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불확도와 단위

pint와 uncertainties 라이브러리를 사용하여 과학적 계산에서 물리적 단위를 추적하고 측정 불확도를 전파합니다. 단위 변환, 차원 검사, GUM 불확도 예산, Type A 및 Type B 평가, 포함 인자 및 확장 불확도, 몬테카를로 전파, 유효숫자 및 ± 보고, 곡선 맞춤을 통한 오차 전파, CODATA 상수, 단위 제거 또는 불확도 전파 오류에 대한 Python 코드 감사, 그리고 무차원 군(Reynolds, Peclet, Damkohler, Knudsen, Biot, Womersley), 특성 스케일(확산 시간, Debye 길이 등), 관측된 크기 범위를 사용한 크기 차수 타당성 검사를 지원합니다.

불확도와 단위란 무엇인가요?

이 스킬은 물리적 단위와 측정 불확도를 다루는 과학적 계산을 위한 포괄적인 도구 모음입니다. pint와 uncertainties 라이브러리를 기반으로 하여, 단위 변환(파장에서 광자 에너지, 질량에서 물질량 등), 측정 모델을 통한 불확도 전파, GUM(측정 불확도 표현 지침) 불확도 예산 수립, 포함 인자(k) 선택, 그리고 유효숫자에 따른 결과 반올림 및 보고를 지원합니다. 주요 기능으로는 곡선 맞춤에서 상관 관계를 유지하며 불확도를 추출하고, Python 코드를 정적으로 분석하여 단위 제거(UNIT*) 및 불확도 전파 오류(UNC*)를 탐지하며, 무차원 군(Reynolds, Peclet 등)과 특성 스케일을 사용하여 결과의 크기 차수 타당성을 검증하는 스크립트가 포함되어 있습니다. 이 스킬은 Claude Code, Cursor, Codex와 같은 모든 AI 에이전트 플랫폼에서 CLI 도구로 실행 가능하며, 오프라인에서 안전하게 입력을 검증하고 출력을 생성합니다. 사용자는 명시적인 측정 모델 작성, 모든 입력에 대한 추정값, 표준 불확도, 분포, 자유도 제공, 그리고 상관 관계 식별과 같은 비협상적인 워크플로우를 따라야 합니다. 이 스킬은 통계적 추론, 모델 선택, 실험 설계는 다루지 않으며, 오직 계측(metrology)과 관련 라이브러리 구현에 초점을 맞춥니다.

지원 대상~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/uncertainty-and-units

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문서

불확도와 단위은(는) 무엇을 하나요?

범위

이 스킬은 계산이 물리적 단위를 수반하거나 보고된 숫자에 불확도가 필요한 경우에 사용하세요. 구체적으로는:

  • 단위 간 변환(물리적 컨텍스트가 필요한 변환 포함: 파장에서 광자 에너지, 질량에서 물질량, 에너지에서 온도)
  • 상관되거나 상관되지 않은 입력을 포함한 측정 모델을 통한 불확도 전파
  • 교정 증명서, 사양서, 반복성 데이터로부터 GUM 불확도 예산 수립
  • 포함 인자 선택 및 k = 2가 방어 가능한지 결정
  • 독자가 ±의 의미를 알 수 있도록 결과 반올림 및 작성
  • 상관 관계를 버리지 않고 곡선 맞춤에서 매개변수 불확도 추출
  • 묵시적 단위 및 불확도 결함에 대한 기존 분석 코드 검토
  • 차원적으로 일관된 답이 물리적으로도 가능한지 확인 — 크기 차수, 무차원 군, 그리고 그것이 의미하는 영역

이 스킬은 계측(metrology)과 이를 구현하는 두 라이브러리를 다룹니다. 통계적 추론, 모델 선택, 또는 연구 설계는 다루지 않습니다. 해당 내용은 statistical-analysis, statistical-power, experimental-design를 참조하세요.

