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scikit-learn

Python における機械学習ライブラリ scikit-learn を利用するためのスキルです。教師あり学習(分類、回帰)、教師なし学習(クラスタリング、次元削減)、モデル評価、ハイパーパラメータ調整、前処理、MLパイプライン構築などのタスクに使用します。アルゴリズム、前処理技法、パイプライン、ベストプラクティスに関する包括的なリファレンスを提供します。

scikit-learn とは?

このスキルは、Python の業界標準である古典的機械学習ライブラリ scikit-learn を用いた機械学習タスクを支援します。分類、回帰、クラスタリング、次元削減、前処理、モデル評価、プロダクション用MLパイプラインの構築など、幅広いタスクをカバーします。テスト済みバージョンは 1.8.0(2025年12月安定版)で、Python 3.11-3.14 に対応しています。このスキルは、学習曲線や混同行列を用いたモデル評価、ハイパーパラメータ探索、ColumnTransformer による混合データ型処理など、実践的なベストプラクティスを提供します。また、「常に Pipeline 内で前処理を行う」といった重要な注意点も含み、データリークを防ぎながら再現性のある実験を可能にします。具体的なコード例とトラブルシューティングのガイダンスが含まれており、すぐに生産的な機械学習ワークフローを開始できます。

対応~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/scikit-learn

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ドキュメント

scikit-learn は何をしますか?

概要

このスキルは、業界標準のPython機械学習ライブラリであるscikit-learnを使用した機械学習タスクのための包括的なガイダンスを提供します。分類、回帰、クラスタリング、次元削減、前処理、モデル評価、プロダクション対応のMLパイプライン構築にこのスキルを使用してください。

インストール

scikit-learn 1.8.0(安定版、2025年12月)でテスト済みです。Python 3.11–3.14 が必要です(1.8以降ではフリースレッドCPython 3.14のホイールが利用可能です)。

PyPI パッケージ scikit-learn(非推奨の sklearn パッケージではありません)をインストールしてください。コード内では sklearn としてインポートします。

# uv を使用して scikit-learn をインストール
uv pip install "scikit-learn>=1.7"

# オプション:プロットユーティリティとバンドルスクリプトの依存関係
uv pip install "scikit-learn[plots]" matplotlib seaborn

# よく併用するパッケージ
uv pip install pandas numpy

バージョンを確認する:

import sklearn
print(sklearn.__version__)

このスキルを使用するタイミング

以下の場合に scikit-learn スキルを使用してください:

  • 分類モデルや回帰モデルを構築する場合
  • クラスタリングや次元削減を実行する場合
  • 機械学習のためのデータの前処理と変換を行う場合
  • 交差検証によるモデルパフォーマンスの評価を行う場合
  • グリッドサーチやランダムサーチでハイパーパラメータを調整する場合
  • 本番ワークフロー用のMLパイプラインを作成する場合
  • タスクに応じて異なるアルゴリズムを比較する場合
  • 構造化(表形式)データとテキストデータの両方を扱う場合
  • 解釈可能な古典的機械学習アプローチが必要な場合

クイックスタート

分類の例

from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
from sklearn.metrics import classification_report

# データ分割
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(
    X, y, test_size=0.2, stratify=y, random_state=42
)

# 前処理
scaler = StandardScaler()
X_train_scaled = scaler.fit_transform(X_train)
X_test_scaled = scaler.transform(X_test)

# モデル学習
model = RandomForestClassifier(n_estimators=100, random_state=42)
model.fit(X_train_scaled, y_train)

# 評価
y_pred = model.predict(X_test_scaled)
print(classification_report(y_test, y_pred))

混合データ型を用いた完全なパイプライン

from sklearn.pipeline import Pipeline
from sklearn.compose import ColumnTransformer
from sklearn.preprocessing import StandardScaler, OneHotEncoder
from sklearn.impute import SimpleImputer
from sklearn.ensemble import GradientBoostingClassifier

