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SymPy - Python における記号数学

代数、微積分、方程式解法、記号線形代数、lambdify/LaTeX によるコード生成など、Python で正確な記号計算が必要な場合に使用します。浮動小数点近似で十分な場合は NumPy または SciPy を推奨します。

SymPy - Python における記号数学 とは?

SymPy スキルは、Python における記号数学ライブラリ SymPy の包括的なガイドを提供します。このスキルは、代数計算、微積分(微分・積分・極限)、線形代数、方程式解法(代数方程式・常微分方程式)、物理計算、および数論・幾何学・組み合わせ論などの高度な数学トピックをカバーします。さらに、lambdify による数値関数への変換、コード生成(Python/C/Fortran)、LaTeX 出力といったコード生成・整形機能もサポートします。主な活用パターンとして、シンボルの定義、仮定を用いた簡略化、Rational による正確な算術、evalf による数値評価、lambdify による NumPy 配列での高速計算が示されています。このスキルは Claude Code、Cursor、Codex などの AI エージェントで利用可能であり、科学的なワークフロー(NumPy、Matplotlib、SciPy との統合)における SymPy の効果的な使い方を詳細に説明しています。

対応~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/sympy

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ドキュメント

SymPy - Python における記号数学 は何をしますか?

概要

SymPy は記号数学のための Python ライブラリであり、数値近似ではなく数学記号を用いた正確な計算を可能にします。このスキルは、SymPy を使用した記号代数、微積分、線形代数、方程式解法、物理計算、コード生成に関する包括的なガイダンスを提供します。

インストール

SymPy 1.14.0(安定版; 2025年4月)でテスト済み。Python 3.9+ が必要です。

# uv を使って SymPy をインストール
uv pip install "sympy>=1.14"

# オプション: lambdify とプロットの例に必要
uv pip install numpy scipy matplotlib

バージョンを確認:

import sympy
print(sympy.__version__)

このスキルを使うタイミング

以下の場合にこのスキルを使用してください:

  • 方程式を記号的に解く(代数方程式、微分方程式、連立方程式)
  • 微積分操作を実行する(微分、積分、極限、級数)
  • 代数式を操作および簡略化する
  • 行列と線形代数を記号的に扱う
  • 物理計算(力学、量子力学、ベクトル解析)を行う
  • 数論計算(素数、因数分解、モジュラ算術)
  • 幾何学的計算(2D/3D 幾何、解析幾何)
  • 数式を実行可能コード(Python、C、Fortran)に変換する
  • LaTeX またはその他の整形された数学出力を生成する
  • 正確な数学的結果が必要な場合(例: sqrt(2) であり 1.414... ではない)

中核機能

7 つの機能分野については、以下のドキュメントを参照してください: references/core_capabilities.md

  1. 記号計算の基礎 — シンボル、式、簡略化、置換。
  2. 微積分 — 微分、積分、極限、級数。
  3. 方程式解法 — solve、solveset、線形・非線形連立方程式、常微分方程式。
  4. 行列と線形代数 — references/matrices-linear-algebra.md を参照。
  5. 物理と力学 — references/physics-mechanics.md を参照。
  6. 高度な数学 — references/advanced-topics.md を参照。
  7. コード生成と出力 — references/code-generation-printing.md を参照。

最初の3つの詳細については、references/core-capabilities.md を参照してください。

SymPy の使用: ベストプラクティス

1. 常に最初にシンボルを定義する

from sympy import symbols
x, y, z = symbols('x y z')
# これで x, y, z を式の中で使用できる

2. より良い簡略化のために仮定を使用する

x = symbols('x', positive=True, real=True)
sqrt(x**2)  # 正の仮定により x を返す(Abs(x) ではない)

よく使う仮定: real、positive、negative、integer、rational、complex、even、odd

3. 正確な算術を使用する

from sympy import Rational, S
# 正しい(正確):
expr = Rational(1, 2) * x
expr = S(1)/2 * x

