Was macht ccc-skill?
Fähigkeit zur Analyse von Zell-Zell-Kommunikation für KI-Codierungsagenten – LIANA+, CellPhoneDB, CellChat, NicheNet, COMMOT
Übersicht
Diese Fähigkeit stattet KI-Codierungsagenten mit der Fähigkeit aus, Analysen der Zell-Zell-Kommunikation (CCC) mithilfe bewährter Tools wie LIANA+, CellPhoneDB, CellChat, NicheNet und COMMOT durchzuführen. Sie optimiert die Einrichtung, Ausführung und Interpretation von CCC-Analysen aus Einzelzell-RNA-seq-Daten.
Unterstützte Plattformen
- Claude Code
- Cursor
- Codex
- Andere KI-Codierungsagenten mit Zugriff auf die Befehlszeile
Funktionen
- Automatisierte Datenvorverarbeitung und Qualitätskontrolle
- Integration mehrerer CCC-Methoden
- Reproduzierbare Analyse-Pipelines
- Plattformübergreifende Kompatibilität
- Ergebnisvisualisierung und -interpretation
Erste Schritte
- Stellen Sie sicher, dass Ihre Einzelzell-RNA-seq-Daten im entsprechenden Format vorliegen (z. B. h5ad, AnnData).
- Konfigurieren Sie Ihre Umgebung mit den erforderlichen Abhängigkeiten:
pip install liana cellphonedb cellchat nichnet commot
- Führen Sie den Agenten mit Ihrer Datendatei aus:
python run_ccc_analysis.py --input data.h5ad --method liana
Verwendung
Der Agent kann interaktiv aufgefordert werden, eine CCC-Analyse durchzuführen, oder über Skripte, die die in dieser Fähigkeit definierten Tools nutzen. Siehe die Dokumentation der einzelnen Tools für detaillierte API-Referenzen.
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Lizenz
Dieses Projekt ist unter der MIT-Lizenz lizenziert – siehe die LICENSE-Datei für Details.