현재 릴리스 및 설치

2026-07-26 기준 검증됨:

  • pint 0.25.3, 2026-03-19 릴리스; Python 3.11+ 필요
  • uncertainties 3.2.3, 2025-04-21 릴리스; Python 3.8+ 필요
  • NumPy 2.5.1 및 SciPy 1.18.0; 둘 다 Python 3.12+ 필요
  • SciPy 1.18.0의 scipy.constants는 CODATA 2022를 제공합니다. SciPy 1.11 및 이전 버전은 CODATA 2018을 제공했으며, 여러 권장 값이 서로 다릅니다.
uv venv --python 3.13
source .venv/bin/activate
uv pip install "pint==0.25.3" "uncertainties==3.2.3" "numpy==2.5.1" "scipy==1.18.0"

pint-pandas와 pint-xarray는 단위 인식 열과 배열을 추가하며 별도로 설치해야 합니다.

비협상 워크플로우

  1. 입력 시 단위를 첨부하고 출력 시에만 제거하세요. ureg.wraps 또는 m_as("unit")를 사용하여 함수 경계에서 변환하고, 계산 중간에서는 절대 하지 마세요.
  2. 측정 모델을 명시적으로 작성하세요. 추정값이 0인 수정 사항을 포함하여, 계산하기 전에 작성하세요. 모델에서 누락된 수정 사항은 예산에서 그 불확도를 누락시킵니다.
  3. 모든 입력에 네 가지를 제공하세요: 추정값, 표준 불확도, 불확도가 비롯된 분포, 그리고 그 자유도.
  4. 올바른 제수로 Type B 명세문을 변환하세요. 교정 증명서의 확장 불확도는 명시된 k로 나누고, 직사각형 한계는 sqrt(3)으로 나눕니다.
  5. 결합하기 전에 상관 관계를 식별하세요. 동일한 표준으로 교정되었거나, 동일한 기기로 측정되었거나, 동일한 맞춤에서 얻은 입력은 상관 관계가 있습니다.
  6. 감도 계수를 계산하고, 원시 불확도가 아닌 c_i * u(x_i)에서 예산을 읽으세요.
  7. 선형화를 확인하세요. GUM 프레임워크와 함께 몬테카를로를 실행하고 JCGM 101 8절 비교를 적용하세요. 실패 시 몬테카를로 결과를 보고하세요.
  8. 습관이 아닌 유효 자유도로 k를 선택하세요.
  9. 불확도를 먼저 반올림한 다음, 동일한 소수 자리로 값을 반올림하세요.
  10. ±가 무엇인지 명시하세요 — 표준 또는 확장, k, 포함 확률, 그리고 방법을 포함하여.
  11. 보고 전에 크기를 타당성 검사하세요. 차원적으로 일관된 결과라도 여전히 불가능할 수 있습니다. 알려진 스케일 또는 무차원 군과 비교하고, 의존했던 모든 가정이 해당 영역에서 여전히 유효한지 확인하세요.

이 스킬이 예방하고자 하는 오류들

다음 각각은 오류 없이 실행되며 그럴듯한 숫자를 생성합니다.

알 수 없는 스케일로 제거된 단위

length = (12.7 * ureg.mm).magnitude          # 12.7 -- 무엇의?
length = (12.7 * ureg.mm).m_as("m")          # 0.0127 미터, 명시됨

.magnitude는 수량이 가지고 있던 값을 그대로 반환합니다. 추출 지점에서 매번 단위를 명시하세요.

오프셋 온도 산술

Q(20, "degC") + Q(5, "degC")     # OffsetUnitCalculusError -- 올바르게 거부됨
Q(20, "degC") + Q(5, "delta_degC")   # 25 degree_Celsius
Q(25, "degC") - Q(20, "degC")        # 5 delta_degree_Celsius

섭씨와 화씨는 간격 척도입니다. 온도에 대한 불확도는 항상 차이이며 delta_ 단위에 속합니다: 20 ± 0.5 degC를 화씨로 변환하면 68 degF ± 0.9 delta_degF가 되며, 한 줄에 두 가지 다른 변환이 발생합니다.

