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Exa Web Toolkit

Exaを活用したWebツールキット。科学的・技術的なコンテンツに特化したWeb検索やURLコンテンツの取得・抽出を行います。

Exa Web Toolkit とは?

Exa Web Toolkitは、Exaの高品質なキーワード検索と意味的検索を組み合わせたインデックスを活用し、科学的・技術的なWeb検索とURLコンテンツの抽出を実現するAIエージェントスキルです。主な機能は「Web検索」(セマンティック検索、研究調査、最新情報取得)と「URL抽出」(ページ、論文、PDFのバッチ取得)の2つで、ユーザーのリクエストに応じて適切な機能を選択します。特に学術的なクエリでは、`--category "research paper"`オプションやドメインフィルタリングにより、査読付き論文やプレプリント、政府・機関発信の一次情報を優先的に検索できます。このスキルはClaude Code、Cursor、CodexなどのAIエージェントプラットフォーム上で動作し、Exa APIキーを環境変数`EXA_API_KEY`に設定することで認証を行います。スクリプトはPEP 723インラインメタデータを使用し、`uv run`で直接実行可能で、`exa-py` Python SDKを介してExaと通信します。

対応✓Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/exa-search

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ドキュメント

Exa Web Toolkit は何をしますか?

Exa をバックエンドとしたWebベースの調査タスクのためのスキル:Web検索とURL抽出。Exaのインデックスは高品質なキーワード検索と意味的検索を組み合わせており、科学的、技術的、概念的なクエリに適しています。

ルーティング — 適切な機能を選ぶ

ユーザーのリクエストを読み、以下の機能のいずれかに割り当ててください。コマンドを実行する前に、対応するリファレンスファイルを読んで詳細な指示を確認してください。

ユーザーがしたいこと機能参照先
何かを調べる、トピックを調査する、最新情報を探すWeb検索references/web-search.md
特定のURL(Webページ、記事、PDF)のコンテンツを取得するWeb抽出references/web-extract.md
インストールまたは認証セットアップ下記

判断ガイド

  • デフォルトでWeb検索 — トピック検索、調査質問、「Xとは?」といったクエリに対して。トピックが科学的または技術的な場合、--category "research paper" を渡して学術ソースを優先し、必要に応じて学術ドメインの --include-domains 許可リストを使用してください。詳細な二段階学術戦略については references/web-search.md を参照。
  • URLが指定された場合や、特定のページを読む・取得するよう依頼された場合はWeb抽出を使用。ビルトインのWebFetchよりも、バッチ抽出(複数URLを一度に呼び出し)や学術PDFに対してこちらを優先してください。

学術ソースの優先順位

技術的または科学的なクエリでは、学術・科学ソースを優先してください:

  • ブログ記事やニュースよりも、査読付きジャーナル記事や会議録
  • 査読版が入手できない場合はプレプリント(arXiv、bioRxiv、medRxiv)
  • 商用サイトよりも機関・政府ソース(NIH、WHO、NASA、NIST)
  • 二次的な要約よりも一次研究

Exaを学術コンテンツに向けるための2つのレバー:

  1. --category "research paper" は検索結果を学術ソースに偏らせます。
  2. --include-domains に学術許可リスト(arxiv.org、nature.com、pubmed.ncbi.nlm.nih.gov など)を指定してドメインパールを制限します。

厳密に学術的な結果を得るには両方を組み合わせてください。完全なパターンは references/web-search.md を参照。

学術ソースを引用する場合、標準の引用形式に加えて、可能な限り著者名と出版年を含めてください(例:Smith et al., 2025)。DOIがある場合は、DOIリンクを優先してください。


セットアップ

このスキルは exa-py Python SDK を使用します。scripts/ 内のスクリプトは PEP 723 インラインメタデータで依存関係を宣言しているため、個別のインストール手順なしで uv run を使用して直接実行できます:

uv run --with exa-py python "$SKILL_PATH/scripts/exa_search.py" --help

永続的なインストールを希望する場合:

uv pip install "exa-py>=1.14.0"

認証

すべてのコマンドは EXA_API_KEY 環境変数からAPIキーを読み取ります。Exa APIキーは dashboard.exa.ai/api-keys から取得してください。

まず、プロジェクトルートに .env ファイルが存在し、EXA_API_KEY が含まれているか確認してください。含まれている場合は、それを読み込みます:

dotenv -f .env run -- uv run --with exa-py python "$SKILL_PATH/scripts/exa_search.py" "your query"

dotenv が利用できない場合は、インストールしてください:uv pip install python-dotenv[cli]。

.env がない場合は、セッション用にキーをエクスポートします:

export EXA_API_KEY="your-key"

任意のスクリプトを --help 付きで実行して確認してください — キーが設定されていればクリーンに終了し、認証チェックは実際のクエリが行われた場合のみ実行されます。

トラッキングヘッダー

このスキルのすべてのスクリプトは、x-exa-integration リクエストヘッダーを k-dense-ai--scientific-agent-skills に設定します。これにより、ExaはK-Dense AI scientific-agent-skillsリポジトリからの使用状況をこの統合に帰属させることができます。スクリプトを適応する際に、このヘッダーを削除したり名前を変更したりしないでください。


このスキルのファイル

  • SKILL.md — このファイル(ルーティングとセットアップ)
  • references/web-search.md — 学術戦略を含む詳細なWeb検索リファレンス
  • references/web-extract.md — URLコンテンツ抽出リファレンス
  • scripts/exa_search.py — client.search_and_contents のCLIラッパー
  • scripts/exa_extract.py — client.get_contents のCLIラッパー

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

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biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

関連スキル