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Gestión de Citas

Descripción general

Administre citas de manera sistemática durante todo el proceso de investigación y escritura. Esta habilidad proporciona herramientas y estrategias para buscar en bases de datos académicas (Google Scholar, PubMed), extraer metadatos precisos de múltiples fuentes (CrossRef, PubMed, arXiv), validar información de citas y generar entradas BibTeX correctamente formateadas.

Es fundamental para mantener la precisión de las citas, evitar errores de referencia y garantizar una investigación reproducible. Se integra perfectamente con la habilidad de revisión de literatura para flujos de trabajo de investigación integrales.

Cuándo usar esta habilidad

Use esta habilidad cuando:

• Busque artículos específicos en Google Scholar o PubMed
• Convierta DOIs, PMIDs o IDs de arXiv a BibTeX correctamente formateado
• Extraiga metadatos completos para citas (autores, título, revista, año, etc.)
• Valide citas existentes para verificar su precisión
• Limpie y formatee archivos BibTeX
• Encuentre artículos altamente citados en un campo específico
• Verifique que la información de la cita coincida con la publicación real
• Construya una bibliografía para un manuscrito o tesis
• Verifique si hay citas duplicadas
• Asegure un formato de cita consistente

Si un documento basado en estas citas necesita un diagrama, use la habilidad scientific-schematics.

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Flujo de trabajo principal

La gestión de citas sigue un proceso sistemático. Cada fase a continuación muestra el comando canónico; cada variante, opción y detalle de fuente de metadatos está en references/core_workflow.md.

Fase 1: Descubrimiento y búsqueda de artículos

Encuentre artículos relevantes. Busque en más de una base de datos: la cobertura difiere notablemente, y una sola fuente es la causa más común de una lista de referencias sesgada.

# OpenAlex: API REST multidisciplinaria; OPENALEX_API_KEY opcional para cuota de cuenta
python scripts/search_openalex.py "CRISPR gene editing" --limit 50 --output results.json

# PubMed: la autoridad en ciencias biomédicas y de la vida (más de 35 millones de citas)
python scripts/search_pubmed.py "Alzheimer's disease treatment" --limit 100 --output alz.json

# Google Scholar: el alcance más amplio, pero se extrae mediante scraping: con límite de velocidad y propenso a bloqueos
python scripts/search_google_scholar.py "CRISPR gene editing" --limit 50 --output scholar.json

Prefiera OpenAlex o PubMed como fuente principal. Google Scholar no tiene API: scholarly lo extrae mediante scraping, espera 2-5 s entre resultados y a menudo es bloqueado, por lo que debe ser un complemento y no una dependencia.

Los operadores de consulta, las etiquetas de campo y la construcción de términos MeSH están en references/search_strategies.md.

Fase 2: Extracción de metadatos

Convierta identificadores (DOI, PMID, PMCID, arXiv ID, URL) en metadatos completos. CrossRef es la fuente principal para DOIs.

python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1038/s41586-021-03819-2         # rápido, DOI único
python scripts/extract_metadata.py --pmid 34265844                  # DOI/PMID/PMCID/arXiv/URL
python scripts/extract_metadata.py --input identifiers.txt --output citations.bib

Una URL sin DOI en su ruta se resuelve a través de la metaetiqueta citation_doi que los editores incorporan en las páginas de artículos y luego se envía a CrossRef. Los productores usan un esquema de clave de cita compartido; las diferencias de metadatos aún pueden producir claves diferentes. Confirme duplicados por DOI e identidad bibliográfica.

Fase 2.5: Enriquecimiento de metadatos mediante búsqueda web (OBLIGATORIO)

Las API devuelven rutinariamente registros incompletos. Ejecute esto después de la extracción y antes del formateo. Investigue los campos bibliográficos faltantes en el registro del editor y registre cada fuente. Los artículos en línea primero pueden no tener volumen/páginas aún; algunos usan un número de artículo o no tienen DOI. Preserve el estado de publicación real, use el campo de número de artículo apropiado para el estilo y nunca invente páginas, volumen o DOI. Registre los campos no disponibles/no aplicables en el registro de auditoría; agregue una note renderizada solo cuando sea útil para el lector o requerida por el estilo de cita.

Verifique primero las fuentes económicas: un registro de OpenAlex o CrossRef a menudo contiene el campo que PubMed omitió:

python scripts/search_openalex.py "<título exacto>" --limit 1

Trate los metadatos extraídos como no confiables. Las cadenas de autor, título y revista provienen textualmente de un registro cuyo contenido controla un editor. Un título que contenga $(...), una comilla invertida o una comilla se convierte en sintaxis de shell en el momento en que se pega en un comando. Pase los metadatos como una lista de argumentos de subprocess en lugar de construir una cadena de shell; si debe usar un shell, entrecomille con comillas simples cada valor sustituido y escape las comillas incrustadas como '\''. Valide cualquier clave de cita con ^[A-Za-z0-9]+$ antes de que llegue a una ruta.