곱셈으로 더해지는 로그 단위

Q(10, "dBm") + Q(10, "dBm")   # 0.0001 kilogram**2 * meter**4 / second**6

이는 10 mW × 10 mW이며, 20 mW도 아니고 13 dBm도 아닙니다. 아무것도 오류를 발생시키지 않습니다. 산술 연산 전에 선형 단위로 변환하세요.

왕복으로 파괴된 상관 관계

x = ufloat(1.0, 0.1)
x - x                                     # 0.0+/-0
x - ufloat(x.nominal_value, x.std_dev)    # 0.00+/-0.14

공칭 값과 표준 편차로 변수를 재구성하면 독립 변수가 생성됩니다. float 쌍을 통과하는 모든 직렬화도 마찬가지입니다. 상관 집합을 재구성하려면 correlated_values(values, covariance_matrix)를 사용하세요.

묵시적으로 재조정된 공분산 행렬

popt, pcov = curve_fit(f, x, y, sigma=sigma)                        # 기본값
popt, pcov = curve_fit(f, x, y, sigma=sigma, absolute_sigma=True)

기본값은 pcov를 축소된 카이제곱으로 재조정하므로, 매개변수 불확도가 적합도를 흡수하여 sigma를 전혀 전달하지 않았을 때와 일치하게 됩니다. 하나의 합성 직선 맞춤에서 두 경우는 [0.0364, 0.2154]와 [0.0477, 0.2820]을 제공합니다 — 31% 차이입니다. sigma가 실제 표준 불확도를 담을 때마다 absolute_sigma=True를 전달하세요.

확인되지 않은 선형화

x = 1.0 ± 0.5인 y = x²에 대해, GUM 프레임워크는 y = 1.0, u_c = 1.0, 95% 구간 [-0.96, 2.96]을 제공합니다 — 제곱된 양에 대해 대부분 음수입니다. 몬테카를로는 평균 1.25, u_c = 1.06, 최단 95% 구간 [0, 3.32]를 제공합니다. 선형 전파 라이브러리에서는 이런 일이 발생했음을 알려주지 않습니다.

번들된 로컬 CLI

모든 도우미는 오프라인에서 실행되고, URL과 심볼릭 링크를 거부하며, 입력을 제한하고, 비공개 권한으로 원자적으로 출력을 작성하며, --force 없이는 덮어쓰기를 거부합니다.

python skills/uncertainty-and-units/scripts/propagate_uncertainty.py --help
python skills/uncertainty-and-units/scripts/uncertainty_budget.py --help
python skills/uncertainty-and-units/scripts/format_result.py --help
python skills/uncertainty-and-units/scripts/convert_units.py --help
python skills/uncertainty-and-units/scripts/audit_units.py --help
python skills/uncertainty-and-units/scripts/check_plausibility.py --help

propagate_uncertainty.py

동일한 모델에 대해 두 전파 방법을 모두 실행하고 JCGM 101 8절 검증 테스트를 적용합니다.

python skills/uncertainty-and-units/scripts/propagate_uncertainty.py \
  --expression "m / (pi * (d / 2) ** 2 * h)" \
  --variable "m=250.0,0.05" \
  --variable "d=20.0,0.02,rectangular" \
  --variable "h=40.0,0.05,rectangular" \
  --measurand density --unit "g/cm3" --format markdown

각 --variable은 name=value,standard_uncertainty[,distribution[,dof]]이며, 분포는 normal, rectangular, triangular, arcsine, 또는 exact이고 몬테카를로 샘플링만 제어합니다. 상관 관계는 --correlation "a,b=0.9"로 입력합니다. 장기적으로 사용할 모델은 JSON --spec 파일에 저장합니다.

표현식은 추상 구문 트리로 파싱되고 + - * / **와 고정된 함수 목록에 대한 명시적 순회를 통해 축소됩니다. 컴파일되거나 실행되지 않습니다.

