CF Evidence Loop

O que CF Evidence Loop faz?

Uma pesquisadora não começa com uma resposta. Ela percorre um conjunto fixo de perguntas contra o registro público: o que foi publicado, se algo foi retratado, o que está em ensaios, o que é aprovado e para quem, quantas pessoas isso afeta, o que o campo recomenda e o que o campo está dizendo a si mesmo em subsídios e preprints. Esta skill dá a um agente esse ciclo como uma linha de comando, com uma regra: nada retorna sem sua fonte, sua data e o que não estabelece.

Pesquisa, não aconselhamento médico. Os registros que esta ferramenta retorna descrevem documentos públicos. Eles não interpretam nada para uma pessoa, e o texto de indicação de uma bula não é elegibilidade individual.

1. O que esta skill faz

Pergunta	Comando	Fonte
O que foi publicado sobre isso?	pubmed "<termo>" [--sort pub_date]	PubMed via NCBI E-utilities
O que as revisões sistemáticas e Cochrane dizem?	reviews "<termo>"	Subconjunto de revisão sistemática do PubMed mais o periódico Cochrane
Pesquise com metadados de acesso aberto e citações	epmc '<consulta Europe PMC>'	Europe PMC
Com que frequência este DOI é citado e é de acesso aberto?	cited <DOI>	Europe PMC
Este artigo foi retratado ou corrigido?	retractions <DOI> [<DOI> ...]	Crossref, dados do Retraction Watch
O que é este DOI?	doi <DOI>	Crossref
Quando o FDA aprovou este medicamento pela primeira vez?	approval <MARCA>	openFDA Drugs@FDA
O que diz a bula americana atual?	label <MARCA> [--sections ...]	openFDA label
Quando a EMA autorizou este medicamento na UE?	ema <MEDICAMENTO> [--file PATH]	Agência Europeia de Medicamentos (relatório JSON baixado offline)
Quais ensaios listam esta condição?	trials "<condição>" [--term X] [--status RECRUITING]	ClinicalTrials.gov v2
O que o registro contém para este ensaio?	trial <NCTId>	ClinicalTrials.gov v2
O que é este preprint?	`preprint <biorxiv	medrxiv> `
Quais preprints de FC apareceram em um período?	preprints <servidor> <AAAA-MM-DD> <AAAA-MM-DD> [--pattern]	bioRxiv / medRxiv
Como esta variante é classificada?	variants "<consulta ClinVar>"	ClinVar via NCBI E-utilities
Quem o NIH financia neste tópico?	grants "<texto>" [--fy 2025]	NIH RePORTER
Quem o UKRI financia neste tópico?	ukri "<consulta>" [--limit 25]	UKRI Gateway to Research (alias: gtr)
Qual é o denominador populacional para uma região?	population <entidade> [--variable Count_Person] [--year AAAA]	Google Data Commons
Anotar variante com CADD, ClinVar, SnpEff, frequência gnomAD	myvariant "<consulta variante>" [--limit 5]	MyVariant.info
Consultar frequências alélicas agregadas do gnomAD (recusado por design)	gnomad <crom-pos-ref-alt>	gnomAD (acesso manual apenas; sempre recusado pela política do catálogo)
O que o OpenAlex contém para este trabalho (citações, retratação, OA)?	`openalex <DOI	ID>`
Pesquisar trabalhos no OpenAlex	openalex-search "<consulta>" [--limit 10]	OpenAlex via OurResearch (chave necessária)
Quais locais de acesso aberto e metadados de licença o Unpaywall indexa?	unpaywall <DOI>	Unpaywall via OurResearch
Qual grafo de citações e metadados de artigos o Semantic Scholar contém?	s2 <DOI>	Semantic Scholar via Ai2 (alias: semantic-scholar)
Resolver trilha completa de artigo (Crossref, Unpaywall OA, citações Semantic Scholar)	paper-trail <DOI>	Crossref, Unpaywall, Semantic Scholar (alias: paper)
Quais metadados de composto, fase clínica e códigos ATC o ChEMBL contém?	`chembl <CHEMBL_ID	nome> [--limit 5]`
Quais ensaios de bioatividade quantitativa (EC50, IC50, Ki, Kd) o ChEMBL contém?	`chembl-activity <CHEMBL_ID	nome> [--target CHEMBL4051]`
Quais tratabilidade de alvo, passivos de segurança, escores de doença ou estatísticas FAERS o Open Targets contém?	`opentargets <ID	consulta> [--limit 5]`
Quais contagens de citações de apoio, contraste e menção o Scite contém para este DOI?	scite <DOI> [--rest]	Scite Pro MCP (scite-mcp) ou REST público com cota zero (--rest, scite-api)