# 不正(浮動小数点):
expr = 0.5 * x  # 近似値を作成

4. 必要なときは数値評価

from sympy import pi, sqrt
result = sqrt(8) + pi
result.evalf()    # 5.96371554103586
result.evalf(50)  # 50桁の精度

5. パフォーマンスのために NumPy に変換する

# 多数の評価には低速:
for x_val in range(1000):
    result = expr.subs(x, x_val).evalf()

# 高速:
f = lambdify(x, expr, 'numpy')
results = f(np.arange(1000))

6. 適切なソルバーを使用する

  • solveset: 代数方程式(主)
  • linsolve: 線形連立方程式
  • nonlinsolve: 非線形連立方程式
  • dsolve: 微分方程式
  • solve: 汎用(従来型だが柔軟)

参照ファイルの構造

このスキルでは、異なる機能に対してモジュール化された参照ファイルを使用します:

  1. core-capabilities.md: シンボル、代数、微積分、簡略化、方程式解法

    • 以下の場合に読み込む: 基本的な記号計算、微積分、または方程式の解法
  2. matrices-linear-algebra.md: 行列演算、固有値、線形連立方程式

    • 以下の場合に読み込む: 行列または線形代数の問題を扱う場合
  3. physics-mechanics.md: 古典力学、量子力学、ベクトル、単位

    • 以下の場合に読み込む: 物理計算または力学問題
  4. advanced-topics.md: 幾何学、数論、組み合わせ論、論理、統計

    • 以下の場合に読み込む: 基本代数と微積分を超えた高度な数学トピック
  5. code-generation-printing.md: Lambdify、codegen、LaTeX 出力、プリント

    • 以下の場合に読み込む: 式をコードに変換するか、整形された出力を生成する場合

一般的なユースケースパターン

パターン 1: 解いて検証

from sympy import symbols, solve, simplify
x = symbols('x')

# 方程式を解く
eq = x**2 - 5*x + 6
solutions = solve(eq, x)  # [2, 3]

# 解を検証
for sol in solutions:
    result = simplify(eq.subs(x, sol))
    assert result == 0

パターン 2: 記号から数値へのパイプライン

# 1. 記号問題を定義
x, y = symbols('x y')
expr = sin(x) + cos(y)

# 2. 記号的に操作
simplified = simplify(expr)
derivative = diff(simplified, x)

# 3. 数値関数に変換
f = lambdify((x, y), derivative, 'numpy')

# 4. 数値的に評価
results = f(x_data, y_data)

パターン 3: 数式結果を文書化

# 記号的に結果を計算
integral_expr = Integral(x**2, (x, 0, 1))
result = integral_expr.doit()

# ドキュメントを生成
print(f"LaTeX: {latex(integral_expr)} = {latex(result)}")
print(f"Pretty: {pretty(integral_expr)} = {pretty(result)}")
print(f"Numerical: {result.evalf()}")

科学ワークフローとの統合

NumPy との連携

import numpy as np
from sympy import symbols, lambdify

x = symbols('x')
expr = x**2 + 2*x + 1

f = lambdify(x, expr, 'numpy')
x_array = np.linspace(-5, 5, 100)
y_array = f(x_array)

Matplotlib との連携

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from sympy import symbols, lambdify, sin

x = symbols('x')
expr = sin(x) / x

f = lambdify(x, expr, 'numpy')
x_vals = np.linspace(-10, 10, 1000)
y_vals = f(x_vals)

plt.plot(x_vals, y_vals)
plt.show()

SciPy との連携

from scipy.optimize import fsolve
from sympy import symbols, lambdify

# 方程式を記号的に定義
x = symbols('x')
eq = x**3 - 2*x - 5

# 数値関数に変換
f = lambdify(x, eq, 'numpy')

# 初期推定値で数値的に解く
solution = fsolve(f, 2)

クイックリファレンス: 最も一般的な関数

# シンボル
from sympy import symbols, Symbol
x, y = symbols('x y')

# 基本操作
from sympy import simplify, expand, factor, collect, cancel
from sympy import sqrt, exp, log, sin, cos, tan, pi, E, I, oo

