wiki-ingest 是做什么的？
对科学知识库实现 LLM-wiki 导入模式。 每篇导入的论文都会创建可追溯的、累积的知识，而不仅仅是孤立的笔记。
在首次导入之前，请阅读工具包中的
docs/GOTCHAS.md（关于导入、综合和 lint 的操作注意事项）。
模式
- 默认（导入）：
/wiki-ingest <paper>创建或更新论文笔记，并传播到概念和方法（默认工作流）。 - 验证模式：
/wiki-ingest verify:<PaperNote>根据论文全文重新验证现有笔记，并报告差异，而不重新生成或覆盖任何内容（参见references/VERIFY-DIFF-MODE.md）。除非用户确认每个编辑，否则为只读。
角色和边界
执行：创建或更新论文笔记，传播到概念和方法笔记，更新索引和日志，报告每次更改。
不执行：发明引用，为一次性概念创建概念笔记，或写入数据库。所有写入都通过主机的文件工具（Read/Write/Edit）进行。
文件位置
路径来自 wiki.config.json（存储库根目录、维基根目录、文件夹名称、语言、阈值）。默认值：
<vault_root>/
<wiki_root>/ # 默认：wiki/
papers/ concepts/ methods/ books/ fields/ debates/
WIKI_SCHEMA.md # frontmatter 合约、命名规则、分类法、导入协议
index.md log.md
templates/ # paper.md, concept.md, method.md, book.md, chapter.md, submoc.md, synthesis.md
下面的 <kit> 表示包含 tools/（seal.py、pmc_tables.py）的 science-wiki-kit 检出目录。其路径是 wiki.config.json 中的 kit_dir 键，由安装程序写入；如果缺失，则当技能从检出目录链接时，位于此技能目录上方两级。
在开始之前始终读取 WIKI_SCHEMA.md。 它定义了此维基的 frontmatter 合约、命名规则和领域分类法。
相关技能
wiki-lint：共享wiki.config.json（用于索引更新的短横线命名到标题命名映射）。每次导入后运行它以验证没有引入偏差。wiki-ingest-book：书籍和章节的配套技能。相同的状态规则和索引路由适用。wiki-synthesize：消费此技能生成的笔记。
初始状态决定（应用于每个新笔记）
有目的地设置 status。不要保留模板默认值。下面的 N 是配置中的 min_distinct_sources_for_final（默认值 2）。
| 笔记类型 | 条件 | 初始 status |
|---|---|---|
| 论文 | 摘要 + 至少提取了 2 个有来源的发现 | read |
| 论文 | 仅 DOI/标题元数据，无全文 | stub + > [!warning] 存根：待导入。 标注 |
| 概念 | 至少 2 个来自 N 个或更多不同来源作品 的有来源发现 | final |
| 概念 | 至少 2 个有来源的发现，全部来自 单个来源作品 | draft（单一来源综合） |
| 概念 | 定义 + 1 个有来源的发现 | draft |
| 概念 | 仅定义，无关键发现 | stub + > [!warning] 存根：尚无有来源的发现。 标注 |
| 方法 | 定义 + N 个或更多不同来源作品 在“使用此方法的论文”下 | final |
| 方法 | 定义且仅 1 个来源作品 | draft（单一来源） |
| 方法 | 定义但无来源引用 | draft |
| 方法 | 只有骨架 | stub |
晋升为
final需要 N 个不同的来源作品。 “不同”计数独立的论文或书籍：一本书的父笔记及其自身章节笔记（Author_2025+Author_2025_Ch01+Author_2025_Ch02）合并为 一个 作品，同一本书的多个章节也是如此。单个丰富的来源（系统评价、教科书章节）可能会创建一个概念并产生几个发现，但笔记保持draft，直到第二个独立来源支持它。当向draft笔记添加发现时，在编辑后计数不同的作品，仅当计数达到 N 时才提升，并在导入报告中记录提升。单一来源的draft笔记在正文中包含简短的一行“单一来源综合，摄入第二个来源时请确认”。
默认工作流
1. 读取模式
读取 WIKI_SCHEMA.md。
2. 解析论文来源
按顺序尝试，使用您环境提供的任何方式：
- 参考文献管理器（支持 Zotero MCP 适配器）：搜索，然后元数据，然后全文。序列和搜索注意事项见
