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Diagramas Científicos y Esquemas

Crea diagramas científicos de calidad de publicación utilizando Nano Banana 2 AI con refinamiento iterativo inteligente. Utiliza Gemini 3.6 Flash para revisión de calidad. Solo regenera si la calidad está por debajo del umbral para tu tipo de documento. Especializado en arquitecturas de redes neuronales, diagramas de sistemas, diagramas de flujo, rutas biológicas y visualizaciones científicas complejas.

¿Qué es Diagramas Científicos y Esquemas?

Esta habilidad transforma descripciones en lenguaje natural en diagramas científicos listos para publicación. Utiliza Nano Banana 2 AI para generar las imágenes y Gemini 3.6 Flash para revisar automáticamente la calidad, aplicando umbrales específicos según el tipo de documento (por ejemplo, 8.5/10 para revistas, 6.5/10 para presentaciones). El proceso de refinamiento iterativo inteligente detiene la regeneración tan pronto como la calidad alcanza el umbral, ahorrando costos de API y tiempo. Soporta diagramas de flujo, arquitecturas de redes neuronales, rutas biológicas, circuitos y más, produciendo imágenes PNG rasterizadas almacenadas en una subcarpeta 'figures/'. La habilidad está diseñada para flujos de trabajo de escritura científica, presentación de propuestas de subvención y preparación de pósters académicos, integrando buenas prácticas de accesibilidad como la paleta Okabe-Ito y tipografía sans-serif.

Compatible con~Claude Code~Codex CLI~Cursor✓Gemini CLI
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/scientific-schematics

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Documentación

¿Qué hace Diagramas Científicos y Esquemas?

Descripción General

Los esquemas y diagramas científicos transforman conceptos complejos en representaciones visuales claras para su publicación. Esta habilidad utiliza Nano Banana 2 AI para la generación de diagramas con revisión de calidad Gemini 3.6 Flash.

Cómo funciona:

  • Describe tu diagrama en lenguaje natural
  • Nano Banana 2 genera automáticamente imágenes de calidad de publicación
  • Gemini 3.6 Flash revisa la calidad según los umbrales del tipo de documento
  • Iteración inteligente: Solo regenera si la calidad está por debajo del umbral
  • Salida lista para publicar en minutos
  • Sin necesidad de codificación, plantillas o dibujo manual

Umbrales de Calidad por Tipo de Documento:

Tipo de DocumentoUmbralDescripción
journal8.5/10Nature, Science, revistas revisadas por pares
conference8.0/10Artículos de conferencias
thesis8.0/10Disertaciones, tesis
grant8.0/10Propuestas de subvención
preprint7.5/10arXiv, bioRxiv, etc.
report7.5/10Informes técnicos
poster7.0/10Pósters académicos
presentation6.5/10Diapositivas, charlas
default7.5/10Propósito general

Simplemente describe lo que deseas, y Nano Banana 2 lo crea. Todos los diagramas se almacenan en la subcarpeta figures/ y se referencian en artículos/pósters.

Qué es la salida: un PNG rasterizado a la resolución que devuelva el modelo de imagen. Esta habilidad no tiene ruta vectorial ni control de DPI — si una revista requiere PDF, EPS o TIFF a 300 dpi, convierte el PNG posteriormente y verifica el resultado al tamaño de impresión final.

Inicio Rápido: Generar Cualquier Diagrama

Crea cualquier diagrama científico simplemente describiéndolo. Nano Banana 2 maneja todo automáticamente con iteración inteligente:

# Generar para artículo de revista (umbral de calidad más alto: 8.5/10)
python scripts/generate_schematic.py "Diagrama de flujo de participantes CONSORT con 500 evaluados, 150 excluidos, 350 aleatorizados" -o figures/consort.png --doc-type journal

# Generar para presentación (umbral más bajo: 6.5/10 - más rápido)
python scripts/generate_schematic.py "Arquitectura de codificador-decodificador Transformer que muestra atención multi-cabeza" -o figures/transformer.png --doc-type presentation

# Generar para póster (umbral moderado: 7.0/10)
python scripts/generate_schematic.py "Vía de señalización MAPK desde EGFR hasta transcripción génica" -o figures/mapk_pathway.png --doc-type poster

# Iteraciones máximas personalizadas (máx. 2)
python scripts/generate_schematic.py "Diagrama de circuito complejo con amplificador operacional, resistencias y condensadores" -o figures/circuit.png --iterations 2 --doc-type journal

Qué sucede entre bastidores:

