PubMed Database
このスキルは、タスクに一般ウェブ検索ではなく、PubMedからの生医学文献が必要な場合に使用します。
使用するタイミング
- MEDLINEや生命科学文献の検索。
- MeSH用語、フィールドタグ、日付、記事タイプを使用したPubMedクエリの構築。
- PMID、アブストラクト、出版メタデータ、関連引用の参照。
- 再現可能な検索文字列が必要な系統的レビューの検索パスの実行。
- Python、シェル、または他のHTTPクライアントから直接NCBI E-utilitiesを使用する場合。
クエリの構築
研究課題から始め、それを概念に分割し、ブール演算子で結合します。
concept_1 AND concept_2 AND filter
synonym_a OR synonym_b
NOT exclusion_term
有用なPubMedフィールドタグ:
[ti]: タイトル[ab]: アブストラクト[tiab]: タイトルまたはアブストラクト[au]: 著者[ta]: ジャーナルタイトル略称[mh]: MeSH用語[majr]: 主要MeSHトピック[pt]: 出版タイプ[dp]: 出版日[la]: 言語
例:
diabetes mellitus[mh] AND treatment[tiab] AND systematic review[pt] AND 2023:2026[dp]
(metformin[nm] OR insulin[nm]) AND diabetes mellitus, type 2[mh] AND randomized controlled trial[pt]
smith ja[au] AND cancer[tiab] AND 2026[dp] AND english[la]
MeSHとサブヘディング
概念に安定した統制語彙がある場合は、MeSHを優先します。トピックが新しい場合や用語が多様な場合は、MeSHをタイトル/アブストラクト用語と組み合わせます。
正しいサブヘディング構文は、サブヘディングをフィールドタグの前に置きます:
diabetes mellitus, type 2/drug therapy[mh]
cardiovascular diseases/prevention & control[mh]
トピックが論文の中心である場合のみ [majr] を使用します。精度は向上しますが、関連する研究を見逃す可能性があります。
フィルター
出版タイプ:
clinical trial[pt]meta-analysis[pt]randomized controlled trial[pt]review[pt]systematic review[pt]guideline[pt]
日付フィルター:
2026[dp]
2020:2026[dp]
2026/03/15[dp]
利用可能性フィルター:
free full text[sb]
hasabstract[text]
E-utilities ワークフロー
NCBI E-utilitiesは再現可能なAPIワークフローをサポートします:
esearch.fcgi: 検索してPMIDを返す。esummary.fcgi: 軽量な記事メタデータを返す。efetch.fcgi: XML、MEDLINE、またはテキスト形式でアブストラクトまたは完全なレコードを取得。elink.fcgi: 関連記事とリンクされたリソースを見つける。
本番スクリプトでは、メールアドレスとAPIキーを使用します。APIキーは環境変数に保存し、コミットされたファイルやコマンド履歴には決して保存しないでください。
import os
import time
import requests
BASE = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils"
def esearch(query: str, retmax: int = 20) -> list[str]:
params = {
"db": "pubmed",
"term": query,
"retmode": "json",
"retmax": retmax,
"tool": "ecc-pubmed-search",
"email": os.environ.get("NCBI_EMAIL", ""),
}
api_key = os.environ.get("NCBI_API_KEY")
if api_key:
params["api_key"] = api_key
response = requests.get(f"{BASE}/esearch.fcgi", params=params, timeout=30)
response.raise_for_status()
time.sleep(0.35)
return response.json()["esearchresult"]["idlist"]
pmids = esearch("hypertension[mh] AND randomized controlled trial[pt] AND 2024:2026[dp]")
print(pmids)
バッチ処理では、非常に長いPMIDリストをURL経由で渡す代わりに、NCBIヒストリーサーバーのパラメータ（usehistory=y、WebEnv、query_key）を優先します。
出力の規律
各検索パスについて、以下を記録します:
- 正確な検索文字列
- 検索したデータベース
- 検索日
- 使用したフィルター
- 結果数
- エクスポート形式
- 手動で除外したもの
例:
| Database | Date searched | Query | Filters | Results |
| --- | --- | --- | --- | ---: |
| PubMed | 2026-05-11 | `sickle cell disease[mh] AND CRISPR[tiab]` | 2020:2026[dp], English | 42 |
レビューチェックリスト
- フィールドタグは有効なPubMedタグですか？
- MeSH用語は新しいトピック向けにフリーテキストの同義語とペアになっていますか？
- 日付範囲は明示的で適切ですか？
- 検索ログにはクエリを再現するのに十分な詳細が含まれていますか？
- APIキーは環境から読み込まれていますか？
- HTTPコードはパース前に
raise_for_status()を呼び出し、または非200応答を適切に処理していますか？ - レート制限は尊重されていますか？