references/INGEST-WORKFLOW.md。 - 出版商 XML 表格（PMC 中的开放获取）：如果 DOI 有 PMCID，则可以从 Europe PMC JATS 逐个单元格提取表格，独立于 PDF 文本层：
python <kit>/tools/pmc_tables.py <DOI> --out _temp/<stem>_pmc.md --body（退出码 2 表示无 PMCID）。在打开页面图像前对照 JATS 检查表格编号；在 JATS 与 PDF 不一致的情况下，打印的 PDF 胜出，并记录差异。无 PMCID：使用 PDF。 - PubMed MCP（论文不在参考文献管理器中）：按关键词搜索，然后通过 PMID 获取（DOI 可能返回空的
full_text）。将 PMID 存储在论文笔记的notes:字段中。仅用于生物医学论文，并在用户确认论文不在其库中后使用。 - 仅 DOI：记录它；不要编造元数据。
- 网络文章（开放获取 HTML/URL）：首先使用网络转 Markdown 工具（例如
defuddle技能）转换为干净的 Markdown，然后将输出视为摘要和正文。当没有 DOI 时，使用 URL 作为引用来源。 - 手动：用户粘贴摘要或文本。提取元数据并标记未知内容。
PDF 所在位置很重要：笔记绝不能引用将被清理的工作文件夹（Downloads/、临时目录）。在编写笔记之前，将 PDF 整理到您团队使用的库位置，并在 source_verification 中记录。如果论文不在库中，或者正确的集合不明确，请在移动任何内容之前询问用户。
3. 确定论文笔记文件名
格式：FirstAuthor_Year_Keyword.md
- FirstAuthor = 第一作者的姓氏（仅 ASCII，无重音，无空格）
- Year = 4 位数字
- Keyword = 1 到 3 个单词的描述符（CamelCase 或下划线，无空格）
- 示例：
Smith_2023_Eccentric_Training.md
重复和身份检查（在任何写入之前运行；它防止静默数据丢失）：
- 通过内容搜索基本名称确认存在，或使用
test -f "<wiki_root>/papers/{filename}.md"。不要信任单个 glob 返回“未找到文件”：文件 glob 工具曾为存在的笔记返回假阴性，之后盲写的Write会覆盖一个完全传播的笔记。如果Write错误显示“文件尚未读取”，则证明笔记存在：读取它并就地更新，切勿从头重写。 - 如果现有笔记是
status: stub，不要假设它是同一篇论文。 从另一篇论文的引用上下文创建的存根携带临时元数据，有时是不同论文（错误的年份，论文与书籍章节，两篇相关论文混淆）。首先解析真实来源，并对照存根和引用笔记的参考文献列表比较作者、年份和期刊。如果是不同论文，将其导入为新笔记，并保留或改进存根。 - 如果确认为同一篇论文，就地更新；切勿创建重复项。一旦有了全文，文件名可能会合理更改为更具描述性的关键词。如果发生更改，重新链接每个
[[OldName]]并删除孤立的存根，然后重新运行wiki-lint以确认没有损坏的链接。 - 引用键身份保护。 同一篇论文的两个笔记可能带有不同的文件名，因此干净的基本名称探测不能证明身份。一旦参考文献管理器解析了项目，在
papers/中搜索您即将写入的确切引用键（grep -l '^citekey: "\?{citekey}"\?$' papers/*.md）。在另一个文件名上匹配意味着该论文已导入：更新该笔记。精确字符串匹配，因此无假阳性。
4. 创建或更新论文笔记
从 templates/paper.md 写入 <wiki_root>/papers/{filename}.md。用已解析的元数据填充每个 frontmatter 字段。将 last_verified 设置为今天的日期（导入是一个验证事件）。从 WIKI_SCHEMA.md 中的分类法 slug 分配 research_lines。
5. 提取和评估
对摘要、结果和讨论进行一次遍历，同时完成以下所有操作：
- 识别 3 到 8 个领域概念（经验结构、变量）和 1 到 4 个主要方法。启发式方法在
references/INGEST-WORKFLOW.md中。 - 分类
evidence_level：研究设计，来自WIKI_SCHEMA.md中的受控词汇表（SR-MA、RCT、cohort等）。这是实时综合层权重的设计轴。测量质量轴在相关时保持在每个发现的内联中（(MRI)、(anthropometric estimate)），绝不在 frontmatter 中。 - 研究路线路由：将论文与
WIKI_SCHEMA.md中的研究路线进行匹配。如果相关内容没有匹配的路线，则在传播之前向模式添加一个（追加一个 slug + 标签对；切勿重命名或删除现有路线）。如果模棱两可，使用最接近的路线并在报告中标记。 - 概念与方法路由：经验发现进入
