Was macht target-prioritization?
Multi-Source Drug-Target Due Diligence: Rangierte Genliste → genbezogenes Dossier über UniProt, OpenTargets, PubMed + Cross-Lineage-DE-Scan + Composite Re-Ranking. Fähigkeit für Claude Code / OpenClaw / SkillsMP.
Beschreibung
Diese Fähigkeit automatisiert die Due-Diligence-Prüfung potenzieller Wirkstoffziele (Drug Targets) aus einer Liste rangierter Gene. Sie erstellt für jedes Gen ein detailliertes Dossier, das Informationen aus mehreren öffentlichen Quellen wie UniProt, OpenTargets und PubMed zusammenführt. Zusätzlich führt sie einen Cross-Lineage-Differential-Expression-Scan durch, um Expressionsmuster in verschiedenen Zelllinien zu vergleichen, und wendet ein Composite-Ranking an, um die Gene neu zu bewerten.
Verwendung
- Eingabe: Eine rangierte Liste von Genen (z. B.
TP53,EGFR,BRAF). - Prozess: Die Fähigkeit ruft für jedes Gen relevante Informationen ab:
- UniProt: Proteinfunktion, Domänen, Pathologie.
- OpenTargets: Assoziationen mit Krankheiten, Arzneimittelwirkungen, genetische Beweise.
- PubMed: Anzahl der Publikationen, Schlüsselartikel, Relevanz.
- Analyse: Führt einen Cross-Lineage-Differential-Expression-Scan durch, um Gene zu identifizieren, die in bestimmten verwandten Zelllinien hoch- oder herunterreguliert sind.
- Ausgabe: Ein Composite-Score und ein neu bewertetes Ranking der Gene, basierend auf der gesammelten Evidenz.
Konfiguration
- API-Schlüssel: Die Fähigkeit benötigt möglicherweise API-Schlüssel für externe Dienste (z. B. NCBI für PubMed). Diese können in Umgebungsvariablen gespeichert oder bei der Ausführung bereitgestellt werden.
- Plattformen: Getestet mit Claude Code, OpenClaw und SkillsMP.
Beispiel (CLI)
claude code -p "Führe Target-Priorisierung für die Gene TP53, EGFR, KRAS und BRAF durch. Erstelle ein Dossier mit Quellen von UniProt, OpenTargets und PubMed. Führe einen Cross-Lineage-DE-Scan zwischen Brust-, Lungen- und Kolon-Zelllinien durch. Gib das Composite-Ranking aus."
Abhängigkeiten
- Zugriff auf öffentliche APIs (UniProt, Open Targets Platform, NCBI E-utilities).
- Internetverbindung für API-Aufrufe erforderlich.
Lizenz
Siehe LICENSE für Details.