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Scientific Figures（論文品質）

1219個のすぐに実行可能なmatplotlibジェネレーター（番号0～1218）は、高級ジャーナルの図表美を再現します。Times New Roman全体、薄いダークグレーのスパイン、ミュートされた彩度のパレット、タイトなマルチパネルグリッド、閾値およびメトリック注釈、周辺密度、300dpi出力。

すべてのスクリプトは自己完結型です。引数なしで実行し、独自の合成データを生成し、番号にちなんだ名前でoutput/にPNGを書き込みます。

cd scripts
python fig_threshold_regression.py     # -> output/01_threshold_regression.png

適切な図表を見つける

このファイルを読んでチャート名を探さないでください。カタログは分割されているため、必要なものだけをロードできます。

1. catalog/INDEX.md を読む — 135グループ、各グループは分野またはチャートファミリーで、番号範囲が付いています。
2. 該当するグループファイルを1つ読む。各グループは、その範囲内のすべての図表と、それが描画する内容、およびいつ使用するかをリストしています。
3. 適応する前にそのスクリプトを読む。

チャート名がすでにわかっている場合は、インデックスをスキップしてすべてのグループを検索します。

grep -ril "sankey" catalog/
grep -ril "生存曲線\|kaplan" catalog/

実行前に図表がどのように見えるかを確認するには、reference/thumbs/<number>_<name>.jpg を開きます。1219すべてが縮小されて保存されています。reference/curated/ には、そのうち33個がフル解像度で保存されています。

カタログに該当するものがない場合は、汎用グループ（0-54）から始めてください。分布、相関、回帰、ランキング、構成、時系列を、どの分野でも借用できる形式で提供しています。

フォント：初回実行前に必読

ハウスフェイスはTimes New Romanです。これはプロプライエタリであり、バンドルされていません。代わりにfonts/にはTinos（SIL OFL）が含まれており、バイト単位で同一のアドバンス幅を持つため、実物がマシンにインストールされているかどうかに関係なく、図表のレイアウトは同じになります。出力を信頼する前に、スタックが解決されることを確認します。

cd scripts
python check_typography.py --metrics
#   vs Tinos              identical    (Tinos-Regular.ttf)

matplotlibがDejaVuにフォールバックする場合、set_pub_style()は静かに劣化するのではなくエラーを発生させます — 誤った書体はPNGベースのチェックでは見えません。詳細は fonts/README.md を参照。

要件

matplotlib>=3.6 と numpy はすべての図表に必要です。scipy、pandas、seaborn、scikit-learn、openpyxl、Pillow はライブラリとツールのサブセットに必要です。3.6フロアが重要な理由：グリフごとのフォントフォールバックにより、中国語のラベルが宋体を借用し、数字はTimesのままにできます。

pip install -r requirements.txt

共有スタイル：scripts/pubstyle.py

新しい図表でこれをインポートして美観を一致させます。

from pubstyle import (set_pub_style, PALETTES, savefig, style_axes,
                      panel_title, add_figure_header, header_height,
                      panel_labels_inches)

set_pub_style()                       # rcParamsを一度適用；自分で触れない
fig, axes = ...                       # 図表を構築
panel_title(axes[0], "Drift magnitude over time")

head = header_height(fig, subtitle=True)
fig.tight_layout(rect=[0, 0.03, 1, 1 - head / fig.get_size_inches()[1]])
add_figure_header(fig,
                  "Loop closure removes unbounded drift",   # 結論
                  subtitle="n = 240 trajectories, 8 sequences")
panel_labels_inches(fig, axes)        # (a) (b) (c) を等しいインチオフセットで

savefig(fig, "my_fig.png")            # 300 dpiでoutput/へ

サイズは pubstyle.TYPE_SCALE から取得されるため、これらのヘルパーが代わりに行う場合は fontsize= を渡さないでください。PALETTES の主要パレット： teal_rust、blue_red、greens、earth、div_rdbu、pastel4、zones、および色覚障碍者セーフな cb_* ランプ。matplotlibのデフォルトではなくこれらを再利用してください — これらが図表を高級に見せるものです。

scripts/figkit.py は補完的な構築レイヤーです。ズームインセット、テキストカード、インチベースの軸、ラベル重なり防止配置を提供します。

実データへの適応

データがテーブルの場合、これらのスクリプトから始めないでください。 代わりに正面玄関を使用してください。これにより、デザインシステム全体がファイルに適用されます。

cd scripts
python plot_data.py --data yours.csv --describe    # 何を描画できるか？
python plot_data.py --data yours.csv --kind scatter_fit --x a --y b --group g