concepts/；统计工具、研究设计和测量协议进入methods/。在此处决定。 - 纯方法论快捷方式：如果论文没有经验性声明，跳过第 6 步，直接转到第 7 步。
5b. 证据表，在任何传播之前
对于每个将到达 concepts/ 或 methods/ 中笔记的发现（包括“使用此方法的论文”下的声明），在临时文件中写入一行（绝不在维基中）：
| 目标笔记 | 发现，将按原样写入 | 来自来源的逐字引用 | 页面（PDF/印刷版） | 章节、表格或图形 |
- 来源是 PDF（或表格单元格的 JATS）。仅摘要或无 PDF：在文本中标记发现为
abstract only并在报告中说明。 - 每个具体内容都需要其引用：每个图形、人群、设备、机制、命名实体和强度动词。拆分发现，或使用多个引用，直到全部涵盖。
- 阅读命中点周围的整个段落或表格行，而不仅仅是匹配的数字。
- 表格、图形、符号、置信区间和 ±：渲染页面并查看它。文本提取是一个假设，图像是证据。某些 PDF 在文本层中丢失减号（
-5.2%提取为25.2%），产生看似合理的错误数字。 - 缺乏需要正面搜索，在布局和非布局文本中，并使用拼写变体，然后再将任何内容写为“论文不……”。
5c. 在写入前检查表格
在触及任何笔记之前，对照其引用读取每一行。如果子代理提取了论文，则在 PDF 中重新读取每一行，而不仅仅是带有图形或符号的行。需要判断的缺陷类别：超出来源的推断、归因错误、错误数字、丢失修饰语、无根据的 superlative、错误实体、编造细节、遗漏。
- 引用不支持的行被缩减为引用所说的内容，或删除。源笔记不是证据：它来自相同的提取。
- 保留来源的修饰语（“可能”、“似乎”、“可能是由于”）及其人群。
- 维基自身的阅读被标记为维基的；切勿将其写为来源的行为或结论。
只有通过的行才能进入第 6 步和第 7 步。
6. 传播到概念笔记
对于第 5 步中的每个概念：
- 检查
concepts/{Concept_Name}.md是否存在。 - 存在：在“关键发现”下使用带有
[[paper_note]]反向链接的发现追加。如果出现新链接，更新related_concepts。 - 不存在：首先应用
references/CONCEPT-PROPAGATION.md中的创建规则。
7. 传播到方法笔记
对于第 5 步中的每个方法：
- 检查
methods/{Method_Name}.md是否存在。 - 存在：在“使用此方法的论文”下添加该论文。
- 不存在：从
templates/method.md创建。
8. 更新论文笔记 frontmatter
用创建或更新的概念和方法笔记填充 concepts_touched。
写入后验证：concepts_touched 中的每个名称都必须解析为 concepts/ 或 methods/ 中的现有笔记。写入后，重新检查每个基本名称。如果有一个未解析，则立即创建缺失的存根或删除该名称。悬空引用会变成静默的 lint 偏差。
8b. 密封源笔记
在论文笔记的 source_verification 中记录验证（一行：参考文献管理器键、日期、对照什么检查了什么）。然后密封每个接收发现且其行通过 5c 的（笔记，作品）对：编写一个小的 JSON 规范并运行 python <kit>/tools/seal.py spec.json --dry-run，然后不带 --dry-run 运行（格式和规则见 docs/SEALS.md）。仅对照摘要检查的作品不获得密封。从系统时钟获取日期（date +%F），切勿估算。
9. 收尾
三次编辑，然后是报告。使用 wiki.config.json 中的 field_titlecase_map 为每个新概念或方法找到正确的子部分；切勿追加到章节末尾的带日期通用块。
index.md：如果索引嵌入了 Obsidian Bases 视图（配置中的index_mode: bases），则不要维护每个笔记的列表；只更新策划的## Quick Stats计数和相关的## Coverage by Field行，然后重新读取表格（新鲜维基没有这两个部分：跳过此操作，在您添加它们之前不会偏离）。在manual模式下，将笔记添加到正确的字母顺序位置。切勿触碰冻结的旧索引。- 子 MOC 路由（参见
WIKI_SCHEMA.md，子 MOC 架构）：解析笔记的field+subfield，计算fields/{field-slug}/MOC_{Title_Case_Underscore(subfield)}.md（短横线命名转 Title_Case，确定性，无需映射）。如果不存在，从templates/submoc.md创建，并向领域 MOC 的子 MOC 索引添加一行。在子 MOC 的正确部分下添加笔记（概念笔记、方法笔记、论文、书籍）
...
[为翻译截断]