JianYang-Lab/SMR

¿Qué hace SMR?

Enseña a los agentes de codificación de IA cómo trabajar eficazmente con el código base C++ de SMR (Randomización Mendeliana basada en datos resumidos). Cubre arquitectura, formatos de datos, sistema de compilación, métodos estadísticos y errores comunes.

Arquitectura del código base

El proyecto está organizado en los siguientes directorios principales:

• src/: Código fuente C++
  • main.cpp: Punto de entrada
  • smr.cpp: Núcleo del análisis SMR
  • heidi.cpp: Implementación del test HEIDI
  • io.cpp: Manejo de entrada/salida de archivos
  • utils.cpp: Utilidades generales
• include/: Archivos de cabecera
• data/: Datos de ejemplo
• scripts/: Scripts auxiliares (shell, R, Python)
• Makefile: Sistema de compilación

Formatos de datos

SMR utiliza formatos binarios y de texto específicos:

• BESD: Formato binario para resúmenes de GWAS
• MA: Datos de expresión (eQTL)
• SMR: Resultados del análisis SMR
• HEIDI: Resultados del test de heterogeneidad

Sistema de compilación

Para compilar el proyecto:

make clean
make

Para compilar en modo depuración:

make DEBUG=1

Métodos estadísticos

• SMR: Randomización Mendeliana basada en datos resumidos
• HEIDI: Test de heterogeneidad en instrumentos dependientes
• Multi-SNP: Combinación de múltiples variantes

Errores comunes

• Problemas de compilación: falta de bibliotecas (como zlib, boost)
• Desbordamiento de memoria al procesar archivos grandes
• Inconsistencias en los formatos de datos BESD o MA
• Alineación incorrecta de alelos en los datos de entrada