14種類のチャート、エンコーディングとデリミタの検出、"1,234" と "12.5%" の数値への変換、中国語の列名に対する自動CJKフォント選択、.xlsx と .csv の両方に対応。

1219のジェネレーターの1つを適応させるには、まずデータがどこにあるかを見つけます。

python plot_data.py --contract fig_threshold_regression.py

スクリプトはこれに関して統一されていません。1219のうち19個は gen_data() 関数にデータを分離しており、299個は最初に読む必要がある他の名前付き関数に保持しており、656個は main() 内でインラインに構築しており、245個は図表自体がモデル（Kaimalスペクトル、Kalmanフィルター、合成顕微鏡シーン）であるため置き換え可能なデータがありません。--contract レポートはどのケースが該当するか、および変更すべき定数を示します。

どれを編集する場合でも、プロッティングコードとスタイリングコードは保持してください。スタイリングが価値のある部分です。matplotlibのデフォルトで書き換えないでください。

美観ルール（これらが高級に見える理由）

1. 上部と右側のスパインを非表示にする。スパインは細く（0.8）、ダークグレー（#333）、黒ではない。
2. Times New Roman全体、小サイズ（本文7-9pt、下限6.0pt）、図表タイトル、パネル文字、パネルタイトルにのみボールド。
3. ミュートされた彩度のパレットペア（ティール/ラスト、ブルー/レッド） — 原色RGBは使用しない。
4. 可能な限り散布図に周辺密度またはヒストグラムを追加する。
5. 統計量を丸い白いボックスに細い境界線で注釈。閾値テキストはアクセントカラーで配置。
6. tight_layout(h_pad, w_pad) を使用した密なマルチパネルグリッド。凡例を共有。
7. 300dpiで bbox_inches="tight" を使用してエクスポート（savefig が処理）。

DESIGN_SYSTEM.md には、各ルールの背後にある強制された数値が記載されています。

検証

output/ のPNGを開き、リクエストと比較します。パネルが窮屈な場合は figsize または h_pad/w_pad を上げます。色が競合する場合は、単一の PALETTES エントリに切り替えます。

PNGを読んでもどの書体が使用されたかはわかりません。PNGにはフォントメタデータが保存されていないためです。タイポグラフィ監査も実行してください。これはPDFにレンダリングし、レンダラーが埋め込んだフォントを読み取ります。

cd scripts
python check_typography.py              # エラーはゼロである必要があります
python check_figures.py --jobs 8        # すべてを実行、すべてのPNGを監査
python run_all.py --parallel 8          # すべての1219を再構築（約15分）
python run_all.py --range 173-192       # リモートセンシングブロックのみ
python run_all.py --parallel 8 --vector # PNGと並んでPDFを出力、投稿用

関連ドキュメント

• catalog/INDEX.md — 135グループとその番号範囲。
• DESIGN_SYSTEM.md — 図表間のビジュアル標準（キャンバスサイズ、パレット、タイプスケール、スペーシング、禁止カラーマップ）。新しい図表を作成するか既存の図表を編集する前に読むこと。
• WORKFLOW.md — 操作マニュアル：ジェネレーターの選択、実データの差し替え、new_figure.py を使用した新しい図表のひな型作成、品質ゲートの実行。SKILL.md はどの図表かを回答し、WORKFLOW.md は使用方法を回答します。
• scripts/reference.md — 完全な pubstyle API。
• fonts/README.md — なぜフォントがここに同梱されているか、どのフォントか、どのライセンスの下か。
• NUMBER_REGISTRY.md — どの番号範囲が使用済みか。新しい図表は1219から開始。