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xlsx

Créez, modifiez, analysez ou convertissez des classeurs Excel (.xlsx, .xlsm, .xltx) avec formules, mise en forme, modèles financiers et classeurs multi-feuilles.

Qu'est-ce que xlsx ?

Cette compétence permet de créer, éditer, analyser et convertir des fichiers Excel (.xlsx, .xlsm, .xltx) avec un accent sur la livraison d'un classeur fiable et professionnel. Elle est idéale pour les tâches incluant des formules, une mise en forme avancée, des modèles financiers, des classeurs multi-feuilles, ou le nettoyage de données tabulaires exportées vers Excel. Elle prend également en charge les fichiers .csv/.tsv lorsque l'utilisateur souhaite une sortie sous forme de feuille de calcul. La compétence s'appuie sur des bibliothèques Python préinstallées (`openpyxl`, `pandas`, `markitdown`) et utilise LibreOffice pour recalculer les formules après modification. Elle propose des directives précises pour éviter les erreurs courantes, telles que l'écriture de formules sous forme de chaînes sans valeurs mises en cache, la gestion des cellules fusionnées, et la perte de macros dans les fichiers .xlsm. Une étape obligatoire de recalcul (`recalc.py`) vérifie l'absence d'erreurs dans les formules. La compétence fournit également des règles strictes concernant la police, l'absence d'erreurs de formules, l'utilisation de formules plutôt que de résultats codés en dur, et la documentation des hypothèses. Pour les modèles financiers, un ensemble de conventions de couleurs, de formatage des nombres et de structure est fourni, avec des avertissements sur la compatibilité des formules entre Excel et LibreOffice (par exemple, éviter `XLOOKUP` ou `SEQUENCE`, préférer `INDEX`/`MATCH`).

Compatible avec✓Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/xlsx

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Documentation

Création, édition et analyse de fichiers XLSX

TâcheApproche
Créer ou éditer avec formules/mise en formeopenpyxl — voir les pièges ci-dessous
Données volumineuses en entrée ou en sortiepandas (read_excel, to_excel)
Aperçu rapide d'une feuillemarkitdown file.xlsx — ## NomFeuille par feuille ; lit aussi les .xlsm. Aucune coordonnée de cellule, donc ne planifiez pas d'éditions à partir de celui-ci
Lire un modèle (formules et valeurs)deux passes load_workbook — voir les pièges

openpyxl, pandas et markitdown sont préinstallés — n'exécutez pas uv pip install d'abord ; écrivez le script et importez directement. Uniquement si une importation échoue (ou si la commande markitdown est absente) : uv pip install du paquet manquant.

Les chemins de scripts ci-dessous sont relatifs au répertoire de cette compétence.

Exigences pour chaque sortie

  • Police professionnelle (Arial, Times New Roman) partout, sauf indication contraire de l'utilisateur.
  • Zéro erreur de formule. Ne livrez jamais quand recalc.py signale errors_found. Si vous pensez qu'une erreur vous a précédé, prouvez-le : chargez l'original avec data_only=True et examinez cette cellule. Une erreur que vous avez introduite ressemble exactement à une que vous avez héritée.
  • Utilisez des formules, jamais de résultats codés en dur. Écrivez sheet['B10'] = '=SUM(B2:B9)', pas le total calculé en Python. La feuille doit pouvoir recalculer lorsque ses entrées changent.
  • Suivez les spécifications de l'utilisateur à la lettre. Noms d'onglets exacts, en-têtes de colonnes exacts, et la formule qu'il a énoncée. Une refonte qui calcule autre chose échoue, aussi élégante soit-elle.
  • Documentez chaque hypothèse et nombre codé en dur là où le lecteur le verra — un commentaire de cellule, ou une cellule adjacente à la fin d'un tableau. Citez une source réelle lorsqu'elle existe (Source : 10-K de l'entreprise, FY2024, Page 45, Note sur les revenus, [URL SEC EDGAR]) ; lorsque le nombre provient de l'utilisateur, dites-le clairement.
  • Un classeur que vous créez pour que quelqu'un le remplisse nécessite une brève légende indiquant les cellules à modifier, et une ligne d'exemple avec des valeurs réalistes montrant le format attendu. N'ajoutez jamais une telle ligne à un fichier que l'on vous a demandé de modifier.
  • Modifier un fichier existant : respectez exactement ses conventions. Elles priment sur toutes les directives ici. Trouvez d'abord ses cellules d'entrée désignées — une couleur de police, un remplissage ou un ombrage distinctif les marque — écrivez uniquement là, et laissez chaque formule existante intacte.

Recalcul (obligatoire dès que le fichier contient des formules)

openpyxl écrit les formules sous forme de chaînes sans valeurs mises en cache. Jusqu'à ce que vous recalculiez, chaque cellule de formule est lue comme None par tout ce qui lit les valeurs mises en cache — pandas, load_workbook(data_only=True), et la plupart des visionneuses.

python scripts/recalc.py output.xlsx [timeout_seconds]   # défaut 30

LibreOffice calcule chaque formule, le fichier est réécrit sur place, et vous obtenez du JSON : status (success | errors_found), total_formulas, total_errors, et un error_summary nommant jusqu'à 100 cellules par type d'erreur (locations_truncated indique combien ont été retenues — faites confiance à total_errors, pas à la longueur de la liste). Corrigez ce qu'il nomme et exécutez-le à nouveau. Un JSON avec une clé error au lieu de status signifie que rien n'a été recalculé, et seul ce cas se termine avec un code non nul — errors_found se termine avec 0, donc ne traitez jamais une sortie propre comme un classeur propre.

