'un résultat VOSviewer à l'utilisateur, incluez TOUJOURS :

Résumé du jeu de données : source, nombre d'éléments, nombre de liens, plage de dates (si disponible)
Chemin(s) de fichier : où les fichiers JSON/map/net ont été sauvegardés
URL VOSviewer Online : si le JSON a été hébergé à un endroit accessible
Instructions pour le desktop : une ligne sur la façon d'ouvrir le JSON localement
Prochaines actions : ce qu'il est possible de régler ensuite (filtre, nombre de clusters, thésaurus, etc.)

Gardez la réponse concise. Ne collez pas le JSON complet dans le chat : seulement le résumé et l'URL/le chemin.

Liens de référence

Page d'accueil VOSviewer : https://www.vosviewer.com/
VOSviewer Online : https://app.vosviewer.com/
Manuel (format JSON) : https://app.vosviewer.com/docs/file-types/json-file-type/
Manuel desktop : https://www.vosviewer.com/documentation/Manual_VOSviewer_1.6.20.pdf

VOSviewer

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1. Identifier la source de données

2. Choisir le type d'analyse

3. Construire le réseau

4. Ouvrir le résultat

5. Proposer un réglage

Scripts

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Convention de répertoire de sortie

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