garnatxa-hpc-skill は何をしますか？
学習曲線ゼロでGarnatxa HPCクラスター（I2SysBio, UV/CSIC, バレンシア）にアクセス：ClaudeがSSH、SLURM、モジュール、conda/mamba、Nextflow/Snakemake、ストレージ、テープ、I2SysBioポリシーを代行処理します。
概要
このスキルは、バレンシア大学とCSICのI2SysBio研究所が運用するGarnatxa HPCクラスターへのアクセスを簡素化します。複雑なコマンドやクラスター固有の設定を学習する代わりに、自然言語でタスクを説明するだけで、Claudeがクラスターとのやり取りを全て処理します。
機能
- SSH接続: 安全なSSHトンネルを自動的に確立し、管理します。
- SLURMジョブ管理: 対話型およびバッチジョブの送信、監視、取り消しを行います。
- 環境モジュール: 必要なソフトウェアモジュールをロードおよび管理します。
- conda/mamba: 環境の作成、パッケージのインストール、依存関係の管理を行います。
- Nextflow/Snakemake: クラスター上でワークフローパイプラインを設定および実行します。
- ストレージ:
$HOME、$SCRATCH、$DATAディレクトリにアクセスし、ファイルを管理します。 - テープアーカイブ: 長期保存用のテープストレージとの間でデータをアーカイブおよび取得します。
- ポリシー遵守: ジョブの実行がI2SysBioのポリシーおよびリソース制限に準拠していることを確認します。
使用方法
以下のような自然言語コマンドを使用します：
- 「GarnatxaにSSHで接続して」
- 「
my_job.shをSLURMに送信して」 - 「
$SCRATCHにあるファイルをリスト表示して」 - 「
myprojectというconda環境を作成して」 - 「
main.nfを使用してNextflowパイプラインを実行して」 - 「データをテープにアーカイブして」
設定
開始する前に、以下の環境変数が設定されていることを確認してください：
export GARNATXA_USER="your_username"
export GARNATXA_HOST="garnatxa.i2sysbio.uv.es"
また、パスワードなしのSSHアクセスが設定されている必要があります。
例
対話型セッションの開始
Garnatxaで対話型セッションを開始して、cpus=4、mem=16GBで1時間お願いします。
パイプラインの実行
`~/project`にあるNextflowパイプラインを実行して、プロファイルは`cluster`を使ってください。
ファイルの転送
`$DATA/results.tar.gz`をローカルの`~/downloads/`にコピーして。
トラブルシューティング
- SSH接続エラー: SSHキーが正しく設定され、ssh-agentが実行されていることを確認してください。
- ジョブの失敗:
scontrol show job <jobid>を使用してSLURMのエラーログを確認します。 - モジュールが見つからない:
module availで利用可能なモジュールをリスト表示します。
貢献
問題や機能リクエストは、GitHubリポジトリに報告してください。
ライセンス
MIT