KEGG-대사산물-매퍼은(는) 무엇을 하나요?
차별적 대사산물을 KEGG 화합물 ID 및 KEGG 경로에 매핑하고 생물학적 해석을 제공하는 Codex 스킬입니다.
개요
이 스킬은 사용자가 차별적 대사산물 목록을 제공하면 자동으로 KEGG 데이터베이스를 쿼리하여 해당 화합물 ID를 찾고 관련 경로를 식별한 후, 생물학적 맥락에서 결과를 해석합니다. 대사체학 데이터 분석을 간소화하여 수동 매핑 작업을 제거합니다.
사용법
- 입력 형식: 대사산물 이름 목록을 포함한 CSV 또는 Excel 파일을 제공합니다.
- 스킬이 각 대사산물을 KEGG 화합물 ID에 매핑합니다.
- 매핑된 화합물을 기반으로 관련 KEGG 경로를 식별합니다.
- 경로 농축 분석을 수행합니다.
- 생물학적 해석을 포함한 마크다운 보고서를 생성합니다.
지원 플랫폼
- Codex: OpenAI의 Codex 에이전트와 함께 사용하도록 설계되었습니다.
- Python 기반: KEGG API 및 데이터 처리를 위해 Python 라이브러리를 활용합니다.
구성
- Python 3.7+ 필요
- 주요 종속성:
pandas,requests,biopython - 환경 변수는 필요하지 않습니다.
예시
# 대사산물 목록 예시
Lactate
Glucose
Pyruvate
Citrate
매핑 후 스킬은 KEGG 화합물 ID(예: C00186 for Lactate)와 관련 경로(예: hsa00010: Glycolysis / Gluconeogenesis)가 포함된 보고서를 생성합니다.
제한 사항
- 신규 또는 드문 대사산물은 KEGG에 ID가 없을 수 있습니다.
- KEGG API 속도 제한이 적용될 수 있으므로 대규모 목록의 경우 요청을 지연시킵니다.