보고서는 추정값, u_c, 감도 계수, 백분율 예산, 유효 자유도, k, U, 두 몬테카를로 포함 구간, 그리고 선형화된 결과를 보고해도 되는지에 대한 판정을 제공합니다.

uncertainty_budget.py

교정 증명서와 데이터 시트가 명시하는 방식대로 구성 요소를 결합합니다.

python skills/uncertainty-and-units/scripts/uncertainty_budget.py --template > budget.json
python skills/uncertainty-and-units/scripts/uncertainty_budget.py --spec budget.json --format markdown

각 구성 요소는 제수를 결정하는 distribution을 지정합니다. expanded는 coverage_factor로 나누고, rectangular는 sqrt(3), triangular는 sqrt(6), arcsine은 sqrt(2), normal은 1로 나눕니다. 선택적 sensitivity, dof, relative: true가 있습니다. 도구는 u_c, Welch-Satterthwaite 유효 자유도, t-분포로부터의 k, U를 계산하고, Type A 구성 요소에 자유도가 없을 때, nu_eff가 너무 작아 k = 2가 부적절할 때, 하나의 구성 요소가 지배적일 때, 그리고 normal로 선언된 Type B 구성 요소가 아마도 나누지 않은 확장 불확도일 때 경고합니다.

format_result.py

python skills/uncertainty-and-units/scripts/format_result.py \
  --value 12.34567 --uncertainty 0.02345 --unit mm \
  --coverage-factor 2.26 --coverage-probability 0.95

12.346 ± 0.023 mm, 12.346(23) mm, 과학적 및 LaTeX 형식, 그리고 숫자와 함께 제공되어야 하는 문장을 반환합니다. 1 또는 2로 시작하는 불확도에 대해 유효숫자 하나가 요청될 때, 그리고 불확도가 추정값을 초과할 때 경고합니다.

convert_units.py

python skills/uncertainty-and-units/scripts/convert_units.py \
  --value 532 --unit nm --to eV --context spectroscopy --uncertainty 0.5

python skills/uncertainty-and-units/scripts/convert_units.py \
  --value 1.0 --unit g --to mol --context chemistry --context-parameter "mw=180.156 g/mol"

변환의 국소 도함수를 통해 불확도를 전달합니다. 이는 컨텍스트 변환이 비례적이기보다는 역수적이기 때문에 중요합니다. 변환에 컨텍스트가 필요할 때 오류 메시지에 컨텍스트를 명명하고, 오프셋 및 로그 단위에 플래그를 지정합니다. --list-contexts는 레지스트리가 정의한 컨텍스트를 보여줍니다.

audit_units.py

기존 분석 코드의 정적 검토. 파싱만 하고, 가져오거나 실행하지 않습니다.

python skills/uncertainty-and-units/scripts/audit_units.py \
  --input analysis.py --format markdown --fail-on medium
규칙심각도감지 대상
UNIT001medium한 모듈에 두 번째 UnitRegistry — 레지스트리 간 ValueError
UNIT002mediumdelta_ 단위가 전혀 없는 오프셋 온도 단위
UNIT003high앞에 .to(...) 또는 .m_as(...) 없이 사용된 .magnitude
UNIT004medium로그 단위, +가 곱셈을 수행
UNC001highabsolute_sigma 없이 사용된 curve_fit
UNC002mediumddof 없이 사용된 np.std / np.var
UNC003mediumuncertainties를 사용하는 모듈에서 사용된 math 또는 numpy 함수
UNC004high.nominal_value와 .std_dev로 재구성된 ufloat
CONST001lowCODATA 상수의 0.1% 이내인 리터럴

종료 상태는 발견 항목이 --fail-on(기본값 high)에 해당할 때 1이며, 이는 pre-commit 또는 CI 검사로 사용 가능하게 만듭니다.