Un recalcul vert prouve que vos formules s'évaluent, pas qu'elles sont correctes. Une plage décalée d'une ligne ou une référence à la mauvaise ligne produit un fichier propre et sans erreur avec des nombres erronés. Écrivez d'abord 2 à 3 formules et vérifiez qu'elles récupèrent les valeurs attendues, avant de construire une grille.

Un classeur qui référence un autre fichier perd ces liens si vous le réenregistrez avec openpyxl puis le recalculez. Une telle formule lit ='[1]Analyse des Retours'!$B$2 — le [1] est un index dans la liste de références externes du classeur, nommant un fichier séparé sur le disque, pas une feuille. Ce fichier est rarement présent ici, donc la valeur mise en cache de la cellule est la seule chose qui contient ses données. openpyxl supprime cette valeur lors de l'enregistrement ; LibreOffice doit alors résoudre la référence pour de vrai, échoue, écrit #NAME?, et supprime tous les liens. recalc.py refuse de s'exécuter dans cet état — copiez les valeurs de ces cellules à partir de l'original avant d'enregistrer par-dessus (--force passe outre et accepte la perte).

Choisir des formules qui survivent à la vérification

LibreOffice implémente moins de fonctions qu'Excel, et une fonction qu'il ne peut pas évaluer devient un #NAME? littéral intégré au fichier que vous livrez.

  • Privilégiez les fonctions de l'ère Excel-2007 — SUMIFS, INDEX, MATCH, IFERROR, SUMPRODUCT — qui ne nécessitent aucun préfixe.
  • Six fonctions post-2007 fonctionnent, mais seulement avec un préfixe _xlfn., car openpyxl écrit votre formule textuellement dans le XML et Excel stocke les noms post-2007 préfixés (son interface utilisateur cache ce préfixe) : _xlfn.TEXTJOIN, _xlfn.CONCAT, _xlfn.IFS, _xlfn.SWITCH, _xlfn.MAXIFS, _xlfn.MINIFS. Écrites nues, chacune produit #NAME?.
  • N'utilisez jamais XLOOKUP, XMATCH, SORT, FILTER, UNIQUE, ou SEQUENCE. Le moteur d'exécution LibreOffice ne peut pas les évaluer sous aucun préfixe. Les versions plus récentes les évaluent, mais ce sont des fonctions matricielles débordantes et un fichier écrit par openpyxl n'a pas de métadonnées de débordement, donc seule la cellule en haut à gauche de la plage reçoit une valeur — et recalc.py signale total_errors: 0 sur le résultat tronqué. Utilisez INDEX/MATCH pour les recherches, et triez, filtrez et dédupliquez en Python avant d'écrire les cellules.
  • Une formule que LibreOffice n'a pas pu analyser est réécrite en minuscules — un indice rapide à côté d'un #NAME?.

Pièges d'openpyxl

  • Lire un modèle nécessite deux chargements. data_only=True donne les valeurs mises en cache sans les formules ; la valeur par défaut donne les chaînes de formules sans valeurs. Un seul passage ne peut pas vous donner les deux.
  • data_only=True est destructeur si vous enregistrez. Ce classeur n'a plus de formules, donc l'enregistrement remplace chaque formule par une valeur littérale — définitivement.
  • data_only=True sur un fichier qu'openpyxl vient d'écrire renvoie None partout — exécutez d'abord recalc.py. (Une formule dont le résultat est "" est également lue comme None.)
  • Cellules fusionnées : écrivez uniquement l'ancre en haut à gauche. Chaque autre cellule de la plage est une MergedCell dont .value est en lecture seule.
  • .xlsm perd ses macros sauf si vous passez keep_vba=True à load_workbook.
  • Un nom de feuille contenant un espace doit être entre guillemets dans une référence inter-feuilles : ='Hypothèses Entrées'!$B$5. Sans guillemets, cela s'évalue en #VALUE!.

Modèles financiers

Sauf indication contraire de l'utilisateur, ou si le fichier existant fait déjà autrement.

Couleur : texte bleu (0,0,255) pour les entrées codées en dur et les leviers de scénarios · noir pour les formules · vert (0,128,0) pour les liens vers une autre feuille · rouge (255,0,0) pour les liens vers un autre fichier · remplissage jaune (255,255,0) pour les hypothèses clés et les cellules que l'utilisateur doit remplir.

Nombres : devise $#,##0, avec l'unité nommée dans l'en-tête (Revenus ($mm)) · les zéros sont rendus comme -, y compris dans les pourcentages ($#,##0;($#,##0);-) · les négatifs entre parenthèses · pourcentages 0.0%, stockés sous forme de fractions (0.15 rendu 15.0% ; stocker 15 rendu 1500.0%) · multiples de valorisation 0.0x · années sous forme de texte ("2024", jamais 2,024).

Structure : chaque hypothèse dans sa propre cellule étiquetée, référencée par les formules qui l'utilisent (=B5*(1+$B$6), jamais =B5*1.05) · formules cohérentes sur chaque période de projection, car une cellule unique modifiée au milieu d'une ligne est l'erreur silencieuse la plus courante · protégez les dénominateurs qui peuvent être nuls.

Dépendances

openpyxl, pandas, markitdown (pip, préinstallés — installez uniquement si une importation échoue ou si la commande est absente) · LibreOffice (soffice, auto-configuré pour les environnements sandboxés via scripts/office/soffice.py)


Cette compétence est créée et maintenue par Anthropic. Distribué ici sans modification hormis les métadonnées de préambule ; voir LICENSE.txt pour les conditions.

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

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biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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