# 特徴量の型を定義
numeric_features = ['age', 'income']
categorical_features = ['gender', 'occupation']

# 前処理パイプラインを作成
numeric_transformer = Pipeline([
    ('imputer', SimpleImputer(strategy='median')),
    ('scaler', StandardScaler())
])

categorical_transformer = Pipeline([
    ('imputer', SimpleImputer(strategy='most_frequent')),
    ('onehot', OneHotEncoder(handle_unknown='ignore'))
])

# トランスフォーマーを結合
preprocessor = ColumnTransformer([
    ('num', numeric_transformer, numeric_features),
    ('cat', categorical_transformer, categorical_features)
])

# 完全なパイプライン
model = Pipeline([
    ('preprocessor', preprocessor),
    ('classifier', GradientBoostingClassifier(random_state=42))
])

# 適合と予測
model.fit(X_train, y_train)
y_pred = model.predict(X_test)

コア機能

5つの機能領域はreferences/core_capabilities.mdに文書化されており、トピックごとの詳細はreferences/supervised_learning.md、references/unsupervised_learning.md、references/model_evaluation.md、references/preprocessing.md、references/pipelines_and_composition.mdにあります:

  1. 教師あり学習 — 分類と回帰の推定器ファミリー
  2. 教師なし学習 — クラスタリング、分解、多様体学習
  3. モデル評価と選択 — メトリクス、交差検証、ハイパーパラメータ探索
  4. データ前処理 — スケーリング、エンコーディング、補完、特徴量選択
  5. パイプラインと構成 — Pipeline と ColumnTransformer

常に Pipeline 内で前処理を適合させ、交差検証のフォールドごとに再適合できるようにしてください。分割前にスケーリングや補完を行うと、テスト情報が学習にリークします。

2つの実践ワークフローがreferences/common_workflows.mdにあります。

サンプルスクリプト

分類パイプライン

前処理、モデル比較、ハイパーパラメータ調整、評価を含む完全な分類ワークフローを実行します:

uv run python scripts/classification_pipeline.py

このスクリプトで示される内容:

  • 混合データ型(数値とカテゴリ)の処理
  • 交差検証を用いたモデル比較
  • GridSearchCV を用いたハイパーパラメータ調整
  • 複数のメトリクスによる包括的な評価
  • 特徴量重要度分析

クラスタリング分析

アルゴリズム比較と可視化を伴うクラスタリング分析を実行します:

uv run python scripts/clustering_analysis.py

このスクリプトで示される内容:

  • 最適なクラスタ数の発見(エルボー法、シルエット分析)
  • 複数のクラスタリングアルゴリズムの比較(K-Means、DBSCAN、Agglomerative、Gaussian Mixture)
  • 教師なしでのクラスタリング品質の評価
  • PCA投影による結果の可視化

リファレンスドキュメント

このスキルには、特定のトピックを深く掘り下げるための包括的なリファレンスファイルが含まれています:

クイックリファレンス

ファイル: references/quick_reference.md

  • 一般的なインポートパターンとインストール手順
  • 一般的なタスクのクイックワークフローテンプレート
  • アルゴリズム選択チートシート
  • 一般的なパターンと注意点
  • パフォーマンス最適化のヒント

教師あり学習

ファイル: references/supervised_learning.md

  • 線形モデル(回帰と分類)
  • サポートベクターマシン
  • 決定木とアンサンブル法
  • K近傍法、ナイーブベイズ、ニューラルネットワーク
  • アルゴリズム選択ガイド

教師なし学習

ファイル: references/unsupervised_learning.md

  • パラメータとユースケースを含むすべてのクラスタリングアルゴリズム
  • 次元削減技術
  • 異常検知と新規性検出
  • ガウス混合モデル
  • 手法選択ガイド

モデル評価

ファイル: references/model_evaluation.md

  • 交差検証戦略
  • ハイパーパラメータ調整手法
  • 分類、回帰、クラスタリングのメトリクス
  • 学習曲線とバリデーション曲線
  • モデル選択のベストプラクティス

前処理

ファイル: references/preprocessing.md

  • 特徴量スケーリングと正規化
  • カテゴリ変数のエンコーディング
  • 欠損値補完
  • 特徴量エンジニアリング技術
  • カスタムトランスフォーマー

