ccc-skill은(는) 무엇을 하나요?
AI 코딩 에이전트용 세포-세포 통신 분석 스킬 — LIANA+, CellPhoneDB, CellChat, NicheNet, COMMOT
이 스킬은 AI 어시스턴트가 세포-세포 통신(CCC) 분석 도구 모음을 통해 단일 세포 RNA 시퀀싱 데이터를 분석할 수 있도록 설계되었습니다.
지원 도구
- LIANA+: 리간드-수포체 상호작용과 신호 경로 활성화를 위한 종합 프레임워크
- CellPhoneDB: 수용체-리간드 상호작용 데이터베이스
- CellChat: R 기반 CCC 네트워크 추론 도구
- NicheNet: 리간드-타겟 유전자 및 경로 예측 도구
- COMMOT: 공간 전사체학에서 CCC 분석 도구
사전 요구 사항
- Python 3.8+ (LIANA+, CellPhoneDB, COMMOT 사용 시)
- R 4.0+ (CellChat, NicheNet 사용 시)
- 단일 세포 전사체학 데이터 (예: Seurat, Scanpy 또는 AnnData 형식)
설치 지침
Python 패키지 설치
pip install liana cellphonedb commot
R 패키지 설치
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("CellChat", "nichenetr"))
사용법
LIANA+를 사용한 기본 CCC 분석
import liana as li
# 데이터 로드 (예: scverse/Scirpy 형식)
adata = li.mt.read("path/to/data.h5ad")
# 리간드-수용체 점수화 수행
li.mt.score(adata, score='simple')
# 상호작용 네트워크 시각화
li.pl.heatmap(adata, 'interaction_score')
CellPhoneDB 분석
cellphonedb method statistical_analysis sample_meta.txt sample_counts.txt
cellphonedb plot dot_plot
자세한 내용은 각 도구의 공식 문서를 참조하세요.
기여
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라이선스
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