Communitygithub.com

matlab

Construa, revise, migre e planeje com segurança fluxos de trabalho numéricos em MATLAB ou GNU Octave, incluindo arrays, dados tabulares/temporais, testes, projetos, gráficos, arquivos MAT e interoperabilidade explícita com Python.

O que é matlab?

Esta skill capacita agentes de IA a projetar, revisar e planejar a execução de código numérico nos ambientes MATLAB e GNU Octave. Ela impõe uma fronteira de segurança crítica: o agente nunca executa código ou artefatos não confiáveis, realizando apenas análise estática e geração de planos de execução que requerem aprovação explícita do usuário. A skill é útil para engenheiros e cientistas que precisam migrar entre versões do MATLAB, preparar projetos reproduzíveis ou integrar código MATLAB com Python, garantindo que licenças, dependências e limites de produtos sejam respeitados. Ela fornece uma série de scripts auxiliares locais (como `scan_m_code.py` e `plan_batch_command.py`) que operam sem rede, execução ou escrita, e oferece diretrizes detalhadas sobre indexação, tolerâncias numéricas, manipulação de tabelas, gráficos, arquivos MAT e interoperabilidade Python, sempre com foco em segurança e reprodutibilidade.

Funciona com~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/matlab

Perguntar na sua IA favorita

Abre um novo chat com esta habilidade de agente já pré-carregada.

Documentação

MATLAB e GNU Octave

Use esta skill para projetar ou revisar código numérico, migrar versões do MATLAB, preparar projetos reproduzíveis e planejar execução confiável. MATLAB e GNU Octave são produtos distintos: a compatibilidade é parcial, não uma garantia de licença ou comportamento.

Portão de produto e licença

  • MATLAB R2026a é proprietário. Não assuma que MATLAB, MATLAB Online, uma toolbox específica, MATLAB Test, MATLAB Compiler, MATLAB Coder, Parallel Computing Toolbox ou um complemento está instalado, licenciado ou disponível para o usuário.
  • MATLAB Runtime não é MATLAB. Ele executa aplicações compatíveis produzidas com MATLAB Compiler; não pode executar código-fonte arbitrário ou hospedar o MATLAB Engine para Python. A criação de artefatos requer o compilador licenciado aplicável e todos os produtos usados pela fonte.
  • GNU Octave 11.3.0 é software livre sob GPLv3+. Pacotes do Octave não são toolboxes do MATLAB. Nomes semelhantes não implicam equivalência de API, numérica, gráfica ou de licenciamento.
  • Pergunte qual ambiente de execução, versão, plataforma, produtos instalados e contexto de licença o usuário realmente possui. Trate a disponibilidade como desconhecido até confirmação.

Consulte compatibilidade Octave e limites de execução/produto.

Fronteira de segurança inegociável

Nunca execute um arquivo .m, .mlx, binário MEX, arquivo MAT, ação de inicialização ou encerramento de projeto, instalador de pacote ou artefato gerado não confiável. A revisão estática não prova segurança.

Trate estas como superfícies de execução ou carregamento de código:

  • eval, evalin, assignin, feval derivado de texto, str2func, callbacks, timers, callbacks de aplicativos e caminhos modificados dinamicamente;
  • system, unix, dos, escape de shell !, Java, .NET, Python (py.*, pyrun, pyrunfile), MEX e bibliotecas nativas;
  • mex, codegen, MATLAB Compiler, tarefas de compilação, inicialização de pacotes/projetos e código gerado;
  • load, desserialização de objetos (loadobj, serialização personalizada), handles de função, objetos Java/System e código de classe acessível a partir de arquivos MAT.

.mlx é um arquivo opaco para este kit de ferramentas e MEX é código executável nativo. Não use pickle do Python para troca. Inspecione primeiro, isole quando apropriado, obtenha aprovação explícita, então invoque um executável e licença confirmados pelo usuário. Scripts incluídos são ferramentas estáticas ou de simulação: nenhum inicia MATLAB, Octave, Python Engine, um compilador ou um subprocesso.

Fluxo de trabalho padrão

  1. Esclareça o alvo. Registre a versão do MATLAB ou Octave, SO/arquitetura, produto base versus toolboxes/pacotes necessários, entradas/saídas esperadas, tolerâncias numéricas e se a execução está autorizada.
  2. Inventário estático. Escaneie arquivos .m, artefatos opacos, caminhos de projeto, produtos necessários e cabeçalhos MAT antes de qualquer carregamento em tempo de execução.
  3. Escolha a forma de código. Prefira funções com um bloco arguments para automação. Use scripts apenas para orquestração controlada e live scripts para narrativas interativas revisadas.
  4. Torne a semântica explícita. Registre formas, classes, unidades, regras de valores ausentes, indexação, expansão implícita, algoritmo/semente de RNG, tolerâncias e formatos de saída.
  5. Teste sem estado oculto. Mantenha dados sintéticos locais ao projeto, caminhos locais ao projeto, gráficos determinísticos e testes independentes de resíduos do workspace base.
  6. Planeje a execução. Gere um plano de argv, revise efeitos de inicialização/caminho e licenças, e inicie apenas após aprovação explícita fora destes auxiliares.
  7. Capture proveniência. Faça hash de entradas/código nomeados e registre versão, produtos, política de RNG, tolerâncias e plano de comandos sem despejar o ambiente.