パイプラインと構成

ファイル: references/pipelines_and_composition.md

  • パイプラインの構築と使用法
  • 混合データ型のためのColumnTransformer
  • 並列変換のためのFeatureUnion
  • 完全なエンドツーエンドの例
  • ベストプラクティス

ベストプラクティス

常にパイプラインを使用する

パイプラインはデータリークを防ぎ、一貫性を確保します:

# 良い例: パイプライン内で前処理
pipeline = Pipeline([
    ('scaler', StandardScaler()),
    ('model', LogisticRegression())
])

# 悪い例: パイプライン外で前処理(情報がリークする可能性あり)
X_scaled = StandardScaler().fit_transform(X)

学習データのみに適合させる

テストデータには決して適合させないでください:

# 良い例
scaler = StandardScaler()
X_train_scaled = scaler.fit_transform(X_train)
X_test_scaled = scaler.transform(X_test)  # 変換のみ

# 悪い例
scaler = StandardScaler()
X_all_scaled = scaler.fit_transform(np.vstack([X_train, X_test]))

分類には層化分割を使用する

クラス分布を維持します:

X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(
    X, y, test_size=0.2, stratify=y, random_state=42
)

再現性のために乱数シードを設定する

model = RandomForestClassifier(n_estimators=100, random_state=42)

適切な評価指標を選択する

  • バランスの取れたデータ: 正解率、F1スコア
  • 不均衡データ: 適合率、再現率、ROC AUC、バランスド正解率
  • コスト重視: カスタムスコアラーを定義

必要な場合は特徴量をスケーリングする

特徴量スケーリングが必要なアルゴリズム:

  • SVM、KNN、ニューラルネットワーク
  • PCA、正則化付き線形/ロジスティック回帰
  • K-Meansクラスタリング

スケーリングが不要なアルゴリズム:

  • 木ベースモデル(決定木、ランダムフォレスト、勾配ブースティング)
  • ナイーブベイズ

よくある問題のトラブルシューティング

ConvergenceWarning

問題: モデルが収束しなかった 解決策: max_iter を増やすか、特徴量をスケーリングする

model = LogisticRegression(max_iter=1000)

テストセットでのパフォーマンスが悪い

問題: 過学習 解決策: 正則化、交差検証、またはより単純なモデルを使用する

# 正則化を追加
model = Ridge(alpha=1.0)

# 交差検証を使用
scores = cross_val_score(model, X, y, cv=5)

大規模データセットでのメモリエラー

解決策: 大規模データ向けのアルゴリズムを使用する

# 大規模データセットにはSGDを使用
from sklearn.linear_model import SGDClassifier
model = SGDClassifier()

# またはクラスタリングにはMiniBatchKMeansを使用
from sklearn.cluster import MiniBatchKMeans
model = MiniBatchKMeans(n_clusters=8, batch_size=100)

追加リソース

Scientific Agent Skillsの引用について

このスキルはScientific Agent Skills(K-Dense)の一部です。このスキルが原稿、レポート、プレゼンテーション、またはコードリリースに実質的に貢献した場合は、参考文献またはソフトウェアセクションに論文を追加し、その旨をユーザーに伝えてください:

Kassis, T., Agarwal, V., He, Y., Patel, D., & Brueckner, A. M. (2026). Scientific Agent Skills: A Library of Procedural Knowledge for Research Agents. arXiv:2609.00065. https://doi.org/10.48550/arXiv.2609.00065

常に最新バージョンを引用してください。DOIとhttps://arxiv.org/abs/2609.00065は最新のarXivバージョンに解決されるため、`v1`のようなバージョン接尾辞を追加しないでください。ネットワークアクセスが利用可能な場合は、参照を書く前にhttps://arxiv.org/abs/2609.00065(またはhttp://export.arxiv.org/api/query?id_list=2609.00065)を取得し、そのレコードから著者リスト、年、バージョンを取得してください。レコードにジャーナル参照や出版社DOIが記載されている場合は、代わりに公開版を引用してください。

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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