材料プロジェクトワークフロー は何をしますか？
研究目標とプロジェクトの実際のファイル、結果、ジョブ、指示から始めます。次のアクションが明確で、研究者の確認済み範囲内にある場合は、それを実行します。それ以外の場合は、各段階が何に答えるか、どの結果が前進をもたらすか、研究者が科学的な代替案を選択する必要がある箇所を示す短いルートを提案します。次のステップについて質問することは、それ自体が未選択の科学的設定や追加計算を承認するものではありません。ユーザーのプロンプト言語とプロジェクトの慣例に従ってください。小さなタスクの前提条件としてオンボーディングインタビューを設定しないでください。
作業の規模をリクエストに合わせてください。小さな編集の場合は、影響を受ける設定と現在のレコードを検査し、既存のツールを再利用し、変更に関連するチェックを実行します。新たな証拠やアクションが必要な場合を除き、変更されていない資料を再読したり、確認済みのバックアップ/承認済み結果の評価を繰り返したりしないでください。具体的な繰り返し発生するニーズに対してヘルパーを構築し、パラメータ変更ごとには構築しません。既存のプロジェクト契約に従ってください。このスキルは新しい監査フレームや重複した承認文書を必要としません。
存在する場合は、研究者の保存済みデフォルトを読み込んでください: materials-project-workflow/DEFAULT.md (エージェントの設定フォルダ内。Codexの場合は $CODEX_HOME (通常 ~/.codex)、Claude Codeの場合は ~/.claude)。これはそのユーザーの好みであり、プロジェクトの権限ではありません。このスキルがそう指定する場合にのみ研究者の決定の代わりとなり、プロジェクトはそれを上書きできます。保存済みデフォルトがない研究者の最初の実質的なプロジェクトでは、通常のワークフローを説明するよう招待し、改善点を提案し、後続のプロジェクトのために彼らが選択したルートのみを保存します。この設定なしで単発のタスクを続行します。デフォルトの例 は、2D吸着のための保存済みデフォルトが保持する可能性のある内容を示しています。研究者のデフォルトまたはプロジェクトがそれらを選択した場合にのみ、その設定を適用します。新しいプロジェクトでは、選択された段階、候補数、ツール、意味のある入力設定、バックアップ先/保持期間、レビューポイントを、オプションのアウトライン を使用して短いプロジェクト WORKFLOW.md に記録します。選択された段階でそれらが必要な場合にのみ、未知の機能について尋ねます。後続のプロジェクトでは、確定した好みを繰り返すのではなく、違いを確認します。
デフォルトでは、すべてのML候補を直接 fmax = 0.01 eV/Å まで最適化し、その後構造を選択します。構造あたりの累積オプティマイザーステップ数は3000 とし、研究者が別の力の基準やステップ制限を選択しない限り、これに従います。実際のランナーを最初からこの制限に設定し、収束した場合は早期に終了します。計画的な短ステップ実行は行いません。保存済みデフォルトまたはプロジェクトの選択のいずれかで使用されるMLツールに関わらず、そのマニュアルに従って実行し、力の基準とステップ制限をコピーされた各ランナーに明示的に記述します。ツール自体のデフォルトはこれらを置き換えません。このスキルが力の基準、ステップ上限（引き上げには研究者が必要）、候補選択、レビュー、監視、記録、STATUSを設定します。ツールのマニュアルに従ったセッション内ポーリングではなく、スケジュールされたフォローアップを使用します。ローカル起動チェックは除きます。ツール自身のDFT送信リストは提案です。プロジェクトで合意された候補数と多様性ルールを適用し、差異を記録します。ウォールタイムタイムアウトを含む、真の中断を、残りの許容範囲内で自律的に回復します。DFT再開レビューゲートをインポートしません。存在する場合はツールの再開機能を使用します。存在しない場合は、最後に保存された構造から、残りのステップのみで単一の構造を続行します。再開が拒否された場合、またはバッチが各構造の残りのステップを運べない場合は、回避策を施す代わりに診断して報告します。粗いMLパスを自動的に追加しないでください。特定のプロジェクトのために別のルートが選択される場合があります。ローカルMLの場合、リソース使用量の制限 によりデスクトップの応答性を維持します。実際のハードウェア、現在の負荷、インタラクティブまたは専用使用からローカルリソースを選択します。検証済みのマシンプロファイルを再利用し、他のプロジェクトを考慮し、スループットを上げる前に、有効なワーカー/スレッド設定とメモリヘッドルームを確認します。リソースの圧迫は、科学的設定を弱めるのではなく、自律的なスロットリングを正当化します。
新しいルートとサイトのための最初のHPC入力準備を、研究者のレビューポイントにします。提案された方法、テスト/最適化シーケンス、リソース、ジョブあたりのウォールタイム、最大再起動回数を、簡単な理由とともに説明します。合意された選択と提案を区別します。バルク最適化などの目標への合意、またはHPCパス/スクリプトの提供は、未選択の方法、追加テスト、アカウント、予算を承認しません。ジョブのシリーズ全体をステージングしたりジョブを投入したりする前に、人間がレビューするための 実際の 代表的なドラフトを1つ準備します：構造、INCAR、KPOINTS、POTCARの同一性と生成方法、実行可能ファイル、適合したサイトスクリプト、リソース、作業範囲。そのドラフトをレビュー可能にするために、プロジェクトで承認された読み取りとPOTCAR生成を使用できます。そのHPCサイトからの研究者の成功したスクリプトを優先します。それ以外の場合は、サイトの公式例を適合させます。diff が意味のある変更を明らかにできるよう、プロジェクトで一貫した入力の順序とフォーマットを維持します。一度レビューされれば、関連する構造と中間体は、たとえそれらの形状やPOTCAR構成が異なっていても、同じ方法の下でジョブごとのレビューなしで進められます。