postgwas-skills은(는) 무엇을 하나요?
포스트-GWAS 분석 기술: MR, 공동국소화(colocalization), TWAS 등
개요
이 프로젝트는 AI 코딩 에이전트가 게놈-전체 연관 분석(GWAS) 후속 분석을 수행할 수 있는 기능을 제공합니다. 주로 멘델리안 무작위화(MR), 공동국소화 분석, 전사체-전체 연관 분석(TWAS) 등을 포함한 다양한 방법을 활용합니다.
주요 기술
- 멘델리안 무작위화(MR): 도구 변수를 사용하여 노출과 결과 간의 인과 관계를 추정합니다.
- 공동국소화 분석: 두 표현형(예: 유전자 발현과 질병) 간의 공유 유전적 변이를 식별합니다.
- TWAS: 유전자 발현과 질병 연관성을 통합하여 인과 유전자를 추론합니다.
지원 플랫폼
- Claude Code
- Cursor
- Codex
- 기타 AI 코딩 에이전트
사용 방법
AI 에이전트에게 자연어로 분석 작업을 요청하세요. 예를 들어:
"이 GWAS 요약 통계에 대해 MR 분석을 수행해 주세요."
또는:
"지정된 유전자 좌위에 대한 공동국소화 분석을 실행해 주세요."
데이터 포맷
지원되는 데이터 포맷:
- VCF
- PLINK (bed/bim/fam)
- LDSC 요약 통계
- MR-Base 형식
도구 및 라이브러리
- MR-Base (R 패키지
TwoSampleMR) coloc(R 패키지)- S-PrediXcan
- LDSC
구성
~/.genomics/config.yaml 파일을 생성하여 기본 데이터 경로, 참조 패널, 분석 옵션을 설정할 수 있습니다.
라이선스
이 프로젝트는 MIT 라이선스를 따릅니다.