  1. Generación 1: Nano Banana 2 crea la imagen inicial siguiendo las mejores prácticas de diagramas científicos
  2. Revisión 1: Gemini 3.6 Flash evalúa la calidad contra el umbral del tipo de documento
  3. Decisión: Si calidad >= umbral → LISTO (¡no se necesitan más iteraciones!)
  4. Si está por debajo del umbral: Se mejora el prompt basado en la crítica, se regenera
  5. Repetir: Hasta que la calidad cumpla con el umbral O se alcancen las iteraciones máximas

Beneficios de la Iteración Inteligente:

  • ✅ Ahorra llamadas a la API si la primera generación es suficientemente buena
  • ✅ Estándares de calidad más altos para artículos de revista
  • ✅ Procesamiento más rápido para presentaciones/pósters
  • ✅ Calidad adecuada para cada caso de uso

Salida: Imágenes versionadas (nombre_v1.png, nombre_v2.png), una copia de la ganadora en la ruta solicitada y nombre_review_log.json con la puntuación, crítica y motivo de parada temprana por iteración.

Cuando la revisión no se puede ejecutar — un límite de tasa, un filtro de contenido, o un revisor que responde de forma inesperada — la imagen aún se genera y guarda, pero no se inventa una puntuación para ella. El registro indica "score": null y "reviewed": false con el motivo en "review_error", y la ejecución imprime Revisión no disponible — imagen conservada, calidad no verificada. Trata esa imagen como no verificada y revísala tú mismo; vale la pena volver a ejecutarla, ya que el fallo suele ser transitorio.

Configuración

Establece tu clave de API de OpenRouter:

export OPENROUTER_API_KEY='tu_clave_api_aqui'

Obtén una clave de API en: https://openrouter.ai/keys

Los datos salen de la máquina. Tu prompt se envía a OpenRouter para generar la imagen, y la imagen generada se envía de vuelta a OpenRouter para la revisión de calidad. Ambos están sujetos a las políticas de datos de OpenRouter y de los proveedores de modelos subyacentes. No describas datos no publicados, información de pacientes ni nada bajo embargo en el prompt.

Mejores Prácticas para la Generación con IA

Prompts Efectivos para Diagramas Científicos:

✓ Buenos prompts (específicos, detallados):

  • "Diagrama de flujo CONSORT que muestra el flujo de participantes desde la selección (n=500) hasta la aleatorización y el análisis final"
  • "Arquitectura de red neuronal Transformer con pila de codificadores a la izquierda, pila de decodificadores a la derecha, que muestra atención multi-cabeza y conexiones de atención cruzada"
  • "Cascada de señalización biológica: Receptor EGFR → RAS → RAF → MEK → ERK → núcleo, con pasos de fosforilación etiquetados"
  • "Diagrama de bloques de sistema IoT: sensores → microcontrolador → módulo WiFi → servidor en la nube → aplicación móvil"

✗ Evita prompts vagos:

  • "Haz un diagrama de flujo" (demasiado genérico)
  • "Red neuronal" (¿qué tipo? ¿qué componentes?)
  • "Diagrama de vía" (¿qué vía? ¿qué moléculas?)

Elementos clave a incluir:

  • Tipo: Diagrama de flujo, diagrama de arquitectura, vía, circuito, etc.
  • Componentes: Elementos específicos a incluir
  • Flujo/Dirección: Cómo se conectan los elementos (izquierda a derecha, arriba a abajo)
  • Etiquetas: Anotaciones clave o texto a incluir
  • Estilo: Cualquier requisito visual específico

Directrices de Calidad Científica (aplicadas automáticamente):

  • Fondo blanco/claro limpio
  • Alto contraste para legibilidad
  • Etiquetas claras y legibles (mínimo 10pt)
  • Tipografía profesional (fuentes sans-serif)
  • Colores amigables para daltonismo (paleta Okabe-Ito)
  • Espaciado adecuado para evitar aglomeraciones
  • Barras de escala, leyendas, ejes cuando sea apropiado

Cuándo Usar Esta Habilidad

Esta habilidad debe usarse cuando:

  • Se crean diagramas de arquitectura de redes neuronales (Transformers, CNNs, RNNs, etc.)
  • Se ilustran arquitecturas de sistemas y diagramas de flujo de datos
  • Se dibujan diagramas de flujo de metodología para diseño de estudios (CONSORT, PRISMA)
  • Se visualizan flujos de trabajo de algoritmos y pipelines de procesamiento
  • Se crean diagramas de circuitos y esquemas eléctricos
  • Se representan vías biológicas e interacciones moleculares
  • Se generan topologías de red y estructuras jerárquicas
  • Se ilustran marcos conceptuales y modelos teóricos
  • Se diseñan diagramas de bloques para artículos técnicos

