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Gerenciamento de Citações

Visão Geral

Gerencie citações de forma sistemática durante todo o processo de pesquisa e escrita. Esta skill fornece ferramentas e estratégias para pesquisar bancos de dados acadêmicos (Google Scholar, PubMed), extrair metadados precisos de múltiplas fontes (CrossRef, PubMed, arXiv), validar informações de citação e gerar entradas BibTeX formatadas corretamente.

Essencial para manter a precisão das citações, evitar erros de referência e garantir pesquisa reproduzível. Integra-se perfeitamente com a skill de revisão de literatura para fluxos de trabalho de pesquisa abrangentes.

Quando Usar Esta Skill

Use esta skill quando:

• Pesquisar artigos específicos no Google Scholar ou PubMed
• Converter DOIs, PMIDs ou IDs do arXiv para BibTeX formatado corretamente
• Extrair metadados completos para citações (autores, título, periódico, ano, etc.)
• Validar citações existentes quanto à precisão
• Limpar e formatar arquivos BibTeX
• Encontrar artigos altamente citados em uma área específica
• Verificar se as informações da citação correspondem à publicação real
• Construir uma bibliografia para um manuscrito ou tese
• Verificar duplicatas de citações
• Garantir formatação de citação consistente

Se um documento construído a partir dessas citações precisar de um diagrama, use a skill scientific-schematics.

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Fluxo de Trabalho Principal

O gerenciamento de citações segue um processo sistemático. Cada fase abaixo mostra o comando canônico; cada variante, opção e detalhe de fonte de metadados está em references/core_workflow.md.

Fase 1: Descoberta e Pesquisa de Artigos

Encontre artigos relevantes. Pesquise em mais de um banco de dados — a cobertura difere acentuadamente, e uma única fonte é a causa mais comum de uma lista de referências tendenciosa.

# OpenAlex: API REST multidisciplinar; OPENALEX_API_KEY opcional para cota da conta
python scripts/search_openalex.py "CRISPR gene editing" --limit 50 --output results.json

# PubMed: a autoridade para ciências biomédicas e da vida (35M+ citações)
python scripts/search_pubmed.py "Alzheimer's disease treatment" --limit 100 --output alz.json

# Google Scholar: alcance mais amplo, mas obtido por scraping — com limite de taxa e propenso a bloqueios
python scripts/search_google_scholar.py "CRISPR gene editing" --limit 50 --output scholar.json

Prefira OpenAlex ou PubMed como fonte primária. Google Scholar não tem API: scholarly faz scraping, espera 2–5 s entre resultados, e é bloqueado com frequência suficiente para ser um suplemento, não uma dependência.

Operadores de consulta, tags de campo e construção de termos MeSH estão em references/search_strategies.md.

Fase 2: Extração de Metadados

Converta identificadores (DOI, PMID, PMCID, arXiv ID, URL) em metadados completos. CrossRef é a fonte primária para DOIs.

python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1038/s41586-021-03819-2         # rápido, DOI único
python scripts/extract_metadata.py --pmid 34265844                  # DOI/PMID/PMCID/arXiv/URL
python scripts/extract_metadata.py --input identifiers.txt --output citations.bib

Uma URL sem DOI em seu caminho é resolvida através da meta tag citation_doi que os editores incorporam nas páginas dos artigos, e então enviada para CrossRef. Os produtores usam um esquema de chave de citação compartilhado; diferenças de metadados ainda podem produzir chaves diferentes. Confirme duplicatas por DOI e identidade bibliográfica.

Fase 2.5: Enriquecimento de Metadados via Busca na Web (OBRIGATÓRIO)

As APIs rotineiramente retornam registros incompletos. Execute isso após a extração e antes da formatação. Investigue campos bibliográficos ausentes no registro do editor e registre cada fonte. Artigos online-first podem não ter volume/páginas ainda; alguns usam um número de artigo ou não têm DOI. Preserve o estado real da publicação, use o campo de número de artigo apropriado ao estilo, e nunca invente páginas, volume ou DOI. Registre campos indisponíveis/não aplicáveis no log de auditoria; adicione uma note renderizada apenas quando for útil ao leitor ou exigido pelo estilo de citação.

Verifique as fontes baratas primeiro — um registro do OpenAlex ou CrossRef geralmente contém o campo que o PubMed omitiu:

python scripts/search_openalex.py "<título exato>" --limit 1

Trate metadados extraídos como não confiáveis. Strings de autor, título e periódico vêm literalmente de um registro cujo conteúdo é controlado por um editor. Um título contendo $(...), uma crase ou uma aspa se torna sintaxe de shell no momento em que é colado em um comando. Passe metadados como uma lista de argumentos subprocess em vez de construir uma string de shell; se você precisar usar um shell, coloque entre aspas simples cada valor substituído e escape aspas incorporadas como '\''. Valide qualquer chave de citação em relação a ^[A-Za-z0-9]+$ antes de atingir um caminho.