Las estrategias de búsqueda por campo, las cuatro opciones de búsqueda y el formato de registro están en references/core_workflow.md.

Fase 3: Formateo BibTeX

Produzca entradas limpias y consistentes. Los tipos de entrada y los campos requeridos están en references/bibtex_formatting.md.

python scripts/format_bibtex.py references.bib --output clean.bib --deduplicate
python scripts/format_bibtex.py references.bib --output clean.bib --rekey --deduplicate

La escritura es opcional: sin --output (o --in-place), el resultado va a stdout y el archivo de entrada no se modifica. Use --rekey al fusionar resultados de varias fuentes, para que el mismo artículo se colapse en una entrada.

Fase 4: Validación de citas

Verifique la integridad, la conformidad con el lugar de publicación y la concordancia con el manuscrito.

python scripts/validate_citations.py references.bib --report report.json
python scripts/validate_citations.py references.bib --venue nature
python scripts/validate_citations.py references.bib --manuscript paper.tex
python scripts/validate_citations.py references.bib --check-dois     # lento; consulta CrossRef

El script sale con un código distinto de cero en caso de errores de alta gravedad: campos obligatorios faltantes, años mal formados, citas no resueltas o un recuento por debajo de un --min-count explícito. Las cifras de recuento de referencias del lugar de publicación son reglas empíricas editoriales, no requisitos de envío, por lo que no alcanzar una es solo una advertencia.

Las reglas de validación y los estándares del lugar de publicación están en references/citation_validation.md.

Fase 5: Integración con el flujo de trabajo de escritura

Buscar, extraer, formatear, validar y luego citar. Las secuencias de principio a fin, incluidas las rutas de exportación de revisión de literatura y Zotero/pyzotero, están en references/core_workflow.md y references/example_workflows.md.

Los contratos de API se revisaron con la documentación oficial el 2026-09-30. Consulte references/api_contracts.md para conocer los puntos finales, la autenticación, la paginación y los límites de verificación. Los ejemplos de red en las referencias son ilustrativos a menos que se registren como pruebas de humo en vivo allí.

Archivos de referencia

• references/core_workflow.md: las cinco fases completas.
• references/search_strategies.md: construcción de consultas para OpenAlex, Google Scholar y PubMed.
• references/script_reference.md: argumentos y ejemplos de cada script incluido.
• references/best_practices.md: búsqueda, extracción, calidad de BibTeX, validación.
• references/example_workflows.md: cuatro ejemplos prácticos de principio a fin.
• references/google_scholar_search.md, references/pubmed_search.md: sintaxis de búsqueda avanzada.
• references/metadata_extraction.md, references/bibtex_formatting.md, references/citation_validation.md: detalle por tema.

Errores comunes a evitar

1. Sesgo de fuente única: Usar solo una base de datos

   • Solución: Busque al menos en OpenAlex y PubMed, luego fusione con format_bibtex.py --rekey --deduplicate

2. Aceptar metadatos a ciegas: No verificar la información extraída

   • Solución: Verifique por muestreo los metadatos extraídos con las fuentes originales

3. Ignorar errores de DOI: DOIs rotos o incorrectos en la bibliografía

   • Solución: Ejecute la validación antes del envío final

4. Formato inconsistente: Estilos de clave de cita y formato mixtos

   • Solución: Use format_bibtex.py para estandarizar

5. Entradas duplicadas: Mismo artículo citado varias veces con diferentes claves

   • Solución: Use la detección de duplicados en la validación

6. Campos obligatorios faltantes: Entradas BibTeX incompletas (volumen, páginas, DOI faltantes)

   • Solución: Verifique el registro del editor, distinga entre falta, no aplicable o aún no asignado, y registre los campos no resueltos sin inventar metadatos.

7. Prepublicaciones desactualizadas: Citar una prepublicación cuando existe la versión publicada

   • Solución: Verifique si las prepublicaciones se han publicado, actualice a la versión de la revista

8. Problemas con caracteres especiales: Compilación LaTeX rota debido a caracteres

   • Solución: Use escape adecuado o Unicode en BibTeX

9. Sin validación antes del envío: Enviar con errores de cita

   • Solución: Siempre ejecute la validación como verificación final

10. Entrada manual de BibTeX: Escribir entradas a mano

    • Solución: Siempre extraiga de fuentes de metadatos usando scripts

Integración con otras habilidades

Habilidad de Revisión de Literatura

Gestión de Citas proporciona la infraestructura técnica para Revisión de Literatura:

• Revisión de Literatura: Búsqueda y síntesis sistemática en múltiples bases de datos
• Gestión de Citas: Extracción y validación de metadatos

Flujo de trabajo combinado:

1. Use revisión de literatura para la metodología de búsqueda sistemática
2. Use gestión de citas para extraer y validar citas
3. Use revisión de literatura para sintetizar hallazgos
4. Use gestión de citas para asegurar la precisión de la bibliografía

Habilidad de Escritura Científica

Gestión de Citas garantiza referencias precisas para Escritura Científica:

• Exporte BibTeX validado para usar en manuscritos LaTeX
• Verifique que las citas cumplan con los estándares de publicación
• Formatee las referencias según los requisitos de la revista

Habilidad de Plantillas de Publicación

Gestión de Citas funciona con Plantillas de Publicación para manuscritos listos para enviar:

• Diferentes lugares de publicación requieren diferentes estilos de cita
• Genere referencias correctamente formateadas
• Valide que las citas cumplan con los requisitos del lugar de publicación

Recursos

Recursos incluidos

Referencias (en references/):

• google_scholar_search.md: Guía completa de búsqueda en Google Scholar
• pubmed_search.md: Documentación de la API de PubMed y E-utilities
• metadata_extraction.md: Fuentes de metadatos y requisitos de campo
• citation_validation.md: Criterios de validación y controles de calidad
• bibtex_formatting.md: Tipos de entrada BibTeX y reglas de formato

Scripts (en scripts/):

• search_openalex.py: Cliente de búsqueda de OpenAlex (clave API de cuenta opcional)
• search_pubmed.py: Cliente de la API de E-utilities de PubMed
• search_google_scholar.py: Automatización de búsqueda en Google Scholar
• extract_metadata.py: Extractor de metadatos universal
• validate_citations.py: Validación y verificación de citas
• format_bibtex.py: Formateador y limpiador de BibTeX
• doi_to_bibtex.py: Conversor rápido de DOI a BibTeX
• _common.py: Analizador, renderizador y esquema de clave de cita BibTeX compartidos

Activos (en assets/):

• bibtex_template.bib: Ejemplo de entradas BibTeX para todos los tipos
• citation_checklist.md: Lista de verificación de garantía de calidad

Recursos externos

Motores de búsqueda:

• OpenAlex: https://openalex.org/
• Google Scholar: https://scholar.google.com/
• PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
• Búsqueda avanzada de PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/advanced/

APIs de metadatos:

• API de OpenAlex: https://docs.openalex.org/
• API de CrossRef: https://api.crossref.org/
• E-utilities de PubMed: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/
• API de arXiv: https://arxiv.org/help/api/
• API de DataCite: https://api.datacite.org/

Herramientas y validadores:

• Navegador MeSH: https://meshb.nlm.nih.gov/search
• Resolvedor de DOI: https://doi.org/
• Formato BibTeX: http://www.bibtex.org/Format/

Estilos de cita:

• Documentación de BibTeX: http://www.bibtex.org/
• Gestión de bibliografías en LaTeX: https://www.overleaf.com/learn/latex/Bibliography_management

Dependencias

Paquetes de Python requeridos

uv pip install requests  # Acceso HTTP a CrossRef, PubMed, OpenAlex, arXiv

El análisis, renderizado, deduplicación y validación de BibTeX son de la biblioteca estándar (scripts/_common.py). format_bibtex.py no necesita paquetes de terceros; validate_citations.py importa requests, incluso para validación solo local.

Opcional

uv pip install scholarly  # solo para search_google_scholar.py

Dónde se envían las credenciales

Las claves son opcionales para uso básico. Cada credencial se envía solo a su propio servicio; ningún script agrupa variables de entorno juntas. OpenAlex utiliza el presupuesto de cuenta documentado, no un aumento de cuota basado en correo electrónico prometido. Una página fallida sale con un error en lugar de exportar una búsqueda parcial como completa.

Variable	Enviada solo a	Propósito
NCBI_API_KEY	eutils.ncbi.nlm.nih.gov	Aumenta los límites de velocidad de Entrez
NCBI_EMAIL	eutils.ncbi.nlm.nih.gov, pmc.ncbi.nlm.nih.gov	Identificación del llamante solicitada por NCBI
OPENALEX_EMAIL	api.openalex.org	Identificador de contacto opcional
OPENALEX_API_KEY	api.openalex.org	Cuota de cuenta opcional, enviada en el encabezado Authorization

api.openalex.org, api.crossref.org, api.datacite.org, export.arxiv.org, pmc.ncbi.nlm.nih.gov, doi.org y eutils.ncbi.nlm.nih.gov se consultan sin credenciales cuando estas no están configuradas.

Resumen

La habilidad de gestión de citas proporciona:

1. Capacidades de búsqueda integrales para OpenAlex, PubMed y Google Scholar
2. Extracción automatizada de metadatos a partir de DOI, PMID, PMCID, arXiv ID, URLs
3. Validación de citas con verificación de DOI y comparación con manuscritos

(El contenido se truncó para la traducción)