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scientific-slides

研究発表用のスライドデッキやプレゼンテーションを作成します。PowerPointスライド、学会発表、セミナー、研究発表、論文発表用スライド、またはあらゆる科学プレゼンテーションに使用できます。スライド構成、デザインテンプレート、時間配分ガイダンス、視覚的検証を提供します。PowerPointとLaTeX Beamerに対応。

scientific-slides とは?

このスキルは、研究者やエンジニア向けに、視覚的に魅力的で研究に裏打ちされた科学プレゼンテーションを作成するための包括的なガイダンスを提供します。スライドの構成、デザイン、コンテンツ開発から、発表の準備に至るまでをカバーし、特に「Nano Banana Pro」AIを使用して自動生成するワークフローを中心に据えています。デフォルトではPDF形式でスライドを生成し、各スライドを画像として作成後、結合します。PowerPointを作成する場合は、Nano Banana Proでビジュアルのみを生成し、別途テキストを追加するハイブリッドワークフローもサポートしています。書式の一貫性を保つためのプロトコル(色、フォント、スタイルの統一)や、引用の追加、既存の図表(結果グラフなど)の添付機能も備えており、学術的な厳密さを維持しながら、記憶に残るプレゼンテーションを実現します。また、複雑な技術図を作成するための「scientific-schematics」スキルや、文献調査を行う「research-lookup」スキルなど、他のスキルとの連携も重視しています。

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ドキュメント

Scientific Slides

概要

科学プレゼンテーションは、研究を伝え、発見を共有し、学術的・専門的な聴衆と交流するための重要な媒体です。このスキルは、構造やコンテンツ開発からビジュアルデザイン、発表準備に至るまで、効果的な科学プレゼンテーションを作成するための包括的なガイダンスを提供します。

主な焦点: 学会、セミナー、防御、専門的な発表などの口頭発表。

重要なデザイン哲学: 科学プレゼンテーションは、視覚的に魅力的で、研究に裏打ちされたものでなければなりません。何があっても、テキストばかりの乾いたスライドは避けてください。優れた科学プレゼンテーションは、以下を組み合わせます:

  • 説得力のあるビジュアル: 高品質の図、画像、ダイアグラム(単なる箇条書きではない)
  • 研究の文脈: research-lookup からの適切な引用で信頼性を確立
  • 最小限のテキスト: 箇条書きはプロンプトとして、説明は口頭で行う
  • プロフェッショナルなデザイン: モダンなカラースキーム、強い視覚的階層、十分な余白
  • ストーリー重視: 単なるデータの羅列ではなく、明確なナラティブアーク

覚えておいてください: 退屈なプレゼンテーション = 忘れられた科学。適切な引用で科学的厳密性を維持しながら、スライドを視覚的に記憶に残るものにしましょう。

このスキルを使うべき時

このスキルは、以下の場合に使用してください:

  • 学会発表の準備 (5〜20分)
  • 学術セミナーの開発 (45〜60分)
  • 論文または学位論文発表スライドの作成
  • 助成金申請プレゼンテーションのデザイン
  • ジャーナルクラブ発表の準備
  • 研究機関や企業での研究講演
  • 科学トピックに関する教育・チュートリアル発表

Nano Banana Pro を使ったスライド生成

このスキルは、Nano Banana Pro AIを使用して、見事なプレゼンテーションスライドを自動生成します。

出力形式に応じて、2つのワークフローがあります:

デフォルトワークフロー: PDFスライド(推奨)

各スライドをNano Banana Proで完全な画像として生成し、PDFに結合します。これにより、最も視覚的に優れた結果が得られます。

動作の仕組み:

  1. デッキを計画する: 各スライドの詳細な計画を作成(タイトル、キーポイント、ビジュアル要素)
  2. スライドを生成する: Nano Banana Proを呼び出して、各スライドの完全な画像を作成
  3. PDFに結合する: スライド画像を単一のPDFプレゼンテーションに結合

ステップ1: 各スライドを計画する

生成前に、プレゼンテーションの詳細な計画を作成します:

# プレゼンテーション計画: 機械学習入門

## スライド1: タイトルスライド
- タイトル: "機械学習: 理論から実践へ"
- サブタイトル: "AIカンファレンス2025"
- 発表者: Dr. Jane Smith, University of XYZ
- ビジュアル: モダンな抽象的なニューラルネットワーク背景

