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PennyLane

ハードウェアに依存しない量子機械学習フレームワーク。勾配を用いた量子回路のトレーニング、ハイブリッド量子古典モデルの構築、IBM/Google/Rigetti/IonQ間のデバイス移植性が必要な場合に最適。

PennyLane とは?

PennyLaneは、量子コンピュータをニューラルネットワークのようにトレーニングできる量子コンピューティングライブラリです。量子回路の自動微分、デバイスに依存しないプログラミング、PyTorchやJAXなどの古典的な機械学習フレームワークとのシームレスな統合を提供します。このスキルは、変分量子回路(VQE、QAOA)、量子ニューラルネットワークの構築、分子の基底状態計算など、様々な量子アルゴリズムの実装をサポートします。また、IBM、Amazon Braket、Google Cirq、Rigetti、IonQなどの主要な量子プロバイダー向けのプラグインを提供し、シミュレーターから実ハードウェアへのスムーズな移行を可能にします。ユーザーは、組み込みのテンプレート、最適化器、JITコンパイル(Catalyst)などの高度な機能を活用して、量子回路の設計と実行を効率化できます。

対応~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/pennylane

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ドキュメント

PennyLane は何をしますか?

概要

PennyLaneは、量子コンピュータをニューラルネットワークのようにトレーニングできる量子コンピューティングライブラリです。量子回路の自動微分、デバイスに依存しないプログラミング、古典的な機械学習フレームワークとのシームレスな統合を提供します。

インストール

PennyLane 0.45.0はPython 3.11以降が必要です。再現可能な環境のためにuvと固定バージョンを使用してインストールします。

uv pip install "pennylane==0.45.0"

量子ハードウェアにアクセスするには、ターゲットプロバイダーに一致するプラグインをインストールします。Qiskitは依存関係グラフが厳格なため、追加またはアップグレードする際にはクリーンな環境から開始してください。

# IBM Quantum
uv pip install "pennylane-qiskit==0.45.0"

# Amazon Braket
uv pip install "amazon-braket-pennylane-plugin==1.34.1"

# Google Cirq
uv pip install "pennylane-cirq==0.44.0"

# Rigetti Forest
uv pip install "pennylane-rigetti==0.40.0"

# IonQ
uv pip install "pennylane-ionq==0.45.0"

# 高性能ローカルシミュレーター
uv pip install "pennylane-lightning==0.45.0"

# Catalyst JITコンパイル
uv pip install "pennylane-catalyst==0.15.0"

クイックスタート

量子回路を構築し、そのパラメータを最適化します。

import pennylane as qml
from pennylane import numpy as np

# デバイスを作成
dev = qml.device('default.qubit', wires=2)

# 量子回路を定義
@qml.qnode(dev)
def circuit(params):
    qml.RX(params[0], wires=0)
    qml.RY(params[1], wires=1)
    qml.CNOT(wires=[0, 1])
    return qml.expval(qml.PauliZ(0))

# パラメータを最適化
opt = qml.GradientDescentOptimizer(stepsize=0.1)
params = np.array([0.1, 0.2], requires_grad=True)

for i in range(100):
    params = opt.step(circuit, params)

中核機能

1. 量子回路構築

ゲート、測定、状態準備を用いて回路を構築します。詳細は references/quantum_circuits.md を参照してください。

  • 単一およびマルチキュービットゲート
  • 制御操作と条件付きロジック
  • 中間回路測定と適応型回路
  • 様々な測定タイプ(期待値、確率、サンプル)
  • 回路の検査とデバッグ

2. 量子機械学習

ハイブリッド量子古典モデルを作成します。詳細は references/quantum_ml.md を参照してください。

  • PyTorchおよびJAXとの統合
  • 量子ニューラルネットワークと変分分類器
  • データエンコーディング戦略(角度、振幅、基底、IQP)
  • バックプロパゲーションによるハイブリッドモデルのトレーニング
  • 量子回路を用いた転移学習

3. 量子化学

分子をシミュレートし、基底状態エネルギーを計算します。詳細は references/quantum_chemistry.md を参照してください。

  • 分子ハミルトニアンの生成
  • 変分量子固有値ソルバー(VQE)
  • 化学のためのUCCSDアンザッツ
  • 幾何最適化と解離曲線
  • 分子特性計算

4. デバイス管理

シミュレーターまたは量子ハードウェアで実行します。詳細は references/devices_backends.md を参照してください。

  • 組み込みシミュレーター(default.qubit、lightning.qubit、default.mixed)
  • ハードウェアプラグイン(IBM、Amazon Braket、Google、Rigetti、IonQ)
  • デバイスの選択と設定
  • パフォーマンス最適化とキャッシング
  • GPUアクセラレーションとJITコンパイル

5. 最適化

様々な最適化器で量子回路をトレーニングします。詳細は references/optimization.md を参照してください。

  • 組み込み最適化器(Adam、勾配降下法、モーメンタム、RMSProp)
  • 勾配計算方法(バックプロップ、パラメータシフト、随伴法)
  • 変分アルゴリズム(VQE、QAOA)
  • トレーニング戦略(学習率スケジュール、ミニバッチ)
  • バレンプラトーと局所的最小値への対処

6. 高度な機能

テンプレート、変換、コンパイルを活用します。詳細は references/advanced_features.md を参照してください。

  • 回路テンプレートとレイヤー
  • 変換と回路最適化
  • パルスレベルプログラミング
  • Catalyst JITコンパイル
  • ノイズモデルとエラー軽減
  • リソース推定

