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aipoch/open-science

科学研究とエージェントワークフロー向けのオープンソースAI研究ワークベンチ。ローカルファースト、モデル非依存のデスクトップアプリで、拡張可能なスキル、MCPツール、コネクタを備え、Python/Rの実行とトレーサブルな成果物を提供し、macOS、Windows、Linuxで再現可能な研究を実現します。

open-science とは?

AIPOCH Open-Scienceは、科学研究者向けに設計されたオープンソースのAI研究ワークベンチです。ローカルファーストかつモデル非依存のアプローチを採用し、macOS、Windows、Linuxをサポートします。このスキルは、研究プロジェクトの作成から、ファイルの読み取り、Web検索、コード実行、科学データソースへのクエリ、そしてトレーサブルなプロvenance(来歴)を持つレポート、表、図の生成までを、単一のワークスペースで実現します。機械学習、生命科学、化学、物理学など、さまざまな分野の計算・データ集約型研究をサポートし、文献レビューからコード実行、データ分析、可視化、そして研究出力の生成までをカバーします。完了した研究セッションは、ポータブルな.scienceパッケージとしてエクスポートでき、レビューや引き継ぎ、アーカイブに利用できます。また、BiomniBench-DA Public 50ベンチマークで1位を獲得するなど、優れたパフォーマンスを発揮します。

対応✓Claude Code✓Codex CLI~Cursor✓Gemini CLI✓OpenCode
npx skills add https://github.com/aipoch/open-science/tree/main

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プレビュー

スキル README より

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ドキュメント

AIPOCH Open-Scienceは、AIPOCHが開発した、科学者や研究者向けのAI研究ワークベンチです。オープンソース、ローカルファースト、モデル非依存のアプローチを採用しています。科学的なAIエージェント、Python/Rの実行、科学データコネクタ、macOS、Windows、Linuxのクロスプラットフォームサポートにより、再現可能で検証可能な研究を実現します。プロジェクトを作成し、研究目標を平易な言葉で記述するだけで、エージェントがファイルの読み取り、Web検索、コードの実行、科学データソースへのクエリ、そしてトレーサブルな来歴を持つレポート、表、図を生成します。すべてを1つのワークスペースで完結できます。

AIPOCH Open-Scienceは、機械学習、統計学、生命科学、化学、材料科学、物理学、環境科学など、さまざまな分野の計算およびデータ集約型研究をサポートします。文献レビューや仮説立案から、コード実行、データ分析、シミュレーション、可視化、そしてトレーサブルな研究出力の生成まで、研究プロセス全体をサポートします。

完了した研究セッションは、ポータブルな.scienceパッケージとしてエクスポートでき、レビュー、引き継ぎ、アーカイブに利用できます。選択した会話ブランチ、ファイルバージョン、ノートブックレコード、検証エビデンスを含めることができます。

💡 AIPOCH Open-Science v0.34.0 リリース (最終更新: 2026年9月). AIPOCH Open-Science v0.34.0では、ネイティブのLinux ARM64インストーラが追加され、Pathway Commonsコネクタが拡張されたcBioPortal、openFDA、MGnify、Bgeeの異種間発現ソースとともに利用可能になりました。また、文献ライブラリにリファレンス属性を持つジャーナルデータセットが追加されました。さらに、MiniMax M3.1 Flash PreviewおよびClaude Sonnet 5.5モデルオプションが追加されました。詳細は最新のリリースノートをご覧ください。

目次

🚀 クイックスタート

1. アプリをダウンロードする

公式ダウンロードページを開き、お使いのコンピュータに適したインストーラを選択してください:

お使いのコンピュータ選択
macOS 12+ — Apple Silicon (M1以降)macOS DMG (Apple Silicon / ARM64)
macOS 12+ — IntelmacOS DMG (Intel / x64)
Windows x64Windows x64 インストーラ (コード署名済み)
Linux x64Linux x64 AppImage または Debian パッケージ

公式ダウンロードページからダウンロードしてください。必要に応じてダウンロードの検証を参照してください。

macOSでは、Homebrewを使ってインストールすることもできます:

brew install --cask open-science

Windowsの再インストールでは研究データは保持されます。完全にクリーンアップする場合は、データリセットツールを参照してください。確認後、ローカルデータを完全に削除します。

2. 初回セットアップを完了する

セットアップウィザードの手順に従ってください: 環境 → データ保存場所 → エージェントランタイム → モデルプロバイダー → ノートブックランタイム。

必要な環境チェックとエージェントランタイムチェックを完了し、モデル接続をテストします。Python/Rノートブックのセットアップはオプションです。ノートブックとデータ保存場所の設定は後から変更できます。