Rastrear até 500 DOIs por solicitação para contagens de Citação Inteligente, retratações e detalhamento de seção com custo de cota zero	scite-batch <DOI...> [--papers] [--sections]	REST público do Scite (POST /tallies, POST /papers, POST /tallies/cited-by-sections; custo de cota zero)
Como as citações a este DOI estão distribuídas nas seções de Introdução, Métodos, Resultados e Discussão?	scite-sections <DOI>	REST público do Scite (GET /tallies/cited-by-sections/{doi} + /tallies/{doi}; custo de cota zero)
Ler trechos textuais completos e trechos de Citação Inteligente dentro de um artigo específico	scite-excerpts <DOI> "<consulta>" [--limit 5]	Scite Pro MCP Modo C (scite-mcp, em quarentena em <untrusted_data>)
Quais artigos relacionados o Scite recomenda a partir de um DOI semente?	scite-recommend <DOI> [--limit 5]	REST de Parceiro Scite (GET /api_partner/recommend-papers/{doi}, protegido por 650/mês REST shield)
Pesquisar literatura com contagens de Citação Inteligente do Scite	scite-search "<consulta>" [--limit 5]	Scite Pro MCP (scite-mcp, OAuth/chave necessária)
Resolver um PMID para um DOI com custo de cota zero	scite-pmid <PMID>	REST público do Scite (GET /papers/resolve-pmid/{pmid}, custo de cota zero)
Agregar contagens de Citação Inteligente em até 100 DOIs com custo de cota zero	scite-aggregate <DOI...>	REST público do Scite (POST /tallies/aggregate, custo de cota zero)
Listar publicações citantes e contagens de citações retratadas para um DOI alvo com custo de cota zero	scite-sources <DOI> [--limit 5]	REST público do Scite (GET /papers/sources/{target_doi}, custo de cota zero)
Explorar rede de citações de 1 salto com classificação de intenção e trechos em quarentena	scite-graph <DOI> [--direction both] [--limit 5]	Scite Pro MCP (citation_graph, em quarentena em <untrusted_data>)
Ler corpo de texto completo paginado por DOI ou PMID	`scite-fulltext <DOI	PMID> [--offset 0] [--length 8000]`
Pesquisar conjuntos de dados de Evidências do Scite (UK MHRA, Patentes, 510(k), MAUDE, FAERS, Subsídios, Medicamentos, Ensaios)	scite-evidence <conjunto> "<consulta>" [--filter F] [--page 1]	Scite Pro MCP (search_mhra, search_patents, search_510k_summaries, etc., em quarentena em <untrusted_data>)
Normalizar coordenadas de variantes HGVS ou SPDI	`ncbi-variation <HGVS	SPDI>`
Consultar sequência de proteína, limites de domínio e variantes naturais do UniProtKB	`uniprot <ACESSO	consulta> [--limit 5]`
Consultar coordenadas genômicas, transcritos canônicos ou consequências de rsID do Ensembl	`ensembl <rsID	ENSG
Pesquisar Rótulos de Produtos Estruturados (SPL) do NLM DailyMed por nome de medicamento	dailymed <MEDICAMENTO> [--limit 5]	Serviços web RESTful v2 do DailyMed (dailymed-web-services)
Ler termos ou página legal antes da entrada no catálogo	read-page <HTTPS_URL> [--out FILE] [--max-chars N]	Leitura iniciada por humano de páginas de termos/políticas ou PDFs sob regras de conduta de laboratório
Consultar deterministicamente contexto de éxon do CFTR RefSeq NM_000492.4 e domínio do UniProt P13569	`cftr-context <variante	códon>`
Consultar deterministicamente marca, API, código molecular, NDA e contexto de segurança de alerta de caixa do CFTR modulator	`cftr-modulator <marca	código
Consultar deterministicamente metadados de estrutura de coordenadas Cryo-EM do CFTR	cftr-structure <pdb_id> [--list]	Contexto determinístico de resolução estrutural, ligantes, conformação e referência do CFTR Cryo-EM sem rede (alias: cftr-pdb)
O que esta ferramenta pode alcançar?	sources	o catálogo
O que várias fontes dizem sobre um medicamento, variante ou ensaio?	brief drug <MARCA>, brief variant "<consulta ClinVar>", brief trial <NCTId>	as fontes acima, verificadas de forma cruzada (ver Briefs)
Cada DOI, PMID e id de ensaio nesta nota existe?	cite-check <FILE> [--max-ids 30] [--scite-bulk]	Crossref, PubMed, ClinicalTrials.gov, mais pré-verificação em massa opcional do Scite com cota zero (ver Cite-check)