## スライド2: はじめに
- タイトル: "機械学習が重要な理由"
- キーポイント: 業界導入、画期的なアプリケーション、将来の可能性
- ビジュアル: 異なるMLアプリケーション(ヘルスケア、金融、ロボティクス)を示すアイコン

## スライド3: コアコンセプト
- タイトル: "3つの学習タイプ"
- 内容: 教師あり学習、教師なし学習、強化学習
- ビジュアル: 各タイプと例を示す3分割図

...(すべてのスライドで続ける)

ステップ2: 各スライドを生成する

generate_slide_image.pyスクリプトを使用して、各スライドを作成します。

重要: 書式統一プロトコル

プレゼンテーション全体で書式を統一するために:

  1. 書式目標を定義し、すべてのプロンプトに含める:

    • カラースキーム(例: "紺色の背景、白いテキスト、ゴールドのアクセント")
    • タイポグラフィスタイル(例: "太字のサンセリフタイトル、すっきりした本文")
    • ビジュアルスタイル(例: "ミニマルでプロフェッショナル、コーポレートな美観")
    • レイアウトアプローチ(例: "十分な余白、左揃えのコンテンツ")
  2. 前のスライドを常に添付して、後続のスライドを生成する際に--attachを使用する:

    • これにより、Nano Banana Proが既存のスタイルを確認し、一致させることができる
    • デッキ全体で視覚的な連続性を生み出す
    • 一貫した色、フォント、デザイン言語を保証する
  3. **デフォルトの作成者は「K-Dense」**とし、別の名前が指定されない限りこれを使用する

  4. 研究を参照するスライドには、プロンプトに直接引用を含める:

    • 生成されたスライドに引用が表示されるように、プロンプトテキストに追加する
    • 形式: 「引用を含める: (著者名 et al., 年)」または「参考文献を示す: 著者名 et al., 年」
    • 複数の引用がある場合は、すべてプロンプトに列挙する
    • 引用はスライド下部の小さなテキスト、または関連コンテンツの近くに表示する
  5. 結果スライド用に既存の図/データを添付する(データ駆動型プレゼンテーションでは重要):

    • 結果に関するスライドを作成する際は、常に既存の図を確認する:
      • ワーキングディレクトリ内(例: figures/、results/、plots/、images/)
      • ユーザーが提供した入力ファイルやディレクトリ
      • プレゼンテーションに関連するデータビジュアライゼーション、チャート、グラフ
    • --attachを使用してこれらの図を含めることで、Nano Banana Proが組み込めるようにする:
      • 結果スライド用に実際のデータ図/チャートを添付
      • 方法論スライド用に関連図を添付
      • タイトルスライド用にロゴや機関の画像を添付
    • データ図を添付する際は、プロンプトで何を望むかを説明する:
      • 「添付された結果チャートを示し、主要な発見を強調したスライドを作成してください」
      • 「この添付図を中心にスライドを構築し、データを説明するタイトルと箇条書きを追加してください」
      • 「添付のグラフを解釈付きの結果スライドに組み込んでください」
    • 結果スライドを生成する前: ワーキングディレクトリ内のファイルを一覧表示し、関連する図を見つける
    • 複数の図を添付可能: --attach fig1.png --attach fig2.png

書式統一、引用、図の添付を含む例:

# タイトルスライド(最初のスライド - スタイルを確立)
python scripts/generate_slide_image.py "プレゼンテーションのタイトルスライド: '機械学習: 理論から実践へ'。サブタイトル: 'AIカンファレンス2025'。発表者: K-Dense。書式目標: 紺色の背景 (#1a237e)、白いテキスト、ゴールドのアクセント (#ffc107)、ミニマルデザイン、サンセリフフォント、十分な余白、装飾要素なし。" -o slides/01_title.png