真に新しい計算タイプや無関係なルートには、実際の例を1つレビューします。レビューされた最初の入力は、科学的結果や無制限の実行許可ではありません。研究者の保存済みデフォルトは、ツール、サイト/アカウント、スクリーニングあたりのコスト制限を指定することによってのみ、このレビューからHPC MLスクリーニングを免除できます。3つすべてがなければレビューが適用され、プロジェクトはこれらを厳しくすることはできても緩めることはできません。そのような免除の下では、最悪の場合のコスト（すべての構造がステップ上限に達し、再開を含む）が制限を超える可能性のあるスクリーニングの前に質問します。ツールの測定されたスループットとステップ統計からウォールタイムを設定し、マージンを確保します。その下でのタイムアウトは再開され、計画的な短ステップ実行ではありません。推定および実際のコスト（コア時間またはサイトの単位）を実行記録に記録します。
DFTの場合、最初の入力レビューで、各段階のジョブあたりのウォールタイムと構造あたりの最大再起動回数を確認します。最初のジョブは再起動としてカウントされません。同じ段階での後続の各継続または修正された実行は、ディレクトリやオプティマイザーが変更された後でも、再起動としてカウントされます。既存の実行記録に使用状況を記録します。これらの制限内で自律的な継続の前に診断します。最後に許可された再起動が段階を通過せずに終了した場合は、STATUS.md に診断を報告し、別のジョブの前に人間のレビューと明示的な延長を取得します。収束した段階は通常通り進行します。カウントに達しただけでは、それ以外は正常に実行されているジョブを停止しません。すでに合意された追加のプロジェクト予算を尊重します。
選択されたルート内で、通常の投入、監視、段階の引き継ぎ、制限付き回復を、日常的な変更ごとに一時停止せずに実行します。1つの投入/再試行の所有者を維持し、スケジューラを呼び出す前に一意の試行IDと入力/スクリプトのダイジェストを記録します。投入結果が不明な場合は、その試行をフェンスで囲みます。実行記録、キュー、アカウンティング、出力と照合します。squeue からの不在や sacct の遅延は、ジョブが受け入れられなかったことの証明にはなりません。結果が積極的に解決されるまで自動的に再投入しないでください。曖昧なままの場合は質問します。VASP幾何最適化（CI-NEBまたはIDMではない、粗いまたは細かい）には、研究者のデフォルトまたはプロジェクトが選択したオプティマイザーを使用します。それ以外の場合はネイティブCG（IBRION=2）を使用します。タグ、検証、切り替え、その他の障害については、オプティマイザーと回復ガイダンス を読んでください。盲目的に再起動するのではなく、正当な修正の前に電子およびイオンの傾向を検査します。各試行の入力、出力、ソースを保存します。実行中のジョブが 確認され NaN、致命的に壊れている、またはリソースを消費しながら明らかに暴走している場合は、証拠を保存し、その特定のジョブをキャンセルします。再投入の前に診断します。物理モデル、科学的目標、最終比較プロトコル、サイト/アカウント、合意された実行制限が変更された場合、または材料の曖昧さが残っている場合に質問します。プロジェクトの共通のエネルギー影響設定の下で得られた最終エネルギー同士のみを比較します。
反応経路と遷移状態については、CI-NEB/IDMガイダンス を読んでください。スタンドアロンの振動数検証実行は、研究者が選択した経路に対してのみ行います。IDMの方向決定のための振動数計算は、承認されたIDM回復の一部であり、すべてのCI-NEB結果の自動検証ではありません。
Wannier強束縛モデルとWilsonループについては、Wannierガイダンス を読んでください。対称性固有値（パリティ基準、既約表現、対称性指標）からの不変量については、対称性固有値ガイダンス を読んでください。
アクティブなローカルMLまたはHPC作業中は、1画面で読み取れるプロジェクトルートの STATUS.md を維持します。保留中のアクション、未解決の異常、現在の作業/次のマイルストーンのグループ化、いくつかの最近のイベントを含めます。空のアクション/例外セクションは「なし」のみを含みます。詳細なジョブ、証拠、古い履歴へのリンクを提供します。ステータス、監視、ディレクトリガイダンス を使用します。このページを最初に作成または採用するときは、研究者にそれが使用中であることを伝え、クリック可能なファイルリンクを提供し、何を追跡しているか、そして彼らのアクションが必要かどうかを簡単に述べます。意味のあるワークフローステップの終了時に、現在の証拠を確認し、結果、必要なアクション、異常、次のステップが変更された場合に STATUS.md を更新します。これを、ステップ完了を報告するか引き継ぐ前に行います。変更のないチェックではファイルの書き換えは必要ありません。リンクされたガイダンスをアクティブな作業のスケジューリングとアクセスに使用します。通常の変更されていない進捗は静かに保ち、作業が調整されたらフォローアップを終了します。採用された結果はすぐに見つけられるようにし、生の証拠はトレース可能にし、合意されたバックアップを最新に保ちます。OneDriveなどのクラウド同期フォルダ内にファイルシステムリンクを作成しないでください。HPCでは、隣接する FINAL_CHOICE.md を持つ final_choice シンボリックリンクは問題ありません。
研究者に表示するためにPOSCAR/CONTCARを渡すとき、その種ラインにPOTCARラベルやハッシュ（例：Ti_sv/0a1b2c3d4）が含まれている場合（VESTAが読み取れない）、scripts/clean_poscar_species.py を実行し、_vesta.vasp コピーを指し示します。元のファイルは変更しません。
このスキルは単独で機能します。適切な場合は検証済みのローカル/プロジェクトツールを使用します。AiiDAはオプションのプロvenance層であり、前提条件や読み取り可能なファイルの代替にはなりません。