O que o código do cliente se recusa a fazer: alcançar qualquer host não permitido em catalog.yaml (um redirecionamento nunca é seguido em consultas de dados de API); apresentar-se como navegador; pular verificações de certificado; repetir após uma recusa. Para leitura de termos pré-catálogo, read-page impõe a conduta de rede estrita do laboratório: apenas HTTPS, robots.txt primeiro via robots_allows, Crawl-delay respeitado, robots recusado/ilegível aborta a busca, redirecionamentos HTTPS de mesmo site verificados novamente contra robots, verificação de certificado ativada, limite de corpo de 5 MB, solicitação única. Não precisa de entrada no catálogo porque existe especificamente para uma leitura iniciada por humano de páginas de termos antes de uma entrada no catálogo existir, não para extração de dados. O pacote também nunca chama um modelo de linguagem e consulta nenhuma fonte que contenha dados de nível individual.

2. Execute

pip install -r scripts/requirements.txt
python scripts/evidence_cli.py retractions 10.1038/ng.2745
python scripts/evidence_cli.py approval TRIKAFTA
python scripts/evidence_cli.py variants "CFTR[gene] AND F508del" --limit 5
python scripts/evidence_cli.py population country/USA
python scripts/evidence_cli.py cftr-context "F508del"
python scripts/evidence_cli.py cftr-context "621+1G->T" --json
python scripts/evidence_cli.py cftr-context "711+1G->T"
python scripts/evidence_cli.py cftr-modulator "Trikafta"
python scripts/evidence_cli.py cftr-modulator "VX-121" --json
python scripts/evidence_cli.py cftr-structure "8EIQ"
python scripts/evidence_cli.py cftr-structure "8EIZ"
python scripts/evidence_cli.py cftr-structure "7SV7"
python scripts/evidence_cli.py cftr-structure "7SVR"
python scripts/evidence_cli.py cftr-structure "6O2P"
python scripts/evidence_cli.py cftr-pdb --list

Flags em cada comando: --json para um objeto JSON por registro, --ledger PATH para anexar registros a um ledger de evidências JSONL. Código de saída 0 quando cada registro é found ou not_found; 3 quando qualquer um é blocked, rate_limited ou error.

Briefs

Um brief faz uma pergunta a várias fontes através do mesmo cliente, então a porta do catálogo, ritmo, orçamento e disjuntor de circuito ainda se aplicam. Ele imprime cada registro que cada fonte retornou, o status de cada fonte, os campos que comparou e um pequeno bloco de verificações cruzadas.

Receita	Executa	Verificações cruzadas
brief drug TRIKAFTA	approval, label, trials por termo (5), pubmed para a marca (5)	status de cada fonte; que o ano da data efetiva da bula não é anterior ao ano da primeira aprovação do Drugs@FDA; varredura de literatura e retratação do OpenAlex; limite de segurança do modulator CFTR (AH-4) e verificação cruzada primária do PDB
brief variant "CFTR[gene] AND F508del"	variants, pubmed para o mesmo termo (5)	status de cada fonte; quantos registros ClinVar corresponderam, com classificação e status de revisão para cada um
brief trial NCT05033080	trial, pubmed para o id NCT (5)	status de cada fonte; o id do registro no repositório; quais artigos retornados nomeiam o ensaio em seu título

Como ler as verificações cruzadas:

• PASS: os valores concordam, ou a fonte respondeu. Não é uma descoberta sobre o medicamento, variante ou ensaio.
• CHECK: uma pessoa deve olhar. Uma fonte não respondeu; vários registros ClinVar corresponderam (todos são listados, nenhum é escolhido); ou a data efetiva da bula é anterior à primeira aprovação do medicamento, o que não pode estar correto, então um dos dois registros é inconsistente. A data efetiva de uma bula é sua revisão mais recente, então um ano de bula igual ou posterior ao ano de aprovação é esperado e é PASS.
• NOT STATED: uma fonte não forneceu o valor, então nada foi comparado. Registros PubMed não carregam resumo ou texto completo, então um artigo que não nomeia o ensaio em seu título é NOT STATED, não "não o menciona".

O que um brief não faz: não adiciona fato próprio. Cada valor que imprime é copiado de um campo de registro ou é uma contagem rotulada ou lacuna de ano, e um valor ausente imprime como not stated. Uma fonte bloqueada, com limite de taxa ou com falha não para as outras fontes; ela é listada com seu status e o código de saída é 3. Com --json, os registros vêm primeiro e um último objeto, {"brief": ...}, contém as fontes, campos, verificações cruzadas e rodapé; --ledger armazena apenas os registros. Cada brief termina com: Pesquisa, não aconselhamento médico. Um brief lista documentos públicos; não interpreta nada para uma pessoa.

Cite-check

Cada citação passa pelo registro de evidência, e uma que não pode ser resolvida é deletada ou corrigida a partir de uma fonte, nunca reparada de memória. cite-check FILE aplica isso a uma nota inteira. Ele encontra cada DOI, cada id PubMed escrito como PMID 123, PMID: 123 ou uma URL pubmed/123, e cada id NCT, remove duplicatas (mantendo a linha da primeira ocorrência), e consulta cada um com o código de consulta única: doi para um DOI, uma pesquisa PubMed no campo [pmid] para um PMID (duas solicitações), trial para um id NCT. O cliente usual se aplica: porta do catálogo, ritmo, orçamento, disjuntor de circuito, contabilidade.

Linha	Significado
PASS	A fonte retornou um registro; seu título e ano ou datas são impressos, not stated onde ausente
NOT FOUND	A fonte respondeu que não existe tal id. Delete-o ou corrija-o a partir de uma fonte; nunca adivinhe
UNRESOLVED	A consulta foi bloqueada, teve limite de taxa ou falhou. Não resolvido não é o mesmo que inexistente
TITLE PASS / TITLE CHECK	Uma frase citada ou enfatizada de quatro ou mais palavras na mesma linha compartilha pelo menos 0,6 (ou menos) das palavras do lado mais curto com o título do registro, ignorando maiúsculas/minúsculas e pontuação.