# 引用を含むコンテンツスライド(一貫性のために前のスライドを添付)
python scripts/generate_slide_image.py "'機械学習が重要な理由'というタイトルのプレゼンテーションスライド。シンプルなアイコン付きの3つのキーポイント: 1) 業界導入、2) 画期的なアプリケーション、3) 将来の可能性。引用: 下部の小さなテキストに含める: (LeCun et al., 2015; Goodfellow et al., 2016)。書式目標: 添付されたスライドのスタイルに一致 - 紺色の背景、白いテキスト、ゴールドのアクセント、ミニマルなプロフェッショナルデザイン、視覚的な乱雑さは避ける。" -o slides/02_intro.png --attach slides/01_title.png

# 複数の引用を含む背景スライド
python scripts/generate_slide_image.py "'ディープラーニング革命'というタイトルのプレゼンテーションスライド。重要なマイルストーン: ImageNetブレイクスルー (2012)、トランスフォーマーアーキテクチャ (2017)、GPTモデル (2018年〜現在)。引用: 下部に参考文献を示す: (Krizhevsky et al., 2012; Vaswani et al., 2017; Brown et al., 2020)。書式目標: 添付されたスライドのスタイルに正確に一致 - 同じ色、フォント、ミニマルデザイン。" -o slides/03_background.png --attach slides/02_intro.png

# 結果スライド - ワーキングディレクトリから実際のデータ図を添付
# まず、存在する図を確認: ls figures/ または ls results/
python scripts/generate_slide_image.py "'モデルパフォーマンス結果'というタイトルのプレゼンテーションスライド。添付された精度チャートを提示するスライドを作成。強調する主要な発見: 1) 95%の精度を達成、2) ベースラインを12%上回る、3) テストセット全体で一貫。引用: 下部に含める: (我々の結果, 2025)。書式目標: 添付されたスライドのスタイルに正確に一致。" -o slides/04_results.png --attach slides/03_background.png --attach figures/accuracy_chart.png

# 結果スライド - 複数の図の比較
python scripts/generate_slide_image.py "'比較: 改善前と改善後'というタイトルのプレゼンテーションスライド。添付された2つの図を使用して、比較スライドを構築。左: ベースライン結果、右: 改善された結果。改善を説明する簡単なラベルを追加。書式目標: 添付されたスライドのスタイルに正確に一致。" -o slides/05_comparison.png --attach slides/04_results.png --attach figures/baseline.png --attach figures/improved.png

# 方法論スライド - 既存の図を添付
python scripts/generate_slide_image.py "'システムアーキテクチャ'というタイトルのプレゼンテーションスライド。添付されたアーキテクチャ図を簡単な説明箇条書きとともに提示: 1) 入力処理、2) モデル推論、3) 出力生成。書式目標: 添付されたスライドのスタイルに正確に一致。" -o slides/06_architecture.png --attach slides/05_comparison.png --attach diagrams/system_architecture.png

重要: 結果スライドを作成する前には、常に以下を行ってください:

  1. ワーキングディレクトリ内のファイルを一覧表示: ls -la figures/ または ls -la results/
  2. ユーザーが提供したディレクトリ内の関連図を確認する
  3. スライドに表示すべき関連図をすべて添付する
  4. Nano Banana Proが添付された図をどのように組み込むべきかを説明する

プロンプトテンプレート:

すべてのプロンプトに以下の要素を含めてください(必要に応じてカスタマイズ):

[スライドの内容説明]
引用: 下部に含める: (著者1 et al., 年; 著者2 et al., 年)
書式目標: [背景色]、[テキスト色]、[アクセント色]、ミニマルなプロフェッショナルデザイン、装飾要素なし、添付されたスライドのスタイルと一貫性を保つ。

ステップ3: PDFに結合する

# すべてのスライドをPDFプレゼンテーションに結合
python scripts/slides_to_pdf.py slides/*.png -o presentation.pdf

PPTワークフロー: 生成されたビジュアルを含むPowerPoint

PowerPointプレゼンテーションを作成する場合、Nano Banana Proを使用して各スライドの画像と図を生成し、その後PPTXスキルを使用してテキストを別途追加します。

動作の仕組み:

  1. デッキを計画する: 各スライドのコンテンツ計画を作成
  2. ビジュアルを生成する: --visual-onlyフラグ付きのNano Banana Proを使用してスライドの画像を作成
  3. PPTXを構築する: PPTXスキル(PptxGenJSまたはテンプレートベース)を使用して、生成されたビジュアルと別のテキストでスライドを作成