Lista de verificação de linguagem e dados

Scripts, funções e live scripts

  • Scripts compartilham o workspace do chamador/base e deixam variáveis para trás. Funções têm workspaces locais e entradas/saídas explícitas.
  • Live scripts (.mlx) misturam código e saída rica, mas não são artefatos de revisão em texto simples. Exporte o código revisado para .m para inspeção estática.
  • Evite clear all, addpath(genpath(...)) amplo, dependência de pwd, variáveis globais e sombreamento silencioso de nomes. Use raízes de projeto e fullfile.
  • Valide tamanhos, classes e valores em blocos arguments. Lembre-se de que declarações de tipo podem converter entradas; validadores verificam sem converter.
  • O arquivo de função principal deve corresponder ao nome da função principal. Funções locais são privadas ao arquivo; desde R2024a, podem aparecer em qualquer lugar de um script fora de contextos condicionais.
function y = scaleSignal(x, options)
arguments
    x (:,1) double {mustBeFinite}
    options.Scale (1,1) double {mustBeFinite, mustBeNonzero} = 1
end
y = x .* options.Scale;
end

Leia programação.

Arrays, indexação e numéricos

  • MATLAB usa indexação baseada em 1, coluna-major. A(i,j), A(k), A(:,j), A{...} e A.(name) têm semânticas diferentes.
  • *, /, \) e ^ são operações matriciais; formas pontilhadas são elemento a elemento. Use A\b, não inv(A)*b.
  • Desde R2016b, dimensões compatíveis se expandem implicitamente. Afirme a forma pretendida antes de operações que poderiam acidentalmente formar um resultado externo.
  • Pré-aloque quando o tamanho da saída for conhecido, mas não vetorize ao custo de temporários enormes ou código ilegível. Meça com timeit ou o profiler.
  • Compare resultados de ponto flutuante com tolerâncias absolutas e relativas escolhidas para o domínio, não com == genérico ou um múltiplo mágico de eps.
  • Fixe tanto o algoritmo aleatório quanto a semente. Use subfluxos nomeados RandStream para trabalho paralelo independente; não use rng("shuffle") baseado em tempo para uma alegação de reprodutibilidade.

Leia arrays e matemática.

Tabelas, timetable e valores ausentes

  • Uma table tem variáveis nomeadas de mesma altura que podem ter tipos diferentes. T(linhas,vars) retorna uma tabela; T{linhas,vars} extrai conteúdos; T.Var seleciona uma variável.
  • Uma timetable adicionalmente tem tempos de linha. Classifique, valide fusos horários e unicidade, então use retime/synchronize intencionalmente.
  • Sentinela de ausentes são específicos de tipo: NaN, NaT, <missing>, <undefined> e vetores de caracteres vazios. Arrays inteiros e lógicos não têm sentinela de ausente padrão.
  • Defina opções de importação em vez de confiar em inferência para dados de produção. Preserve unidades, fusos horários, nomes de variáveis, codificações e regras de ausentes.

Leia importação/exportação de dados.

Gráficos e exportação

Use handles explícitos de figura/eixos e tiledlayout; rotule unidades; defina limites, escalas de cor, tamanhos de fonte e colormap deliberadamente. Prefira exportgraphics em vez de saveas para saída de publicação. Em R2026a, exporta raster, PDF/EPS/EMF, SVG, GIF e HTML interativo; as capacidades de formato diferem. Especifique ContentType="vector" para saída PDF/SVG adequada e Resolution para saída raster. Revise acessibilidade e comportamento de raster incorporado.

Leia gráficos e exportação.

Arquivos MAT e troca

  • Versão 7 é o padrão save normal; matfile cria 7.3 por padrão. As versões 4/6/7/7.3 diferem em tipos, compressão e limites por variável.
  • Versão 7.3 é baseada em HDF5, não um contrato de troca HDF5 arbitrário. Acesso parcial e chunking podem ajudar com arrays grandes.
  • Nunca carregue um arquivo MAT não confiável. Inventarie cabeçalhos/conjuntos de dados primeiro. Objetos podem invocar comportamento de desserialização de classes; conteúdo opaco de função/nativo requer escalação.
  • Prefira CSV/JSON/Parquet/HDF5 com um esquema documentado para troca simples. Não renomeie cargas pickle como arquivos MAT e não desserialize pickle.

Leia importação/exportação de dados.

