生物工艺流程示意图——复合指南
生成准确的独立示意图，用于生物、生物材料、组织工程和实验室流程步骤。
信任边界： 只有经过来源验证的映射卡才能引入科学声明。渲染检查仅验证像素是否符合映射卡的要求；它不能升级或创建来源声明。样式和参考图像永远不能决定科学性。
结构：原子 → 分子 → 本指南
本技能是一个复合体（指南）。它本身不包含具体流程——它编排分子（复合体），而分子显式地串联原子（能力集合）。
复合体（本指南）：选择模式，运行分子，保持判断
└─ composites/：限定的工作流，明确的原子顺序（每个 2-6 个原子）
└─ capabilities/：单一用途的基元，近乎确定性
深度被有意限制在两级：分子直接调用原子，原子从不调用其他原子，本指南从不触及分子以下的层级。更深的图结构会导致代理可靠性崩溃。
- 原子（
capabilities/）：一个目标，一个工件，机械执行。不涉及编排的判断。 - 分子（
composites/）：一个限定范围的任务，包含明确的“先调用原子 X，再调用原子 Y”的指令。最大限度减少运行时决策。 - 本指南：模式选择，排序，升级，以及覆盖一切的不可变规则。
分子映射表
| 分子 | 文件 | 调用的原子链 |
|---|---|---|
| analyze-project | composites/analyze-project.md | extract-source-text → analyze-entities → build-material-bible → extract-style-sheet（如果有参考） |
| plan-step | composites/plan-step.md | write-mapping-card → check-mapping-card → 门控 1 |
| render-step | composites/render-step.md | assemble-prompt → render-image → run-probe（在预算内迭代） |
| finalize-step | composites/finalize-step.md | fit-labels（+ build-evidence-package，按需） |
启动——开始前询问
在任务开始时，通过 question 工具（ask）在一轮内澄清用户设置的选项，然后再接触文件：
- 任务类型——路由工作流（见下表）。
- 任务模式——
quick（探索，保持 DRAFT 状态）或verified（最终交付物）。 - 门控 1 模式——
strict_verified（人工来源检查）或agent_draft（无人工门控）。 - 来源——专利 / 论文 / 协议 / DOCX / PDF / 粘贴文本；路径或文件。
- 参考图像——提供（仅样式）或无。
- 每步迭代预算（默认为 5 次渲染）。
- 交付物——仅 PNG，PNG + 标签，或 PNG + 标签 + 证据包。
- 模型——默认
qwen-image-3.0-pro，或获取目录（capabilities/list-image-models.md，scripts/list_image_models.py）让用户选择；将选择记录在model_choice.json中。
不要猜测用户可以在一次问答中回答的选项。当继续一个已有项目时，复用先前的回答。
编排
任务类型 → 工作流路由
| 任务类型 | 要运行的分子 | 备注 |
|---|---|---|
| 单张新步骤图 | plan-step → render-step（+ verified 模式下加 finalize-step） | 仅当项目物料清单尚不存在时运行 analyze-project |
| 全套图（多步） | analyze-project → 每步：plan-step → render-step → finalize-step | 完整流水线 |
| 修订现有步骤渲染 | 仅 render-step | 复用已验证的映射卡；仅当卡片更改时重新运行门控 1 |
| 重新标记已接受的渲染 | 仅 finalize-step（fit-labels） | 无需重新渲染 |
| 证据/审计包 | 仅 finalize-step（build-evidence-package） | 索引现有工件 |
| 样式探索/草图 | plan-step（agent_draft，最小化）→ render-step | 输出保持 DRAFT/UNVERIFIED 状态 |
模式
quick——探索：最小化映射，agent_draft，无人工门控，无标签，无证据包。输出DRAFT/UNVERIFIED。verified——最终交付物：完整分析，strict_verified 门控 1，标签，门控 3，可选证据包。
每个分子以命名的工件和验证状态结束；永远不要跳过某个分子的必需输出。对于任何 DRAFT/UNVERIFIED 输出：明确声明；永远不要将其呈现为已验证。
必需输入
- 科学来源（专利 / 论文 / 协议 / DOCX / PDF 文本或用户描述）——操作、身份和状态的权威依据。
- 可选的参考图像（仅样式）。
- 任务模式和门控 1 模式。
必需输出
对于每个生成的步骤，工作流必须生成：
| 文件 | 分子 | 内容 |
|---|---|---|
project_material_bible.yaml | analyze-project | 阶段 0 分析（每个项目一次） |
stepN_mapping.yaml | plan-step | 映射卡 + 验证状态 |
stepN_prompt.txt | render-step | 最终提示词（逐字） |
stepN_vXX.png + .json | render-step | 每个版本一个候选 + 元数据 |
stepN_probe.yaml | render-step | 门控 2 探针结果 |
stepN_labeled.png | finalize-step | 门控 3 之后（verified 模式） |
门控
| 门控 | 位置 | 验证内容 |
|---|---|---|
| 门控 1 | plan-step | 映射卡 ↔ 开源资料（人工，严格模式） |
| 门控 2 | render-step | 渲染 ↔ 映射卡（固定探针） |
| 门控 3 | finalize-step | 标签 ↔ 输出像素 |
此工作流中没有其他工件是真理门控。其他所有内容都是文档、规范或可执行底层。
必需的不变规则
- 来源对操作、身份、状态具有权威性。
- 不得为构图而发明任何操作或科学实体。
- 重复实体：每个项目使用一个规范描述符；身份令牌必须稳定，除非有明确的转换理由。
- 不确定的属性保持通用或 OPEN；永远不要无声地解析。
- 样式指南 / 参考图像 ≠ 科学证据。
- 拓扑结构来自经过验证的映射卡。
- 标签和输出像素必须一致。
- API 成功 ≠ 视觉或科学可接受性。
- 跳过的来源检查产生
DRAFT/UNVERIFIED，绝不产生已验证的声明。
仓库布局
SKILL.md 本指南（复合体）
composites/ 分子
capabilities/ 原子
schemas/ 物料清单 / 映射卡 / 渲染元数据 / 探针的 JSON Schema
adapters/ 渲染器特定合约（dashscope.md）
scripts/ 通用渲染器（generate_image.py）
examples/ 加工过的工件（hydrogel_patent/）
.env.example 密钥模板；复制为 .env 到本地
扩展
- 新的单一用途操作 → 添加
capabilities/*.md，保持机械性，如果涉及一个模式或脚本，则提供一个。 - 新的限定范围任务 → 添加
composites/*.md，串联现有原子；优先复用原子而非创建新原子。 - 新的顶级任务 → 在本指南（或新指南）中组合分子。
- 一个调用另一个原子的能力本质上就是分子；不要加深原子层。