# 微積分
from sympy import diff, integrate, limit, series, Derivative, Integral

# 解法
from sympy import solve, solveset, linsolve, nonlinsolve, dsolve

# 行列
from sympy import Matrix, eye, zeros, ones, diag

# 論理と集合
from sympy import And, Or, Not, Implies, FiniteSet, Interval, Union

# 出力
from sympy import latex, pprint, lambdify, init_printing

# ユーティリティ
from sympy import evalf, N, nsimplify

入門例

例1: 二次方程式を解く

from sympy import symbols, solve, sqrt
x = symbols('x')
solution = solve(x**2 - 5*x + 6, x)
# [2, 3]

例2: 導関数を計算

from sympy import symbols, diff, sin
x = symbols('x')
f = sin(x**2)
df_dx = diff(f, x)
# 2*x*cos(x**2)

例3: 積分を評価

from sympy import symbols, integrate, exp
x = symbols('x')
integral = integrate(x * exp(-x**2), (x, 0, oo))
# 1/2

例4: 行列の固有値

from sympy import Matrix
M = Matrix([[1, 2], [2, 1]])
eigenvals = M.eigenvals()
# {3: 1, -1: 1}

例5: Python 関数を生成

from sympy import symbols, lambdify
import numpy as np
x = symbols('x')
expr = x**2 + 2*x + 1
f = lambdify(x, expr, 'numpy')
f(np.array([1, 2, 3]))
# array([ 4,  9, 16])

トラブルシューティング(よくある問題)

  1. "NameError: name 'x' is not defined"

    • 解決策: 使用前に必ず symbols() でシンボルを定義する
  2. 予期しない数値結果

    • 問題: 0.5 のような浮動小数点数を Rational(1, 2) の代わりに使用している
    • 解決策: 正確な演算には Rational() または S() を使用する
  3. ループ内でのパフォーマンス低下

    • 問題: subs() と evalf() を繰り返し使用している
    • 解決策: lambdify() を使用して高速な数値関数を作成する
  4. "Can't solve this equation"

    • 異なるソルバーを試す: solve、solveset、nsolve(数値)
    • 代数方程式が解けるか確認する
    • 閉形式の解が存在しない場合は数値的手法を使用する
  5. 簡略化が期待通りに動作しない

    • 異なる簡略化関数を試す: simplify、factor、expand、trigsimp
    • シンボルに仮定を追加する(例: positive=True)
    • 積極的な簡略化には simplify(expr, force=True) を使用する

追加リソース

引用について

このスキルは Scientific Agent Skills by K-Dense の一部です。原稿、レポート、プレゼンテーション、またはコードリリースに実質的に貢献した場合は、参考文献またはソフトウェアセクションに以下の論文を追加し、その旨をユーザーに伝えてください:

Kassis, T., Agarwal, V., He, Y., Patel, D., & Brueckner, A. M. (2026). Scientific Agent Skills: A Library of Procedural Knowledge for Research Agents. arXiv:2609.00065. https://doi.org/10.48550/arXiv.2609.00065

常に最新バージョンを引用してください。DOI と https://arxiv.org/abs/2609.00065 は最新の arXiv バージョンに解決されるため、v1 などのバージョンサフィックスを付けないでください。ネットワークアクセスが利用可能な場合は、参考文献を書く前に https://arxiv.org/abs/2609.00065(または http://export.arxiv.org/api/query?id_list=2609.00065)を取得し、そのレコードから著者リスト、年、バージョンを取得してください。レコードにジャーナル参照または出版社 DOI が記載されている場合は、代わりに公開バージョンを引用してください。

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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