ステップ1: 各スライドのビジュアルを生成する

# 導入スライドの図を生成
python scripts/generate_slide_image.py "機械学習アプリケーションを示すプロフェッショナルなイラスト: ヘルスケア診断、財務分析、自動運転車、ロボティクス。モダンなフラットデザイン、白い背景にカラフルなアイコン。" -o figures/ml_applications.png --visual-only

# 方法論スライドの図を生成
python scripts/generate_slide_image.py "入力層、3つの隠れ層、出力層を示すニューラルネットワークアーキテクチャ図。ノード接続のあるクリーンでテクニカルなスタイル。青とグレーのカラースキーム。" -o figures/neural_network.png --visual-only

# 結果用の概念図を生成
python scripts/generate_slide_image.py "改善前後の比較: 左側は散らかったデータ、右側は整理された洞察を示す。それらを結ぶ矢印。プロフェッショナルなビジネススタイル。" -o figures/results_visual.png --visual-only

ステップ2: PPTXスキルでPowerPointを構築する

PPTXスキルのPptxGenJSワークフローを使用して、以下を含むスライドを作成します:

  • ステップ1で生成された画像
  • 別途追加されたタイトルと本文テキスト
  • プロフェッショナルなレイアウトと書式設定

完全なPPTX作成ドキュメントについては、skills/pptx/SKILL.mdを参照してください。


科学図解によるビジュアル強化

スライド生成に加えて、技術的な図にはscientific-schematicsスキルを使用してください:

scientific-schematicsを代わりに使うべき時:

  • 複雑な技術図(回路図、化学構造)
  • 論文用の出版品質の図(より高い品質基準)
  • 科学的精度のレビューが必要な図

図の生成方法:

python scripts/generate_schematic.py "図の説明" -o figures/output.png

図解作成の詳細なガイダンスについては、scientific-schematicsスキルのドキュメントを参照してください。


コア機能

プレゼンテーションの構造と編成、スライドデザインの原則、スライド用データビジュアライゼーション、発表固有のガイダンス、実装オプション(Beamer / PowerPoint / 生成PDF)、ビジュアルレビューと反復、タイミングとペーシング、検証は、references/slide_capabilities.mdに文書化されています。

段階的な開発プロセス(計画、デザインと作成、コンテンツ開発、ビジュアル検証、練習と洗練、最終準備)は、references/presentation_workflow.mdにあります。

フルスライド生成用とビジュアルのみ生成用のプロンプト作成ガイダンスは、references/prompt_writing.mdにあります。同梱の各スクリプトの引数とオプションは、references/script_reference.mdにあります。発表を失敗に導く最も一般的な間違いは、references/common_pitfalls.mdにカタログ化されています。

他のスキルとの連携

Research Lookup(科学プレゼンテーションでは重要):

  • 背景の開発: 文献を検索して導入の文脈を構築
  • 引用の収集: 発表で引用する主要な論文を見つける
  • ギャップの特定: 研究を動機付ける未知の部分を特定
  • 先行研究との比較: 結果を比較する論文を見つける
  • 裏付けとなる証拠: 解釈をサポートする文献を見つける
  • 質問の準備: Q&Aでの応答に役立つ論文を見つける
  • 科学的プレゼンテーションを開発する際は、常にresearch-lookupを使用して、適切な文脈と引用を確保する

Scientific Writing:

  • 論文の内容をプレゼンテーション形式に変換
  • 主要な発見を抽出して簡素化
  • 同じ図を使用(ただし、スライド用に再デザイン)
  • 一貫した用語を維持

PPTXスキル:

  • PowerPointの作成と編集に使用
  • テンプレートワークフロー用のスクリプトを活用
  • 検証用のサムネイル生成を使用
  • プログラムによる作成については、PPTXスキルのSKILL.mdを参照

Data Viz:

  • データスライド用の図やチャートを生成
  • research-lookupと統合して引用を追加
  • 結果用の出版品質のビジュアルを作成

参考資料

スクリプト一覧

スクリプト目的
generate_slide_image.pyNano Banana Proでスライド画像を生成
slides_to_pdf.pyスライド画像をPDFに結合
generate_schematic.py科学図の生成(scientific-schematicsスキル)

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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