Cómo Usar Esta Habilidad

Simplemente describe tu diagrama en lenguaje natural. Nano Banana 2 lo genera automáticamente:

python scripts/generate_schematic.py "descripción de tu diagrama" -o output.png

¡Eso es todo! La IA maneja:

  • ✓ Diseño y composición
  • ✓ Etiquetas y anotaciones
  • ✓ Colores y estilo
  • ✓ Revisión de calidad y refinamiento
  • ✓ Salida lista para publicación

Funciona para todos los tipos de diagramas:

  • Diagramas de flujo (CONSORT, PRISMA, etc.)
  • Arquitecturas de redes neuronales
  • Vías biológicas
  • Diagramas de circuitos
  • Arquitecturas de sistemas
  • Diagramas de bloques
  • Cualquier visualización científica

No requiere codificación, plantillas ni dibujo manual.


Modo de Generación con IA (Nano Banana 2 + Revisión Gemini 3.6 Flash)

Refinamiento Iterativo Inteligente, Uso Avanzado y Ejemplos

El bucle de generar-revisar-refinar, la API de Python y las opciones de línea de comandos, la guía de ingeniería de prompts y cuatro ejemplos trabajados (diagrama de flujo CONSORT, arquitectura de red neuronal, vía biológica, arquitectura de sistema) se encuentran en references/iterative_refinement.md.

El bucle se detiene tan pronto como la revisión pasa, por lo que un diagrama simple generalmente cuesta una iteración; solo las figuras complejas utilizan el presupuesto completo.

Uso en Línea de Comandos

El punto de entrada principal para generar esquemas científicos:

# Uso básico
python scripts/generate_schematic.py "descripción del diagrama" -o output.png

# Iteraciones personalizadas (máx. 2)
python scripts/generate_schematic.py "diagrama complejo" -o diagrama.png --iterations 2

# Modo verbose
python scripts/generate_schematic.py "diagrama" -o out.png -v

Nota: El sistema de generación con IA Nano Banana 2 incluye revisión automática de calidad en su proceso de refinamiento iterativo. Cada iteración se evalúa en cuanto a precisión científica, claridad y accesibilidad.

Resumen de Mejores Prácticas

Principios de diseño — solicítalos en el prompt

  1. Claridad sobre complejidad - Simplifica, elimina elementos innecesarios
  2. Estilo consistente - Describe las mismas convenciones visuales en todas las figuras de un artículo
  3. Accesibilidad para daltonismo - Solicita la paleta Okabe-Ito y codificación redundante
  4. Tipografía apropiada - Fuentes sans-serif, etiquetas de tamaño generoso
  5. Flujo lógico - Indica la dirección (izquierda a derecha, arriba a abajo) explícitamente

El generador aplica todo esto por defecto, pero nombrarlos con tus propias palabras para el diagrama específico funciona mejor que confiar solo en las directrices integradas.

Lo que el pipeline no puede hacer

  1. Salida vectorial - Solo PNG; no se produce PDF, SVG o EPS
  2. Control de resolución - El modelo de imagen elige; no hay indicador de DPI
  3. Espacio de color - Solo RGB; convierte para flujos de trabajo de impresión CMYK posteriormente
  4. Grosores de línea o tamaños de texto exactos - Descríbelos en el prompt, luego verifica visualmente

Para una revista que requiera arte vectorial o TIFF a 300+ dpi, convierte el PNG después de la generación y verifica el resultado al tamaño en que realmente se imprimirá.

Directrices de Integración

  1. Incluir en LaTeX - Usa \includegraphics{} para las imágenes generadas
  2. Subtitular exhaustivamente - Describe todos los elementos y abreviaturas
  3. Referenciar en el texto - Explica el diagrama en el flujo narrativo
  4. Mantener consistencia - Mismo estilo en todas las figuras del artículo
  5. Control de versiones - Mantén los prompts y las imágenes generadas en el repositorio

Solución de Problemas Comunes

La generación es estocástica y la iteración está limitada a 2, por lo que las palancas que realmente cambian el resultado son el prompt, el tipo de documento y volver a ejecutar. No hay paso de posprocesamiento ni biblioteca de verificación de calidad en esta habilidad: todo lo que puedes inspeccionar se encuentra en el PNG generado y en <nombre>_review_log.json.