규칙은 휴리스틱이므로, 지시 주석으로 오탐지를 억제할 수 있습니다. 뒤따르는 주석은 해당 줄을, 줄 단독은 다음 줄을 커버합니다:

value = quantity.magnitude  # audit-units: ignore UNIT003 -- 이미 업스트림에서 변환됨

# audit-units: ignore UNC003 -- 여기 인수는 일반 float 배열임
scaled = np.log10(counts)

# audit-units: ignore-file CONST001은 전체 모듈을 커버하고, 규칙을 명명하지 않으면 모두 억제합니다. 억제는 숨겨지지 않고 보고서에 집계되므로, 모든 것을 무음 처리하는 파일도 그 사실을 알립니다.

check_plausibility.py

차원적 일관성은 물리적 가능성을 의미하지 않습니다. 2m 너비의 세포와 모세관에서의 4e7 레이놀즈 수는 모두 모든 단위 검사를 통과합니다. 이 도구는 무차원 군, 특성 스케일, 선별된 크기 대역에 대한 수량 집합을 테스트하고, 숫자를 보고하기 전에 각 공식의 차원을 검증합니다.

python skills/uncertainty-and-units/scripts/check_plausibility.py \
  --quantity "density=1060 kg/m**3" --quantity "velocity=0.5 mm/s" \
  --quantity "length=8 um" --quantity "viscosity=3.5 mPa*s" \
  --group reynolds --format markdown
# Re = 0.001211 -- 층류 (원형 파이프, 길이 = 직경)

python skills/uncertainty-and-units/scripts/check_plausibility.py \
  --quantity "diameter=2 m" --band "eukaryotic_cell_diameter=diameter"
# implausible: 5-100 um 범위에서 4.3 자릿수 초과

--group은 14개의 무차원 군 중 하나를 평가하고 시스템이 위치하는 영역을 명명합니다; --scale은 확산 시간, Debye 길이, 또는 Stokes 침강 속도와 같은 특성 스케일을 계산합니다; --band는 제공된 수량을 관측 범위와 비교합니다. --list는 각 공식에 필요한 입력과 함께 전체 카탈로그를 출력합니다.

물리 상수(k_B, N_A, R_gas, g_earth 등)는 제공되지 않아도 모든 공식에서 사용 가능하며, 리터럴로 작성되지 않고 런타임에 scipy.constants에서 읽어오므로 SciPy가 제공하는 CODATA 릴리스를 추적합니다.

차원 검사가 핵심입니다. 공식이 동적 점도를 필요로 하는데 동점도(둘 다 "점도"라고 불리며, 둘 다 물에 대해 표로 작성되며, ρ의 인자만큼 다름)를 전달하면 숫자가 계산되기 전에 거부됩니다:

error: viscosity must have dimensionality [mass] / ([length] * [time]),
       but m²/s is [length] ** 2 / [time]

종료 상태는 판정이 --fail-on(기본값 implausible; 대역의 한 자릿수 내에 있는 값은 questionable)에 해당할 때 1입니다. 임계값은 소프트 엣지를 가진 관례이며, 상관 관계가 맞춰진 형상을 가정합니다. 각 경우에 사용할 특성 길이는 references/plausibility-scales.md를 참조하세요.

전파 방법 선택

상황방법
선형 또는 거의 선형 모델, 정규 분포에 가까운 입력, 큰 자유도GUM 프레임워크만
입력의 ±2u 범위에서 비선형성둘 다 실행, 8절 테스트 적용
입력 중 하나에 대해 약 20% 이상의 상대 불확도둘 다 실행, 8절 테스트 적용
비대칭 분포몬테카를로
알려진 공분산을 가진 상관 입력GUM 프레임워크 (공분산 행렬과 함께)
모델이 분석적으로 미분 불가능몬테카를로
독립적인 구성 요소로부터의 예산, 명세서의 Type Buncertainty_budget.py 사용

외부 참조

  • references/gum-guide-summary.md — JCGM 100:2008 핵심 공식 및 용어
  • references/jcgm-101-summary.md — 몬테카를로 검증 절차 (8절)
  • references/plausibility-scales.md — 각 무차원 군에 대한 특성 길이
  • references/type-a-evaluation.md — 평균, 표준 편차, 자유도

pip install pint, pip install uncertainties를 통해 라이브러리 문서를 로컬에 설치하면 python -m pydoc pint 및 python -m pydoc uncertainties로 읽을 수 있습니다. 온라인 문서는 https://pint.readthedocs.io/ 및 https://uncertainties-python-package.readthedocs.io/에 있습니다.

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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