一般的なワークフロー

変分分類器のトレーニング

# 1. アンザッツを定義
@qml.qnode(dev)
def classifier(x, weights):
    # データをエンコード
    qml.AngleEmbedding(x, wires=range(4))

    # 変分層
    qml.StronglyEntanglingLayers(weights, wires=range(4))

    return qml.expval(qml.PauliZ(0))

# 2. トレーニング
opt = qml.AdamOptimizer(stepsize=0.01)
weights = np.random.random((3, 4, 3))  # 3層、4ワイヤー

for epoch in range(100):
    for x, y in zip(X_train, y_train):
        weights = opt.step(lambda w: (classifier(x, w) - y)**2, weights)

分子基底状態のためのVQEの実行

from pennylane import qchem

# 1. ハミルトニアンを構築
symbols = ['H', 'H']
geometry = np.array([[0.0, 0.0, -0.66140414], [0.0, 0.0, 0.66140414]])
molecule = qchem.Molecule(symbols, geometry)
H, n_qubits = qchem.molecular_hamiltonian(molecule)
hf_state = qchem.hf_state(electrons=2, orbitals=n_qubits)
singles, doubles = qchem.excitations(electrons=2, orbitals=n_qubits)
s_wires, d_wires = qchem.excitations_to_wires(singles, doubles)

# 2. アンザッツを定義
@qml.qnode(dev)
def vqe_circuit(params):
    qml.BasisState(hf_state, wires=range(n_qubits))
    qml.UCCSD(params, wires=range(n_qubits), s_wires=s_wires, d_wires=d_wires)
    return qml.expval(H)

# 3. 最適化
opt = qml.AdamOptimizer(stepsize=0.1)
params = np.zeros(len(singles) + len(doubles), requires_grad=True)

for i in range(100):
    params, energy = opt.step_and_cost(vqe_circuit, params)
    print(f"Step {i}: Energy = {energy:.6f} Ha")

デバイスの切り替え

# 同じ回路、異なるバックエンド
circuit_def = lambda dev: qml.qnode(dev)(circuit_function)

# シミュレーターでテスト
dev_sim = qml.device('default.qubit', wires=4)
result_sim = circuit_def(dev_sim)(params)

# 量子ハードウェアで実行
from qiskit_ibm_runtime import QiskitRuntimeService

service = QiskitRuntimeService()
backend = service.least_busy(operational=True, simulator=False, min_num_qubits=4)
dev_hw = qml.device('qiskit.remote', wires=backend.num_qubits, backend=backend)
result_hw = circuit_def(dev_hw)(params)

詳細ドキュメント

特定のトピックの包括的なカバレッジについては、リファレンスファイルを参照してください。

  • はじめに: references/getting_started.md - インストール、基本概念、最初のステップ
  • 量子回路: references/quantum_circuits.md - ゲート、測定、回路パターン
  • 量子ML: references/quantum_ml.md - ハイブリッドモデル、フレームワーク統合、QNN
  • 量子化学: references/quantum_chemistry.md - VQE、分子ハミルトニアン、化学ワークフロー
  • デバイス: references/devices_backends.md - シミュレーター、ハードウェアプラグイン、デバイス設定
  • 最適化: references/optimization.md - 最適化器、勾配、変分アルゴリズム
  • 高度な機能: references/advanced_features.md - テンプレート、変換、JITコンパイル、ノイズ

ベストプラクティス

  1. シミュレーターから始める - ハードウェアにデプロイする前に default.qubit でテストする
  2. ハードウェアにはパラメータシフトを使用する - バックプロパゲーションはシミュレーターでのみ機能する
  3. 適切なエンコーディングを選択する - データエンコーディングを問題構造に合わせる
  4. 注意深く初期化する - バレンプラトーを避けるために小さなランダム値を使用する
  5. 勾配を監視する - 深い回路での勾配消失をチェックする
  6. デバイスをキャッシュする - デバイスオブジェクトを再利用して初期化オーバーヘッドを減らす
  7. 回路をプロファイルする - qml.specs() を使用して回路の複雑さを分析する
  8. ローカルでテストする - ハードウェアに投入する前にシミュレーターで検証する
  9. テンプレートを使用する - 一般的な回路パターンには組み込みテンプレートを活用する
  10. 可能な場合はコンパイルする - パフォーマンスが重要なコードにはCatalyst JITを使用する

リソース

Scientific Agent Skillsの引用

このスキルは、K-DenseによるScientific Agent Skillsの一部です。これが原稿、レポート、プレゼンテーション、またはコードリリースに実質的に貢献した場合は、論文を参考文献またはソフトウェアセクションに追加し、その旨をユーザーに伝えてください。

Kassis, T., Agarwal, V., He, Y., Patel, D., & Brueckner, A. M. (2026). Scientific Agent Skills: A Library of Procedural Knowledge for Research Agents. arXiv:2609.00065. https://doi.org/10.48550/arXiv.2609.00065

常に最新バージョンを引用してください。DOIとhttps://arxiv.org/abs/2609.00065 は最新のarXivバージョンに解決されるため、v1のようなバージョンサフィックスは絶対に付けないでください。ネットワークアクセスが利用可能な場合は、参考文献を書く前に https://arxiv.org/abs/2609.00065(または http://export.arxiv.org/api/query?id_list=2609.00065)を取得し、そのレコードから著者リスト、年、バージョンを取得してください。レコードにジャーナル参照や出版社のDOIが記載されている場合は、代わりに公開版を引用してください。

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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