Projetos, análises e testes

  • Use MATLAB Projects para caminhos controlados, tarefas de inicialização/desligamento, dependências, controle de versão e pontos de entrada reproduzíveis. Revise ações do projeto antes de abrir um projeto não confiável.
  • matlab.codetools.requiredFilesAndProducts e Dependency Analyzer são aproximações estáticas; despacho dinâmico pode causar omissões ou falsos positivos. Um relatório de produto necessário não prova que uma licença está disponível.
  • Use Code Analyzer (codeIssues; fluxos de trabalho de texto legados podem usar checkcode) e codeCompatibilityReport antes da migração.
  • MATLAB base inclui fluxos de trabalho matlab.unittest baseados em script, função e classe. Execuções paralelas requerem Parallel Computing Toolbox. Seleção baseada em dependência, painéis de qualidade mais ricos, testes gerados e recursos avançados de cobertura/equivalência podem exigir MATLAB Test ou outros produtos.
  • R2026a runtests abre e depois fecha automaticamente um projeto quando os testes alvo pertencem a um projeto que ainda não está aberto. Considere ações de inicialização e desligamento antes de usar este comportamento.

Leia programação e execução/testes.

Integração Python, fixada no R2026a

  • R2026a suporta CPython 64-bit 3.9-3.13 para MATLAB Interface to Python, MATLAB Engine for Python e MATLAB Compiler SDK for Python.
  • O pacote PyPI R2026a atual revisado aqui é matlabengine==26.1.12 (lançado em 2026-05-08). Ele requer um R2026a instalado; MATLAB Runtime sozinho é insuficiente. R2026a também inclui uma distribuição Engine pré-instalada sob um caminho nomeado matlabroot.
  • A instalação do pacote não concede licenças MATLAB ou de toolbox. Configure um interpretador/executável nomeado; não imprima o ambiente completo, PATH, PYTHONPATH ou credenciais.
  • pyenv controla a seleção do interpretador MATLAB-para-Python. Python in-process geralmente requer reiniciar o MATLAB para alternar; Python out-of-process pode ser encerrado e reconfigurado.
  • Iniciar Engine é uma ação de execução explícita: matlab.engine.start_matlab() inicia um processo MATLAB e pode verificar uma licença. Nunca o chame apenas para verificar disponibilidade.
  • Verifique a semântica de conversão para arrays NumPy, DataFrames pandas, tabelas/timetable, strings/valores ausentes, datetime/duration, dicionários, forma/ordem e casos não suportados esparso/objeto/categórico.

Leia integração Python.

CLIs auxiliares locais

Cada auxiliar é livre de rede, limitado, rejeita links simbólicos e não executa. Execute a partir do diretório desta skill com Python 3.11+. Bash é permitido apenas para invocar estes CLIs Python e comandos de validação; nunca o use para executar um plano de argv MATLAB/Octave gerado ou artefato não confiável.

AuxiliarPropósito
scripts/plan_batch_command.pyProduzir argv MATLAB/Octave revisado; nunca executar
scripts/scan_m_code.pyEscanear texto .m e sinalizar riscos opacos de .mlx/MEX
scripts/validate_project_manifest.pyValidar caminhos e status declarado de produto/licença
scripts/inventory_mat_file.pyInventário de cabeçalho/metadados; nunca chamar loadmat
scripts/plan_python_compatibility.pyVerificar compatibilidade CPython/Engine R2026a
scripts/reproducibility_report.pyHash de artefatos locais nomeados e emitir relatório limitado
scripts/generate_function_scaffold.pySimular ou criar esqueletos de função e teste unitário
python scripts/scan_m_code.py caminho/para/fonte --root caminho/para/projeto
python scripts/plan_batch_command.py matlab script caminho/para/main.m --root caminho/para/projeto
python scripts/validate_project_manifest.py manifest-do-projeto.json --root caminho/para/projeto
python scripts/inventory_mat_file.py dados.mat --root caminho/para/projeto
python scripts/plan_python_compatibility.py --python-version 3.13
python scripts/reproducibility_report.py --root caminho/para/projeto --file src/analisar.m
python scripts/generate_function_scaffold.py analyzeSignal --root caminho/para/projeto

O gerador de esqueleto usa simulação por padrão; escrita requer --write e recusa colisões. SciPy e h5py são backends opcionais de inventário; se autorizados, adicione versões revisadas exatas ao arquivo de bloqueio do projeto do chamador. Eles não são necessários para --help ou inventário apenas de cabeçalho, e esta skill não realiza instalação de pacotes.

Referências

Ativos JSON incluídos são o manifesto de projeto, manifesto de reprodutibilidade e tabela Python R2026a. Não há diretório templates/ e nenhum arquivo Markdown é carregado de assets/; testes de link local reforçam este contrato de pacote.

Fontes primárias (verificadas em 2026-07-23)

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

Habilidades Relacionadas