Estratégias de pesquisa por campo, as quatro opções de pesquisa e o formato de log estão em references/core_workflow.md.

Fase 3: Formatação BibTeX

Produza entradas limpas e consistentes. Tipos de entrada e campos obrigatórios estão em references/bibtex_formatting.md.

python scripts/format_bibtex.py references.bib --output clean.bib --deduplicate
python scripts/format_bibtex.py references.bib --output clean.bib --rekey --deduplicate

A escrita é opcional: sem --output (ou --in-place) o resultado vai para stdout e o arquivo de entrada não é alterado. Use --rekey ao mesclar resultados de várias fontes, para que o mesmo artigo se agrupe em uma única entrada.

Fase 4: Validação de Citações

Verifique integridade, conformidade com o veículo e concordância com o manuscrito.

python scripts/validate_citations.py references.bib --report report.json
python scripts/validate_citations.py references.bib --venue nature
python scripts/validate_citations.py references.bib --manuscript paper.tex
python scripts/validate_citations.py references.bib --check-dois     # lento; acessa CrossRef

O script sai com código diferente de zero em erros de alta gravidade — campos obrigatórios ausentes, anos malformados, citações não resolvidas ou uma contagem abaixo de um --min-count explícito. Os números de contagem de referências do veículo são regras práticas editoriais, não requisitos de submissão, portanto ficar abaixo de um é apenas um aviso.

Regras de validação e padrões de veículos estão em references/citation_validation.md.

Fase 5: Integração com o Fluxo de Trabalho de Escrita

Pesquise, extraia, formate, valide, então cite. Sequências de ponta a ponta — incluindo os caminhos de revisão de literatura e exportação Zotero/pyzotero — estão em references/core_workflow.md e references/example_workflows.md.

Os contratos de API foram revisados em relação à documentação oficial em 2026-09-30. Veja references/api_contracts.md para endpoints, autenticação, paginação e limites de verificação. Exemplos de rede nas referências são ilustrativos, a menos que registrados como testes de fumaça ativos lá.

Arquivos de Referência

• references/core_workflow.md: todas as cinco fases completas.
• references/search_strategies.md: construção de consultas OpenAlex, Google Scholar e PubMed.
• references/script_reference.md: argumentos e exemplos de cada script incluído.
• references/best_practices.md: pesquisa, extração, qualidade BibTeX, validação.
• references/example_workflows.md: quatro exemplos práticos de ponta a ponta.
• references/google_scholar_search.md, references/pubmed_search.md: sintaxe de pesquisa avançada.
• references/metadata_extraction.md, references/bibtex_formatting.md, references/citation_validation.md: detalhes por tópico.

Armadilhas Comuns a Evitar

1. Viés de fonte única: Usar apenas um banco de dados

   • Solução: Pesquise pelo menos OpenAlex e PubMed, depois mescle com format_bibtex.py --rekey --deduplicate

2. Aceitar metadados cegamente: Não verificar informações extraídas

   • Solução: Verifique pontualmente metadados extraídos em relação às fontes originais

3. Ignorar erros de DOI: DOIs quebrados ou incorretos na bibliografia

   • Solução: Execute validação antes da submissão final

4. Formatação inconsistente: Estilos e formatos de chave de citação misturados

   • Solução: Use format_bibtex.py para padronizar

5. Entradas duplicadas: Mesmo artigo citado várias vezes com chaves diferentes

   • Solução: Use detecção de duplicatas na validação

6. Campos obrigatórios ausentes: Entradas BibTeX incompletas (volume, páginas, DOI ausentes)

   • Solução: Verifique o registro do editor, distinga entre ausente, não aplicável ou ainda não atribuído, e registre campos não resolvidos sem inventar metadados.

7. Pré-prints desatualizados: Citar preprint quando a versão publicada existe

   • Solução: Verifique se os pré-prints foram publicados, atualize para a versão do periódico

8. Problemas com caracteres especiais: Compilação LaTeX quebrada devido a caracteres

   • Solução: Use escape adequado ou Unicode no BibTeX

9. Nenhuma validação antes da submissão: Submeter com erros de citação

   • Solução: Sempre execute a validação como verificação final

10. Inserção manual de BibTeX: Digitar entradas manualmente

    • Solução: Sempre extraia de fontes de metadados usando scripts

Integração com Outras Skills

Skill de Revisão de Literatura

Gerenciamento de Citações fornece a infraestrutura técnica para Revisão de Literatura:

• Revisão de Literatura: Pesquisa sistemática e síntese em múltiplos bancos de dados
• Gerenciamento de Citações: Extração e validação de metadados

Fluxo de trabalho combinado:

