¿Qué hace OpenClaw-Medical-Skills?
Asignar linajes de patógenos y rastrear variantes utilizando Nextclade y pangolin para la vigilancia viral. Monitorear la prevalencia de variantes e identificar variantes de preocupación emergentes. Usar al clasificar secuencias virales, rastrear dinámicas de linajes o monitorear variantes de preocupación.
Descripción General
Esta habilidad proporciona la capacidad de:
- Asignar linajes usando pangolin para obtener asignaciones precisas de linajes Pango.
- Asignar clados usando Nextclade para obtener clados y mutaciones rápidamente.
- Monitorear variantes identificando cambios en la prevalencia de variantes a lo largo del tiempo.
- Detectar variantes de preocupación señalando mutaciones o linajes conocidos por su impacto en la transmisibilidad, gravedad o escape inmune.
Cómo Funciona
La habilidad se apoya en dos herramientas bioinformáticas de línea de comandos ampliamente establecidas:
- Nextclade (
nextclade): Toma un archivo FASTA de secuencias virales como entrada y genera un archivo CSV con clados asignados, mutaciones y calificaciones de calidad. - pangolin (
pangolin): Toma el mismo archivo FASTA y produce un archivo CSV con asignaciones de linajes Pango y calificaciones de confianza.
Ambas herramientas deben estar instaladas y disponibles en el PATH del sistema.
Entrada y Salida
- Entrada: Archivo(s) FASTA que contienen secuencias genómicas virales (por ejemplo, genomas de SARS-CoV-2).
- Salida:
nextclade.csv: reporte de Nextclade con clados y mutaciones.lineage_report.csv: reporte de pangolin con linajes Pango.- Tablas resumen o visualizaciones que integren ambos resultados para facilitar el monitoreo.
Ejemplo de Uso (Llamada desde el Agente)
# Ejecutar Nextclade
nextclade run --input-file sequences.fasta --output-csv nextclade.csv
# Ejecutar pangolin
pangolin sequences.fasta --outfile lineage_report.csv
Luego, el agente procesa los archivos CSV generados para extraer información clave, como la frecuencia de variantes, la aparición de mutaciones preocupantes o la detección de nuevos linajes.
Notas
- Asegúrese de que los archivos de entrada FASTA tengan encabezados de secuencia únicos y una calidad suficiente para las asignaciones.
- Para un monitoreo continuo, considere automatizar la ejecución periódica de estas herramientas y comparar los resultados con informes anteriores.
- Esta habilidad está diseñada para trabajar con
claude code,cursor,codexo cualquier agente de IA que tenga acceso a la línea de comandos.
Referencias
- Documentación de Nextclade: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/
- Documentación de pangolin: https://github.com/cov-lineages/pangolin