PubMed 数据库
当任务需要来自PubMed的生物医学文献而非通用网络搜索时，请使用此技能。
何时使用
- 搜索MEDLINE或生命科学文献。
- 使用MeSH术语、字段标签、日期或文章类型构建PubMed查询。
- 查找PMID、摘要、出版物元数据或相关引文。
- 运行需要可重复搜索字符串的系统综述搜索轮次。
- 直接通过Python、Shell或其他HTTP客户端使用NCBI E-utilities。
查询构建
从研究问题开始，将其拆分为概念，然后使用布尔运算符组合概念。
concept_1 AND concept_2 AND filter
synonym_a OR synonym_b
NOT exclusion_term
有用的PubMed字段标签：
[ti]：标题[ab]：摘要[tiab]：标题或摘要[au]：作者[ta]：期刊标题缩写[mh]：MeSH术语[majr]：主要MeSH主题[pt]：出版物类型[dp]：发布日期[la]：语言
示例：
diabetes mellitus[mh] AND treatment[tiab] AND systematic review[pt] AND 2023:2026[dp]
(metformin[nm] OR insulin[nm]) AND diabetes mellitus, type 2[mh] AND randomized controlled trial[pt]
smith ja[au] AND cancer[tiab] AND 2026[dp] AND english[la]
MeSH和副标题
当概念具有稳定的受控词汇术语时，优先使用MeSH。当主题较新或术语多样时，将MeSH与标题/摘要术语结合使用。
正确的副标题语法是将副标题放在字段标签之前：
diabetes mellitus, type 2/drug therapy[mh]
cardiovascular diseases/prevention & control[mh]
仅当主题必须是论文核心内容时使用[majr]。它可以提高精确度，但可能遗漏相关文献。
筛选条件
出版物类型：
clinical trial[pt]meta-analysis[pt]randomized controlled trial[pt]review[pt]systematic review[pt]guideline[pt]
日期筛选：
2026[dp]
2020:2026[dp]
2026/03/15[dp]
可用性筛选：
free full text[sb]
hasabstract[text]
E-utilities工作流
NCBI E-utilities支持可重复的API工作流：
esearch.fcgi：搜索并返回PMID。esummary.fcgi：返回轻量级文章元数据。efetch.fcgi：以XML、MEDLINE或文本格式获取摘要或完整记录。elink.fcgi：查找相关文章和链接资源。
在生产脚本中使用电子邮件和API密钥。将API密钥存储在环境变量中，切勿放在提交的文件或命令历史中。
import os
import time
import requests
BASE = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils"
def esearch(query: str, retmax: int = 20) -> list[str]:
params = {
"db": "pubmed",
"term": query,
"retmode": "json",
"retmax": retmax,
"tool": "ecc-pubmed-search",
"email": os.environ.get("NCBI_EMAIL", ""),
}
api_key = os.environ.get("NCBI_API_KEY")
if api_key:
params["api_key"] = api_key
response = requests.get(f"{BASE}/esearch.fcgi", params=params, timeout=30)
response.raise_for_status()
time.sleep(0.35)
return response.json()["esearchresult"]["idlist"]
pmids = esearch("hypertension[mh] AND randomized controlled trial[pt] AND 2024:2026[dp]")
print(pmids)
对于批处理，优先使用NCBI历史服务器参数（usehistory=y、WebEnv、query_key），而不是通过URL传递非常长的PMID列表。
输出规范
对于每个搜索轮次，记录：
- 确切的搜索字符串
- 搜索的数据库
- 搜索日期
- 使用的筛选条件
- 结果数量
- 导出格式
- 任何手动排除项
示例：
| 数据库 | 搜索日期 | 查询 | 筛选条件 | 结果数 |
| --- | --- | --- | --- | ---: |
| PubMed | 2026-05-11 | `sickle cell disease[mh] AND CRISPR[tiab]` | 2020:2026[dp], English | 42 |
审查清单
- 字段标签是否为有效的PubMed标签？
- 对于较新的主题，MeSH术语是否与自由文本同义词配对？
- 日期范围是否明确且适当？
- 搜索日志是否包含足够的细节以便重复查询？
- API密钥是否从环境变量加载？
- HTTP代码是否调用了
raise_for_status()或以其他方式处理了非200响应后再解析？ - 是否遵守了速率限制？