3. 研究プロジェクトを開始する

  1. 新規プロジェクトをクリックし、セッションを開き、研究目標、入力、期待される出力を記述します。
  2. ファイルを添付し、モデルと承認モードを選択して、タスクを送信します。@を使用してプロジェクトファイルを参照するか、/を使用してスキルを選択します。
  3. ツールのアクティビティと承認リクエストを確認し、結果をプレビューし、Provenanceで利用可能なエビデンスを確認します。

このREADMEのスクリーンショットはワークフローを示しています。ラベル、カタログ、およびその他のインターフェースの詳細は、インストールしたバージョンと異なる場合があります。

プロダクトツアー

研究リクエストからトレーサブルな結果まで

代表的なバイオインフォマティクスタスクを考えてみましょう: 公開された差次的発現解析を再現し、再生成された結果を論文と比較し、レビューに必要なレポート、表、図を作成します。以下のスクリーンショットは、文書化されたAIPOCH Open-Scienceワークフローの代表的なビューです。それぞれの段階を説明しており、連続したセッションを示すものではありません。

1. 研究タスクとエビデンスを定義する

研究課題、ソース論文とデータセット、必要な手法や閾値、期待される出力、受理基準を記述します。@を使用してサポートファイルをアップロードするか、既存のプロジェクト成果物を参照します。これにより、エージェントは隠れたコンテキストではなく、明示的な入力から開始します。

2. 検証可能な科学ツールで実行する

エージェントは、科学的スキル、許可された研究コネクタ、検索、ファイル操作、PythonまたはRコードを共有ノートブックで組み合わせることができます。生成された図は研究サマリーと並べてレビューでき、成果物レコードは生成元のコードと実行エビデンスを検査用にキャプチャします。

3. レポート、表、図をその場でレビューする

最終的な応答では、何が再現されたか、何が異なっていたか、どの制限事項が重要かが要約されます。生成されたMarkdownレポート、CSV表、画像、その他の研究成果物はセッションに添付されたまま、プロジェクトファイルライブラリに収集されます。会話と並べてプレビューし、後続の作業で再利用できます。

4. すべての成果物をエビデンスにトレースする

生成された各成果物は、不変でチェックサム付きのバージョンとして保存されます。Provenanceビューでは、生成元のコードと実行履歴、参照された入力、観測された環境インベントリ、生成元の会話ブランチ、バージョンスコープのレビューア所見を表示できます。検証できなかったエビデンスは、推定されるのではなく、利用不可としてマークされます。

AIPOCH Open-Science .science 研究パッケージ

完了した研究セッションをポータブルな.scienceパッケージとしてエクスポートし、レビュー、引き継ぎ、アーカイブに利用します。含める会話ブランチ、ファイルバージョン、ノートブックレコード、検証エビデンスを選択し、パッケージを別のプロジェクトやコンピュータにインポートします。

エクスポート → 転送 → 検査

  1. 完了したセッションをエクスポートし、含める内容を選択します。
  2. .scienceファイルを共同研究者または別のコンピュータに移動します。
  3. プロジェクトにインポートし、読み取り専用の履歴、含まれるファイル、ノートブックレコード、検証エビデンスを検査します。

インポートされたパッケージは読み取り専用です。コードの実行や認証情報の復元は行いません。フォローアップ作業は新しいセッションで続けてください。結果を再生するには、完全なレシピ、必要な入力、および利用可能なランタイムが必要です。

ベンチマークパフォーマンス

🏆 #1 on BiomniBench-DA Public 50

AIPOCH Open-Scienceは、コンパイルされたBiomniBench-DA Public 50比較で最高のランキングスコアを達成し、gpt-5.6-sol (xhigh) で79.05を獲得しました。この結果は、Gemini 3.1 Proのジャッジスコア81.04とDeepSeek v4-proのジャッジスコア77.06を等加重平均で組み合わせたもので、AIPOCH Open-Scienceを収集されたPublic 50の結果の中で**#1**に位置付けています。BiomniBench-DAデータセットをご覧ください。

コア機能

AIPOCH Open-Scienceは、プロジェクト管理、マルチモデルエージェント実行、PythonおよびRノートブック、科学データコネクタ、プロvenance付きの不変成果物バージョン、および許可されたヒューマンインザループ制御を1つのローカルワークスペースで組み合わせています。インストールされたアプリと最新のリリースノートが、変更されるカタログ、パッケージの詳細、新しく追加されたオプションの唯一の情報源です。

エリアコア機能
科学的スキル研究ワークフローを拡張する23の組み込みスキルとスキルマーケットプレイスから利用可能な525のスキルを備えています。

…

[翻訳のため省略]

Individual skills in this repo

This repo contains 2 individual skills — each has its own dedicated page.

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