生物流程步驟圖 — 化合物手冊
為生物、生物材料、組織工程及實驗室流程步驟生成精確的獨立圖形。
信任邊界： 只有經過來源驗證的映射卡才能引入科學聲明。渲染檢查會驗證像素是否符合映射卡；它不能升級或創造來源聲明。風格和參考圖像絕不能用來決定科學事實。
結構：原子 → 分子 → 本手冊
此技能是一個化合物（手冊）。它不包含實際執行程序 — 它編排分子（複合體），而分子則明確鏈結原子（能力）。
化合物（本手冊）：選擇模式、運行分子、保留判斷
└─ composites/：有範圍的工作流程、明確的原子順序（每個 2-6 個原子）
└─ capabilities/：單一用途的基本操作，近乎確定性
深度刻意限制在兩個層級：分子直接呼叫原子，原子絕不呼叫其他原子，手冊絕不觸及分子以下的層級。更深層的圖譜正是 AI 可靠度失敗的地方。
- 原子（
capabilities/）：一個目標、一個產物、機械化。不涉及編排的判斷。 - 分子（
composites/）：一個有範圍的任務，包含明確的「先呼叫原子 X，再呼叫原子 Y」的指令。將執行時的決策降到最低。 - 本手冊：模式選擇、排序、升級，以及凌駕一切的不變規則。
分子映射表
| 分子 | 檔案 | 鏈結的原子 |
|---|---|---|
| analyze-project | composites/analyze-project.md | extract-source-text → analyze-entities → build-material-bible → extract-style-sheet (如果有參考) |
| plan-step | composites/plan-step.md | write-mapping-card → check-mapping-card → 閘門 1 |
| render-step | composites/render-step.md | assemble-prompt → render-image → run-probe (在預算內疊代) |
| finalize-step | composites/finalize-step.md | fit-labels (+ 根據需求 build-evidence-package) |
初始訪談 — 開始前先詢問
在任務開始時，使用提問工具（ask）在一輪內釐清使用者設定的選項，然後再接觸檔案：
- 任務類型 — 決定工作流程路線（如下表）。
- 任務模式 —
quick（探索，維持 DRAFT 狀態）或verified（最終交付物）。 - 閘門 1 模式 —
strict_verified（人工來源檢查）或agent_draft（無人工閘門）。 - 來源 — 專利 / 論文 / 協定 / DOCX / PDF / 貼上的文字；提供路徑或檔案。
- 參考圖像 — 有提供（僅風格參考）或無。
- 每個步驟的疊代預算（預設 5 次渲染）。
- 交付物 — 僅 PNG、PNG + 標籤，或 PNG + 標籤 + 證據包。
- 模型 — 預設為
qwen-image-3.0-pro，或擷取模型目錄（capabilities/list-image-models.md,scripts/list_image_models.py）讓使用者自行選擇；並將選擇記錄在model_choice.json中。
不要猜測使用者可以在一輪內回答的選項。在繼續進行現有專案時，重複使用先前的答案。
編排
任務類型 → 工作流程路由
| 任務類型 | 要運行的分子 | 備註 |
|---|---|---|
| 單一新步驟圖 | plan-step → render-step (+ 如果 verified 則執行 finalize-step) | 僅在專案 bible 尚未存在時執行 analyze-project |
| 完整圖形集（多步驟） | analyze-project → 每個步驟：plan-step → render-step → finalize-step | 完整流程 |
| 修改現有的步驟渲染 | 僅執行 render-step | 重複使用已驗證的卡片；僅在卡片變更時重新執行閘門 1 |
| 重新標記已接受的渲染 | 僅執行 finalize-step (fit-labels) | 不重新渲染 |
| 證據 / 審計包 | 僅執行 finalize-step (build-evidence-package) | 索引現有產物 |
| 風格探索 / 草稿 | plan-step (agent_draft, 最小化) → render-step | 輸出維持 DRAFT/UNVERIFIED 狀態 |
模式
quick— 探索：最小映射、agent_draft、無人工閘門、無標籤、無證據包。輸出為DRAFT/UNVERIFIED。verified— 最終交付物：完整分析、strict_verified 的閘門 1、標籤、閘門 3、選擇性證據包。
每個分子結束時都必須產生一個具名產物和一個驗證狀態；絕不能跳過任何分子需要的輸出。對於任何 DRAFT/UNVERIFIED 的輸出：必須明確說明其狀態；絕不能將其呈現為已驗證。
必要輸入
- 科學來源（專利 / 論文 / 協定 / DOCX / PDF 文字或使用者描述）— 操作、身份和狀態的權威依據。
- 選擇性參考圖像（僅風格參考）。
- 任務模式和閘門 1 模式。
必要輸出
對於每個產生的步驟，工作流程必須產生：
| 檔案 | 分子 | 內容 |
|---|---|---|
project_material_bible.yaml | analyze-project | 階段 0 分析（每個專案一次） |
stepN_mapping.yaml | plan-step | 映射卡 + 驗證狀態 |
stepN_prompt.txt | render-step | 最終提示詞（逐字） |
stepN_vXX.png + .json | render-step | 每個版本一個候選圖 + 中繼資料 |
stepN_probe.yaml | render-step | 閘門 2 探測結果 |
stepN_labeled.png | finalize-step | 在閘門 3 之後（verified 模式） |
閘門
| 閘門 | 位置 | 驗證內容 |
|---|---|---|
| 閘門 1 | plan-step | 映射卡 ↔ 開放來源（人工，嚴格模式） |
| 閘門 2 | render-step | 渲染結果 ↔ 映射卡（固定探測） |
| 閘門 3 | finalize-step | 標籤 ↔ 最終像素圖 |
此工作流程中沒有其他產物是真理閘門。其他所有東西都是文件、衛生規範或可執行的基礎。
必要的不變規則
- 來源對操作、身份和狀態具有權威性。
- 不得為了構圖而虛構任何操作或科學實體。
- 重複出現的實體：每個專案使用一個規範描述符；身份標記必須穩定，除非有明確的轉換理由證明漂移合理。
- 不確定的屬性保持泛型或 OPEN 狀態；絕不能無聲地自行解決。
- 風格手冊 / 參考圖像 ≠ 科學證據。
- 拓撲結構來自已驗證的映射卡。
- 標籤與最終像素圖必須一致。
- API 成功 ≠ 視覺或科學上的接受。
- 跳過來源檢查將產生
DRAFT/UNVERIFIED狀態，絕不能產生已驗證的聲明。
儲存庫佈局
SKILL.md 本手冊（化合物）
composites/ 分子
capabilities/ 原子
schemas/ 材料 bible / 映射卡 / 渲染中繼資料 / 探測的 JSON Schema
adapters/ 渲染器特定合約（dashscope.md）
scripts/ 通用渲染器（generate_image.py）
examples/ 已完成的產物範例（hydrogel_patent/）
.env.example 金鑰範本；複製到本機 .env
延伸
- 新增單一用途操作 → 新增一個
capabilities/*.md，保持機械化，如果需要與某個模式或腳本互動，就給它一個模式或腳本。 - 新增有範圍的任務 → 新增一個
composites/*.md，鏈結現有的原子；優先重複使用原子而非新增。 - 新增頂層工作 → 在此手冊（或一個新手冊）中組合分子。
- 一個呼叫另一個原子的能力，本質上就是一個分子；不要加深原子層級。