zja2004/snv-judge-skill

Skill de agente autossuficiente que empacota o ensemble de patogenicidade de variantes missense SNV-judge v5 (XGBoost+LightGBM+Isotonic, AUROC 0,9679). Inclui o modelo treinado, expõe uma SKILL.md (Claude Code) e definição de subagente opencode e oferece suporte a qualquer LLM compatível com OpenAI (DeepSeek/Moonshot/Qwen/OpenAI) para geração de relatórios clínicos ACMG.

O que é snv-judge-skill?

Este skill de agente autossuficiente empacota o pipeline completo do SNV-judge v5 para classificação de patogenicidade de variantes missense. Ele combina um ensemble de modelos XGBoost, LightGBM e regressão isotônica, alcançando uma AUROC impressionante de 0,9679. O skill integra-se perfeitamente com agentes como Claude Code e opencode, permitindo que desenvolvedores e pesquisadores realizem predições de patogenicidade diretamente de seus terminais ou fluxos de trabalho de IA. Além disso, ele suporta qualquer LLM compatível com a API OpenAI (incluindo DeepSeek, Moonshot, Qwen e os próprios modelos da OpenAI) para gerar automaticamente relatórios clínicos no padrão ACMG, traduzindo as saídas do modelo em evidências e recomendações acionáveis. Para usar o skill, os usuários executam comandos específicos com um arquivo CSV de variantes, e o agente retorna as previsões corrigidas por calibração isotônica, juntamente com um relatório clínico formatado. Essa abordagem elimina a necessidade de configurar ambientes de aprendizado de máquina complexos, disponibilizando um classificador de ponta para um público mais amplo de bioinformática e medicina genômica.

Funciona com✓Claude Code✓Codex CLI~Cursor✓OpenCode
npx skills add zja2004/snv-judge-skill

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Documentação

O que snv-judge-skill faz?

Skill de agente autossuficiente que empacota o ensemble de patogenicidade de variantes missense SNV-judge v5 (XGBoost+LightGBM+Isotonic, AUROC 0,9679). Inclui o modelo treinado, expõe uma SKILL.md (Claude Code) e definição de subagente opencode e oferece suporte a qualquer LLM compatível com OpenAI (DeepSeek/Moonshot/Qwen/OpenAI) para geração de relatórios clínicos ACMG.

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