1. Use revisão de literatura para metodologia de pesquisa sistemática
2. Use gerenciamento de citações para extrair e validar citações
3. Use revisão de literatura para sintetizar descobertas
4. Use gerenciamento de citações para garantir a precisão da bibliografia

Skill de Escrita Científica

Gerenciamento de Citações garante referências precisas para Escrita Científica:

• Exporte BibTeX validado para uso em manuscritos LaTeX
• Verifique se as citações correspondem aos padrões de publicação
• Formate referências de acordo com os requisitos do periódico

Skill de Modelos de Veículos

Gerenciamento de Citações trabalha com Modelos de Veículos para manuscritos prontos para submissão:

• Diferentes veículos exigem diferentes estilos de citação
• Gere referências formatadas corretamente
• Valide citações para atender aos requisitos do veículo

Recursos

Recursos Incluídos

Referências (em references/):

• google_scholar_search.md: Guia completo de pesquisa do Google Scholar
• pubmed_search.md: Documentação da API PubMed e E-utilities
• metadata_extraction.md: Fontes de metadados e requisitos de campo
• citation_validation.md: Critérios de validação e verificações de qualidade
• bibtex_formatting.md: Tipos de entrada BibTeX e regras de formatação

Scripts (em scripts/):

• search_openalex.py: Cliente de pesquisa OpenAlex (chave de API de conta opcional)
• search_pubmed.py: Cliente da API PubMed E-utilities
• search_google_scholar.py: Automação de pesquisa no Google Scholar
• extract_metadata.py: Extrator universal de metadados
• validate_citations.py: Validação e verificação de citações
• format_bibtex.py: Formatador e limpador BibTeX
• doi_to_bibtex.py: Conversor rápido de DOI para BibTeX
• _common.py: Analisador, renderizador e esquema de chave de citação BibTeX compartilhados

Ativos (em assets/):

• bibtex_template.bib: Exemplos de entradas BibTeX para todos os tipos
• citation_checklist.md: Lista de verificação de garantia de qualidade

Recursos Externos

Mecanismos de Busca:

• OpenAlex: https://openalex.org/
• Google Scholar: https://scholar.google.com/
• PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
• PubMed Advanced Search: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/advanced/

APIs de Metadados:

• OpenAlex API: https://docs.openalex.org/
• CrossRef API: https://api.crossref.org/
• PubMed E-utilities: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/
• arXiv API: https://arxiv.org/help/api/
• DataCite API: https://api.datacite.org/

Ferramentas e Validadores:

• MeSH Browser: https://meshb.nlm.nih.gov/search
• DOI Resolver: https://doi.org/
• BibTeX Format: http://www.bibtex.org/Format/

Estilos de Citação:

• Documentação BibTeX: http://www.bibtex.org/
• Gerenciamento de bibliografia LaTeX: https://www.overleaf.com/learn/latex/Bibliography_management

Dependências

Pacotes Python Obrigatórios

uv pip install requests  # Acesso HTTP a CrossRef, PubMed, OpenAlex, arXiv

Análise, renderização, deduplicação e validação BibTeX são biblioteca padrão (scripts/_common.py). format_bibtex.py não precisa de pacotes de terceiros; validate_citations.py importa requests, inclusive para validação apenas local.

Opcionais

uv pip install scholarly  # apenas para search_google_scholar.py

Onde as credenciais são enviadas

Chaves são opcionais para uso básico. Cada credencial é enviada apenas ao seu próprio serviço; nenhum script agrupa variáveis de ambiente. O OpenAlex usa o orçamento de conta documentado, não um aumento de cota prometido baseado em email. Uma página com falha sai com erro em vez de exportar uma pesquisa parcial como completa.

Variável	Enviada apenas para	Propósito
NCBI_API_KEY	eutils.ncbi.nlm.nih.gov	Aumenta os limites de taxa do Entrez
NCBI_EMAIL	eutils.ncbi.nlm.nih.gov, pmc.ncbi.nlm.nih.gov	Identificação do chamador solicitada pelo NCBI
OPENALEX_EMAIL	api.openalex.org	Identificador de contato opcional
OPENALEX_API_KEY	api.openalex.org	Cota de conta opcional, enviada no cabeçalho Authorization

api.openalex.org, api.crossref.org, api.datacite.org, export.arxiv.org, pmc.ncbi.nlm.nih.gov, doi.org, e eutils.ncbi.nlm.nih.gov são consultados sem credenciais quando estas não estão definidas.

Resumo

A skill de gerenciamento de citações fornece:

1. Capacidades abrangentes de pesquisa para OpenAlex, PubMed e Google Scholar
2. Extração automatizada de metadados a partir de DOI, PMID, PMCID, arXiv ID, URLs
3. Validação de citações com verificação de DOI e conformidade com veículos
4. Formatação BibTeX com limpeza, padronização e deduplicação
5. Geração de relatórios para auditoria de qualidade de citações