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SciToolsmith/academic-figure

Improve the scientific expression, visual quality, and reproducibility of research figures with a 180-case atlas and 23 open Python/R templates.

academic-figure とは?

academic-figure is a Claude Code agent skill that improve the scientific expression, visual quality, and reproducibility of research figures with a 180-case atlas and 23 open Python/R templates.

対応~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add SciToolsmith/academic-figure

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ドキュメント

科研图形优化

目标:在保持科学含义、不越过证据边界的前提下,提升科研图形的科学表达、视觉质量与可复现性;必要时,推荐与数据和研究问题更匹配的表达方式。

本 Skill 是路由器,不是长提示词。每次调用先读 manifest.yaml,再读其 always_load 中的核心文件。只按任务需要加载深层参考,不要一次性读取全部案例和提示词。

1. 判断任务路由

只有一张图时仍可审校视觉表达并推荐候选结构,但不得声称已验证原始数据、统计方法或结论。

2. 先建立简短图形契约

绘图前确认:

  1. 一句话研究问题或图形要支持的信息。
  2. 观察单位、分组/配对/重复测量关系。
  3. 关键变量的含义、尺度、单位和变换。
  4. 要展示的原始值、效应、不确定性、模型输出或关系结构。
  5. 目标读者、最终尺寸和输出格式。

只在缺失信息会改变科学含义、图形家族或统计表达时追问;一次最多 3 个具体问题。

3. 检索案例,不凭外观硬套

将“研究目标 + 数据结构 + 变量关系 + 图形线索”组成查询:

python scripts/search_cases.py "配对对象 两个时点 显示个体变化与不确定性" --limit 5
  1. 先看前 5 个结果元数据,再只打开最相关的 1–3 张缩略图。
  2. 先选科学与结构匹配的案例,再比较视觉风格。
  3. 确定候选案例后,才读对应语言提示词:
python scripts/search_cases.py "rf-0156" --limit 1 --language python --include-prompt --json
  1. 不要整体加载 case-prompts.json。案例是结构和设计证据,不代替对用户数据的判断。

若检索结果同时给出 templatePath,且 openImplementation 中目标语言为 true,先读该模板的 README.md,再只打开目标语言脚本。没有这两个条件时,不得把图鉴案例称为开放源码模板。

4. 决定复用深度

参照 references/asset-adaptation.md 明确选择:

  • exact:数据契约与证据任务高度一致,只替换数据映射和参数。
  • structural:保留信息架构,根据新数据改面板数量、布局和编码。
  • style-only:只借用配色、层级、留白、字体和标注原则。
  • new:案例不匹配时重新设计,不为了“像”而牺牲科学合理性。

布局必须随数据自适应。参考案例是 3×2,不代表用户数据也应生成 3×2;可改为单图、1×2、2×1、分页或多张输出。

5. 解析语言并执行

  • 用户指定 Python/R,或提供了明确语言的代码:沿用该语言。
  • 只要审校或选图:不必先问语言。
  • 要生成代码但语言不明:说明技术路线;若两者都合适,只问一个简短问题。

确定后只加载一份语言片段:

有真实数据时必须使用真实数据,不得用模拟数据替换。没有数据且用户希望看可运行演示时,可用明确标注、固定随机种子的中性模拟数据;不得将其解读为真实结论,也不得在真实数据读取失败后静默切换。

6. 交付最小完整包

生成或修改图形时,默认交付:

  1. 选图与布局理由。
  2. 字段映射、统计口径和数据排除记录。
  3. 完整、可运行的选定语言脚本,依赖与运行命令。
  4. PDF/SVG 之一,以及适用时的 300 DPI 以上 PNG/TIFF。
  5. 最终尺寸下的视觉检查和仍需人工确认的科学风险。

只审校或选图时,不要为了显得完整而擅自写代码、改数据或生成新图。

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