CNS-OIST/steps-modeling-skill

STEPSモデリング（API_2 / steps.interface）

STEPSは3Dジオメトリ上の確率的反応拡散をシミュレートします。v3.6以降、慣用的なインターフェースはAPI_2（steps.interface）です — Pythonらしいコンテキストマネージャスタイルです。すべての新しいモデルはこれで書きましょう。このスキルはマニュアル（https://steps.sourceforge.net/manual）の規則に加え、AIエージェントがよくひっかかる落とし穴をエンコードしています。

完全なチートシートはreference.mdを参照（ソルバーテーブル、単位、EField/複合体/並列、ResultSelectorのレシピ、パイプラインからのメッシュメモ）。テンプレートから始めて適応してください。以下のルールは絶対に間違えてはいけないものです。

基本ルール

1. インポート順。 最初にimport steps.interface、次にサブモジュールをスターインポート。API_1とAPI_2を一つのスクリプトで混在させないこと。

   import steps.interface
   from steps.model import *
   from steps.geom import *
   from steps.rng import *
   from steps.sim import *
   from steps.saving import *
   

2. オブジェクトは代入から名前を得る。 cyt = Compartment.Create(...) はソース行を読み取ってオブジェクトを'cyt'と名付けます。その後シミュレーションパスではsim.cyt.Ca.Countのように参照します。つまり、左辺の変数名がそのままシミュレーション名になります — 使いたい名前を選び、有効なPython識別子である必要があります。

3. .Create()には実際のname = X.Create(...)というソース行が必要です。 ループ内、内包表記、複数行呼び出し、python -c、またはソースがないREPLでは失敗します（