El diagrama es incorrecto

Texto superpuesto, elementos aglomerados o flechas que no alcanzan sus objetivos

  • Nombra el diseño en el prompt: "flujo vertical, una caja por fila, espacio generoso entre etapas"
  • Nombra las conexiones: "flecha de RAF a MEK etiquetada como fosforilación", no "muestra la cascada"
  • Vuelve a ejecutar. Dos ejecuciones del mismo prompt difieren, y un mal diseño suele ser solo un sorteo desafortunado

El contenido es científicamente incorrecto o falta un componente

  • Enumera los componentes explícitamente, con cantidades y etiquetas — el modelo no los inferirá
  • Lee el campo critique en el registro de revisión: el revisor generalmente menciona lo que vio faltante

Texto incorrecto en las etiquetas, o numeración de figuras incrustada en la imagen

  • El prompt ya prohíbe los títulos "Figura 1:"; si aparece uno de todos modos, vuelve a ejecutar
  • Las etiquetas mal escritas son el error más común de los modelos de imagen. Lee cada etiqueta antes de usarla

La puntuación parece incorrecta

La puntuación es más baja de lo que el diagrama merece

  • Lee la crítica antes de volver a ejecutar; la queja del revisor suele ser legítima y específica
  • El umbral, no la puntuación, decide si itera — --doc-type journal exige 8.5

Una ejecución se detiene con una puntuación por debajo del umbral

  • Eso es el límite de iteraciones. --iterations 2 es el máximo; la última imagen se conserva y se informa con su puntuación real

"score": null y "reviewed": false en el registro

  • La llamada de revisión falló o respondió de forma inutilizable. La imagen está bien y se conservó; solo su calidad nunca se midió. Verifica "review_error", mira la imagen tú mismo y vuelve a ejecutar

Configuración

Error: OPENROUTER_API_KEY not found

  • export OPENROUTER_API_KEY='sk-or-v1-...', o agrégalo a un archivo .env, o pasa --api-key

Error: requests library not found

  • uv pip install requests

Cualquier error de API — ejecuta con -v para ver la solicitud, el slug del modelo y el cuerpo completo del error

Recursos y Referencias

Referencias Detalladas

Carga estos archivos para obtener información completa sobre temas específicos:

  • references/iterative_refinement.md - El bucle de generar-revisar-refinar, la API de Python, cada opción de línea de comandos, guía de ingeniería de prompts y cuatro ejemplos trabajados
  • references/best_practices.md - Estándares de publicación y pautas de accesibilidad para usar al escribir prompts y al juzgar el resultado

Recursos Externos

Estándares de Publicación

Integración con Otras Habilidades

Esta habilidad funciona sinérgicamente con:

  • Escritura Científica - Los diagramas siguen las mejores prácticas de figuras
  • Visualización Científica - Comparte paletas de colores y estilo
  • Pósters en LaTeX - Genera diagramas para presentaciones de pósters
  • Subvenciones de Investigación - Diagramas de metodología para propuestas
  • Revisión por Pares - Evalúa la claridad y accesibilidad del diagrama

Lista de Verificación de Referencia Rápida

Antes de enviar diagramas, verifica:

Lee el registro de revisión (esta es la única verificación automatizada que existe)

  • <nombre>_review_log.json existe y "reviewed" es true en la iteración final
  • "final_score" es un número real, no null, y cumple con el umbral para tu tipo de documento
  • Lee el "critique" — los problemas restantes del revisor se enumeran incluso con una puntuación aprobatoria
  • Si se generó más de una versión, compara _v1 y _v2 y conserva la mejor

Mira la imagen tú mismo

  • Cada etiqueta está escrita correctamente — los modelos de imagen escriben mal el texto, y ninguna verificación automatizada aquí lo detecta
  • No hay texto superpuesto o recortado
  • Todas las flechas conectan los elementos que deben conectar
  • La ciencia es correcta — verifica que la arquitectura, la vía o el diagrama de flujo coincidan con tu conocimiento del dominio
  • La paleta de colores no oculta información para personas con daltonismo — apunta a la paleta Okabe-Ito
  • Se incluyen leyendas, barras de escala o etiquetas cuando la figura lo requiere

Prepara para el envío

  • La resolución es adecuada para el medio de salida (pantalla: 72-150 dpi; impresión: 300+ dpi)
  • La imagen se ha convertido al formato requerido por la revista (generalmente TIFF, EPS o PDF — convierte a partir del PNG)
  • Se ha verificado la legibilidad al tamaño de impresión final (generalmente ancho de columna de 80-90 mm)
  • El nombre de archivo es informativo (p. ej., fig1_consort_flowchart.png sobre image.png)
  • El diagrama se ha referenciado en el texto principal con un subtítulo descriptivo

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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