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199-biotechnologies/autoresearch-cli

CLI autônomo de loop de experimentos com IA — execute pesquisas durante a noite com qualquer agente de codificação.

O que é autoresearch-cli?

O `autoresearch-cli` é uma ferramenta de linha de comando que automatiza o ciclo de experimentação científica com IA, permitindo que pesquisas sejam executadas de forma autônoma durante a noite ou em períodos prolongados sem supervisão humana. Ele se integra com qualquer agente de codificação existente, como Claude Code, Cursor, Codex ou outros, criando um loop contínuo de hipótese, experimento, análise e refinamento. A principal utilidade é acelerar descobertas em biotecnologia e áreas correlatas, onde a repetição de experimentos computacionais é crucial. A ferramenta gerencia o estado do experimento, coleta resultados e reinicia o agente com novas instruções baseadas nos resultados anteriores, tudo de forma autônoma. Suporta sistemas Unix/Linux e macOS, e pode ser configurado via arquivos de configuração ou variáveis de ambiente.

Funciona com~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add 199-biotechnologies/autoresearch-cli

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Documentação

O que autoresearch-cli faz?

CLI autônomo de loop de experimentos com IA — execute pesquisas durante a noite com qualquer agente de codificação.

Visão geral

O autoresearch-cli permite que você configure um ciclo autônomo de experimentação científica, onde um agente de IA (como Claude Code, Cursor, Codex, etc.) gera hipóteses, executa experimentos, analisa resultados e refina a abordagem, tudo sem intervenção humana. Isso é ideal para pesquisas em biotecnologia, descoberta de medicamentos, otimização de processos e outras áreas que exigem iterações rápidas.

Como funciona

  1. Você define um objetivo de pesquisa e um ambiente de experimento.
  2. O autoresearch-cli inicia um loop que:
    • Solicita que o agente de IA proponha um experimento.
    • Executa o experimento (por exemplo, scripts Python, simulações, análises de dados).
    • Coleta os resultados e alimenta o agente para a próxima iteração.
  3. O loop continua até que um critério de parada seja atingido (por exemplo, número máximo de iterações, tempo limite, ou convergência).

Instalação

pip install autoresearch-cli

Uso básico

autoresearch --goal "Encontrar o melhor inibidor para a enzima X" --iterations 100

Configuração

O comportamento pode ser configurado via arquivo config.yaml ou variáveis de ambiente:

  • AUTORESEARCH_AGENT: comando para iniciar o agente de IA (padrão: claude)
  • AUTORESEARCH_WORKING_DIR: diretório de trabalho para experimentos (padrão: ./experiments)
  • AUTORESEARCH_MAX_ITERATIONS: número máximo de iterações (padrão: 10)

Exemplo de config.yaml:

agent: claude
working_dir: ./meus_experimentos
max_iterations: 50
goal: "Otimizar a expressão da proteína Y"

Plataformas suportadas

  • Linux
  • macOS
  • Windows (via WSL)

Requisitos

  • Python 3.8 ou superior
  • Um agente de IA compatível (Claude Code, Cursor, Codex, etc.)
  • Acesso à linha de comando

Exemplo de saída

Iteração 1: Hipótese gerada -> Testar concentração 10µM
Resultado: Inibição de 45%
Iteração 2: Hipótese refinada -> Testar concentração 20µM
Resultado: Inibição de 72%
...
Convergência alcançada na iteração 15.
Melhor resultado: Inibição de 95% com concentração 50µM.

Contribuindo

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Licença

Este projeto está licenciado sob a licença MIT.

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